Razvili smo spletni strežnik ProBiS, prosto dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si, za napovedovanje proteinskih vezavnih mest z uporabo lokalnih strukturnih prileganj. V tem članku opišemo razvoj spletnega strežnika ProBiS in podamo primere za njegovo uporabo.
COBISS.SI-ID: 4404506
Razvili smo algoritem ProBiS za odkrivanje struktuno podobnih mest na površinah proteinov s pomočjo lokalnega strukturnega prileganja. Algoritem primerja preiskovani protein s predstavniki iz baze 3D proteinskih struktur in pri tem odkriva ponavljajoče se vzorce fizikalno-kemijskih lastnosti na njihovih površinah. Za iskanje podobnih proteinov uporablja učinkovit algoritem za iskanje maksimalne klike. Algoritem smo uspešno uporabili za odkrivanje vezavnih mest za proteine, male molekule in nukleinske kisline.
COBISS.SI-ID: 4395802