Razvili smo metodo iCLIP (individual-nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation), ki vključuje sekvenciranje in omogoča opazovanje interakcij med izbranim proteinom in RNA na nivoju posameznega nukleotida. Razvili smo algoritme in računski cevovod iCount za kartiranje odčitkov na človeški genom, filtriranje nekvalitetnih odčitkov, kvantifikacijo vezave na osnovi naključnih barkod, generiranje genomski kart vezavnih mest in za analizo obogatenih pentanukleotidov v bližini vezavnih mest. Preučili smo vpliv delcev hnRNP na alternativno spajanje genov.
COBISS.SI-ID: 7800916
Uporabili smo metodo iCLIP in računski cevovod iCount za podrobno analizo vpliva proteinov TIA1 in TIAL1 na alternativno spajanje eksonov. Večina študij alternativnega spajanja se osredotoča na preučevanje elementov RNA v bližini spojitvenih mest alternativnih eksonov. Za izbrana proteina TIA1 in TIAL1 smo pokazali, da na uravnavanje alternativnega spajanja posameznega eksona lahko pomembno vplivajo elementi RNA in posledično vezava proteinov v spojitvenih mestih bolj oddaljenih, predhodnih eksonov.
COBISS.SI-ID: 8022356