Razvili smo inteligentni asistent za izčrpno raziskovalno analizo podatkov o tranksriptomu imenovan iDiscover. Uporabnika usmerja k najbolj zanimivim rezultatom analize in tako omogoča tvorjenje novih hipotez o pravilih regulacije transcripcije. Podatke črpa iz računskega cevovoda iCount, ki uporabnikom omogoča enostavno izvajanje zahtevnih in obsežnih računskih analiz podatkov eksperimentov ChIP-Seq, mRNA-Seq in iCLIP za preučevanju interakcij protein-RNA, katerih rezultati so obsežni in zahtevni za interpretacijo. Z avtomatično primerjavo rezultatov vseh analiz v bazi, izvedenih na več tisoč različnih poskusih, sistem odkriva tako splošne vzorce, značilne za večje podskupine podatkov, kakor tudi relacije med elementi transkriptoma, ki so specifične le za dani eksperiment. iDiscover smo predstavili na eni pomembnejših konferenc (ISMB ECCB 2011).
F.06 Razvoj novega izdelka
COBISS.SI-ID: 8501076V okviru izobraževanja IRTG (International Research Training Group) na Univerzi Justus Liebig, Geissen, Nemčija sem na vabljenem predavanju 40 doktorskim študentom predstavil potek analize podatkov o interakcijah protein-RNA in ključne elemente programov za analizo iCount in iDiscover, ki smo jih razvili v projektu. Predavanje je vključevalo tudi praktičen del. Delavnica je potekala kot priprava študentov na simpozij s svetovno udeležbo "TRR81-Symposium Chromatin Changes in Differentiation and Malignancies."
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 8594260