Prepoznavanje bolezni in njihovih povzročiteljev na terenu poteka predvsem z vizualnim pregledom. Za potrditev suma pa je največkrat potrebna še dodatna laboratorijska diagnostika. Še posebno je to pomembno v primeru mikrobnih povzročiteljev bolezni kjer je potrebno za njihovo potrditev uporabiti serološke, molekularne in druge laboratorijske tehnike. Da bi skrajšali čas prvega prepoznavanja prisotnosti patogenih mikroorganizmov so se že pred leti na terenu pričeli uporabljati hitri diagnostični testi, sprva serološki v zadnjem času pa tudi molekularni. Velik korak k učinkoviti diagnostiki na terenu pa je prispeval razvoj hitre molekularne metode LAMP, ki poteka pod pogoji konstantne temperature in se zato za njeno izvedbo uporablja enostaven fluorimeter. Metoda LAMP je manj občutljiva na inhibitorje prisotne v vzorcih, zato je priprava vzorca za analizo enostavnejša. Teste razvijamo v okviru dveh evropskih projektov Vitisens in Q-detect. Razvite teste bo mogoče prilagoditi za enostavno uporabo tako v laboratoriju kakor tudi pri pridelovalcih, v skladiščih, letališčih, pristanišču in na mejnih prehodih.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 2891855Na področju rastlinske virologije je bilo izvedenih več študij z uporabo NGS tehnologij za odkrivanje novih povzročiteljev bolezni. Eden od najbolj pomembnih trenutnih fokusov tega področju je navezava s pripravo vzorca. Obogatitev virusnih nukleinskih kislin med pripravo vzorca lahko močno olajša analitični korak in zmanjša stroške celotnega procesa. V ta namen se lahko uporabijo različni pristopi, kot so: subtraktivna hibridizacija, obogatitev za dvoverižno RNA, sekvenciranje majhnih RNA in čiščenje virusnih delcev. A primerjava teh metod še vedno ni bila izvedena. Tako smo testirali uporabnost celokupne RNA in sekvenciranje majhnih RNA s SOLiD platformo za odkrivanje krompirjevega virusa Y (PVY) v rastlinah krompirja. Oba pristopa sta prinesla zadostno količino podatkov za zanesljivo odkrivanje PVY. Rezultati so bili predstavljeni na konferenci slovenskega biokemijskega društva.
F.01 Pridobitev novih praktičnih znanj, informacij in veščin
COBISS.SI-ID: 30821081V okviru Oddelka vodi Maja Ravnikar diagnostični laboratorij za uradno diagnostiko karantenskih in drugih rastlinskih patogenih mikroorganizmov, ki se izvajajo za potrebe državne uprave (FURS in inšpekcije) in podjetij. Poleg izobraževanja tujcev v laboratoriju pripravljamo strokovna mnenja in analize za mednarodne organizacije s področja rastlinske patologije. Skrbimo za strokovno podporo državni upravi, izobraževanje inšpektorjev in stike z mediji ob epidemijah – hrušev ožig. V letu 2010 sta Dany Morisset in Maja Ravnikar začela sodelovati v novem projektu Qdetect (7. okvirni program EU).
D.08 Upravljanje in razvoj raziskovalnega dela
COBISS.SI-ID: 29518809Laboratorij je od leta 2003 akreditiran pri Slovenski akreditaciji (reg. Št. LP028) za področje določanja gensko spremenjenih organizmov. V letu 2012 je laboratoriju uspelo razširiti akreditacijo tudi na področje določanja mikroorganizmov. Za obe področji je obseg akreditacije delno fleksibilen, kar omogoča, da laboratorij po potrebi uvede nove metode in jih uvrsti na seznam akreditiranih metod. Podeljena akreditacija še dodatno povečuje tako prepoznavnost laboratorija v svetu kot možnosti sodelovanja na mednarodnem nivoju.
D.05 Akreditacija laboratorija
Zadnja je potekala V Ljubljani od 3. - 6. decembra 2013. V mednarodni delavnici za visoko tehnološke raziskave in molekularno diagnostiko rastlinskih povzročiteljev bolezni z uporabo metode PCR v realnem času, so naši strokovnjaki svoje znanje in izkušnje delili z raziskovalci iz mnogih evropskih držav (Avstrija, Velika Britanija, Francija, Poljska, Finska, Litva, Latvija, Črna gora in Slovenija). Delavnica je potekala v soorganizaciji Nacionalnega inštituta za biologijo (NIB) in podjetja BioSistemika d.o.o v sodelovanju z evropskim projektom Bicopoll. qPCR delavnice združujejo odlično tehnično znanje z bogatimi praktičnimi izkušnjami v oblikovanju, validaciji in uporabi metode PCR v realnem času na področju diagnostike in raziskav v rastlinski patologiji. Delavnica vključuje osnove in najnovejša znanja. Poseben del je namenjen svetovanju udeležencem pri reševanju težav, ki jih opažajo v svojih poskusih.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja