Odkrivanje patogenih mikroorganizmov, prisotnih v hrani, krmi, rastlinah in drugih vzorcih je pomembno za zagotavljanje varne hrane, kot tudi za preprečevanje širjenja mikrobov. S ciljem hkratnega določanja patogenov z genomom v obliki RNA ali DNA, smo razvili nov postopek NAIMA, ki je primeren za istočasno večtarčno pomnoževanje RNA in DNA tarč, skupaj z zaznavanjem na mikromrežah v obliki ArrayTubes. Pokazali smo, da je metoda zelo občutljiva in specifična za odkrivanje dveh gospodarsko pomembnih karanteni rastlinskih patogenov krompirja, viroida vretenatosti krompirjevih gomoljev (RNA tarča) in bakterije Ralstonia solanacearum (DNA tarča). Zaradi izotermnega pomnoževanja in enostavne opreme, ki je potrebna, je metoda uporabna tudi na terenu. NAIMA se lahko uporablja na vseh področjih, kjer je potrebno določanje DNA in RNA tarč hkrati.
COBISS.SI-ID: 3071055
Članek opisuje razvoj testa za določanje viroida vretenatosti krompirja (PSTVd), ki je karantenski patogen krompirja v Evropi in Severni Ameriki, z uporabo reverzne transkripcije in z zanko posredovanega izotermnega pomnoževanja (RT-LAMP) v realnem času in v eni epruvetki. Metoda omogoča določanje širokega spektra PSTVd izolatov in je približno 10-krat bolj občutljiva kot običajna z reverzno transkripcijo povezana verižna reakcija s polimerazo (RT-PCR). Prednosti metode pa niso samo v hitrosti (15-25 minut do rezultata) in cenovni učinkovitosti (prihranek na času in cenejšega potrošnega materiala), ampak tudi v možnosti uporabe metode na terenu z uporabo prenosnega instrumenta.
COBISS.SI-ID: 2683727
Za preprečevanje ekonomskih izgub v povezavi z bakterijskimi boleznimi, kjer je njihova zajezitev odvisna od izločitve okuženega materiala iz proizvodnje, so potrebni hitri, enostavni in cenovno učinkoviti testi. V tem članku smo primerjali in ocenili uporabo metode z zanko posredovanega izotermnega pomnoževanja (LAMP), ki ciljajo gene 16S rRNA, fliC in egl. Pokazali smo, da je imela najboljše pomnoževanje metoda, ki cilja gen egl, ki je pokazal visoko analitično specifičnost za različne seve bakterije Ralstonia solanacearum. Glede na našo obširno eksperimentalno oceno, test egl LAMP zahteva minimalno pripravo vzorca (nekaj minut vretja) za identifikacijo iz čiste kulture ali bakterijskega izločka iz simptomatskega materiala. Metoda je obenem tudi za visoko zmogljiva. S to metodo smo omogočili občutljivo in zanesljivo določanje različnih sevov in različnih filotipov bakterije R. solanacearum.
Hrušev ožig, uničujoča bolezen dreves pečkatega sadja, še vedno predstavlja grožnjo kmetijski proizvodnji. Določanje povzročitelja, bakterije Erwinia amylovora, je v simptomatičnih vzorcih precej neposredno. V nekaterih primerih pa so za določanje E. amylovora potrebne metode z večjo občutljivostjo. Testi s PCR v realnem času so pokazali, da so zadostno občutljivi in zanesljivi. V članku smo povzeli naše rezultate v povezavi z določanjem hruševega ožiga s PCR v realnem času, obenem pa smo predstavili nove, hitre in občutljive teste za PCR v realnem času
COBISS.SI-ID: 2522447
Opisujemo razvoj novega kombiniranega pristopa visoke zmogljivosti za hkratne analize DNA tarč, ki sloni na sočasnem mikrokapljičnem PCR z uporabo kapilarne gelske elektroforeze (MPIC), kar predstavlja dvostopenjsko strategijo PCR pomnoževanja. Ob uporabi genetsko modificiranih organizmov kot modela je bila ugotovljena zmožnost sočasne detekcije 24 DNA tarč z relativno mejo detekcije 0,1% (w/w) in absolutno mejo detekcije 39 DNA tarč. Opisani sistem predstavlja obetavno alternativo za visoko zmogljive anlize več hkratnih DNA tarč.
COBISS.SI-ID: 2345551