Razvili smo odprtokodni in prosto dostopni računski cevovod iCount, ki uporabnikom omogoča enostavno izvajanje zahtevnih računskih analiz podatkov eksperimentov ChIP-Seq, mRNA-Seq in iCLIP za preučevanju interakcij protein-RNA. Namestitev strežnika iCount na laboratorijski strojni opremi trenutno uporablja več kot 30 raziskovalnih skupin iz raziskovalnih ustanov širom sveta, in z njim preučuje interakcije med RNA in približno 60 proteini ter njihov vpliv na izražanje in alternativno spajanje genov. iCount smo predstavili na eni pomembnejših konferenc (ECCB10).
F.06 Razvoj novega izdelka
COBISS.SI-ID: 7925076Razvili smo inteligentni asistent za izčrpno raziskovalno analizo podatkov o tranksriptomu imenovan iDiscover. Uporabnika usmerja k najbolj zanimivim rezultatom analize in tako omogoča tvorjenje novih hipotez o pravilih regulacije transcripcije. Podatke črpa iz računskega cevovoda iCount, ki uporabnikom omogoča enostavno izvajanje zahtevnih in obsežnih računskih analiz podatkov eksperimentov ChIP-Seq, mRNA-Seq in iCLIP za preučevanju interakcij protein-RNA, katerih rezultati so obsežni in zahtevni za interpretacijo. Z avtomatično primerjavo rezultatov vseh analiz v bazi, izvedenih na več tisoč različnih poskusih, sistem odkriva tako splošne vzorce, značilne za večje podskupine podatkov, kakor tudi relacije med elementi transkriptoma, ki so specifične le za dani eksperiment. iDiscover smo predstavili na eni pomembnejših konferenc (ISMB ECCB 2011).
F.06 Razvoj novega izdelka
COBISS.SI-ID: 8501076V okviru izobraževanja IRTG (International Research Training Group) na Univerzi Justus Liebig, Geissen, Nemčija sem na vabljenem predavanju 40 doktorskim študentom predstavil potek analize podatkov o interakcijah protein-RNA in ključne elemente programov za analizo iCount in iDiscover, ki smo jih razvili v projektu. Predavanje je vključevalo tudi praktičen del. Delavnica je potekala kot priprava študentov na simpozij s svetovno udeležbo "TRR81-Symposium Chromatin Changes in Differentiation and Malignancies."
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 8594260Po odmevnem predavanju o bioinformatičnih analizah podatkov o interakcijah protein-RNA, ki smo jih razvili v Sloveniji v sodelovanju z laboratorijem dr. Jernej Uleta iz MRC LMB, Cambridge, Združeno kraljestvo, je raziskovalec dr. Tomaž Curk prejel vabilo za daljši raziskovalni obisk svetovno priznanega Evropskega laboratorija za molekularno biologijo (EMBL, Heidelberg, Nemčija), v laboratoriju prof. dr. Matthiasa Hentze. Desetmesečno gostovanje je začel septembra 2012 in bo posvetil razvoju novih računskih metod za določanje mesta interakcij na proteinih kakor tudi utrjevanju dolgoročnih raziskovalnih povezav.
B.06 Drugo
COBISS.SI-ID: 9028436