ProBiS spletni strežnik omogoča odkrivanje strukturno podobnih vezavnih mest v PDB proteinski bazi in lokalno strukturno prileganje proteinskih struktur. V tem članku razvijemo novo, izboljšano verzijo spletnega strežnika ProBiS, ki je za kar 10-krat hitrejša od prejšnje, zahvaljujoč se učinkoviti paralelizaciji ProBiS algoritma. Čas primerjave proteinske strukture s celotno PDB je tako skrajšan iz nekaj ur na le nekaj minut. Novi ProBiS spletni strežnik smo združili tudi z bazo ProBiS-Database, ki smo jo razvili v posebnem članku, in zaradi česar lahko uporabnik sedaj zelo hitro dostopa do vnaprej izračunanih podobnosti za 29,000 proteinskih struktur. ProBiS spletni strežnik je še posebej namenjen iskanju novih vezavnih mest v proteinih, ki niso podobni že znanim proteinom, in je prosto dostopen na http://probis.cmm.ki.si.
COBISS.SI-ID: 4957466
Razvili smo algoritem ProBiS, ki omogoča primerjavo površin proteinov, t.j., 3D vzorcev fizikalno-kemijskih lastnosti površinskih aminokislin, na lokalni ravni. Algoritem lahko uporabimo za odkrivanje podobnosti med vezavnimi mesti na proteinih, ki si niso podobni niti po aminokislinskem zaporedju niti po splošni strukturi. Algoritem primerja izbrani protein z bazo proteinskih struktur in pri tem uporablja algoritem za iskanje maksimalne klike v grafih, ki omogoča učinkovito primerjavo proteinov na lokalnem nivoju, kar predhodno ni bilo mogoče. Rezultat algoritma je seznam izbranemu proteinu strukturno podobnih proteinov, pri čemer se podobnosti največkrat nahajajo v vezavnih mestih proteinov. Poleg tega algoritem kot rezultat vrne tudi stopnjo evolucijske ohranjenosti za vsako posamezno aminokislino; stopnje evolucijske ohranjenosti predstavi na 3D modelu preiskovanega proteina kot barvno skalo. Algoritem smo uspešno uporabili za napovedovanje vezavnih mest tipa protein-protein, protein-mali ligandi in protein-DNA.
COBISS.SI-ID: 4395802
ProBiS-Database je podatkovna baza lokalnih strukturnih prileganj proteinov v PDB proteinski bazi, ki omogoča iskanje za funkcijo pomembnih vezavnih mest oziroma strukturno podobnih vezavnih mest. Baza se uporablja za napovedovanje biokemijske funkcije proteinskih struktur, za katere funkcija še ni bila določena. Odlikujeta jo enostaven uporabniški vmesnik in hiter dostopni čas, ki se meri v sekundah. ProBiS-Database je prosto dostopna na naslovu http://probis.cmm.ki.si/database.
COBISS.SI-ID: 4908570
Razvili smo paralelni algoritem Parallel-ProBiS, za iskanje strukturno podobnih vezavnih mest na računalniških gručah. Algoritem Parallel-ProBiS izkazuje skoraj idealno pohitritev v primerjavi z algoritmom ProBiS na gručah sestavljenih iz več 100 procesorjev. Izvorna koda algoritma Parallel-ProBiS je prosto dostopna za akademske uporabnike na naslovu http://probis.cmm.ki.si/download.
COBISS.SI-ID: 4993050
V tem prispevku je predstavljen spletni strežnik ProBiS, prosto dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si. ProBiS (Proteinska Vezavna Mesta) je program, ki omogoča napovedovanje proteinskih vezavnih mest na osnovi lokalnih strukturnih prileganj.
COBISS.SI-ID: 4404506