Objavljeno poglavje v knjigi "Molecular microbial ecology of the rhizosphere" , ki ga je izdala priznana mednarodna založbe Wiley, povzema raziskave mikrobnih združb v rizosferi (območje tal tik ob korenini), ki temeljijo na najmodernejših molekularnih metodah za analizo nukleinskih kislin. Uporaba molekularnih metod je omogočila filogenetske analize mikroorganizmov, ki živijo v rizosferi in tleh ter razkrila, kateri mikrobi prevladujejo v tem okolju. V poglavju so izpostavljene študije, ki so prinesle nove poglede na mikrobna dogajanja v rizosferi ter kako tip rastline oziroma fiziološko stanje rastline vpliva na sestavo mikrobne združbe v rizosferi. Poudarek je na interakcijah med mikrobi in rastlino in samimi mikrobi v tem habitatu. Predlagane so smernice za raziskave v prihodnosti, še posebej, kako naj bi interakcije in signaliziranje med mikroorganizmi v rizosferi vplivali na sestavo in funkcijo mikrobnih združb in zdravje ter rast rastlin.
COBISS.SI-ID: 4234360
Raziskava, objavljena v eni najbolj priznanih znastvenih revij na svetu (pet letni IF 10.5), prvič razkrije privatni oz. znotraj celični molekularni mehanizem pri bakteriji Bacillus subtilis, ki “kaznuje goljufe” medceličnega signaliziranja. Goljufive bakterije so tiste, ki same ne proizvajajo signalov temveč jih “kradejo” bližnjim celicam. Odkrili smo, da se signalne mutante na signal bližnjih celic prekomerno odzivajo in posledično sintetizirajo več lipopeptidnega antibiotika surfaktina. Mutante končajo kot poraženke, ker so na surfaktin bolj občutljive kot producentke signala. Mehanizem tako izloči goljufe in utrdi sodelovanje med člani skupnosti. Naša študija prinaša nov pogled na medcelično signaliziranje bakterije Bacillus subtilis in ponuja razlago za evolucijsko stabilnost kemičnega signaliziranja pri tej in verjetno tudi pri drugih po Gramu pozitivnih bakterijah. Raziskava je dodatno zanimiva tudi zato, ker je bakterija Bacillus subtilis v uporabi kot biopesticid; pomembna kot producent antibiotikov, vitaminov, industrijskih encimov ter znana kot probiotik. Poleg tega Bacillus tvori spore, najbolj trdožive dormantne celice na našem planet.
COBISS.SI-ID: 4358008
Zunajcelični polimeri (EPS) so ključni za nastanek biofilmov in njihova kemična sestava lahko vpliva na lastnosti biofilmov. V članku smo prvi pokazali, da je sestava biofilmov bakterije Bacillus subtilis odvisna od sestave gojišča in da prisotnost saharoze sproži zelo močno sintezo polisaharida levana, ki pomembno prispeva k debelini in trdnosti biofilma ter tudi kompenzira negativne učinke mutacij v genih tasA in eps, ki so ključni za sintezo zunajceličnih polisaharidov in formacijo biofilmov pri tej bakteriji. Poleg tega smo pokazali, da so v EPS poleg polisaharidov prisotni tudi proteini in DNA in da se njihova vsebnost spreminja s sestavo gojišča. Na podlagi rezultatov smo predlagali hipotezo, da visoka koncentracija topnih polisahardov (levan) v EPS predstavlja mehanizem shranjevanja rezervne hrane, če ti polisaharidi ostanejo vezani na celični matriks.
COBISS.SI-ID: 4242040
V tem delu avtorji pokažejo na povezave med ekološkimi značilnostmi bakterij in evolucijo sistema za medcelično signaliziranje (zaznavanje kvoruma) pri bakterijah. Zaznavanje kvoruma pri bakteriji Bacillus subtilis poteka s pomočjo ComQXPA sistema, ki je visoko polimorfen znotraj vrste in zato je signaliziranje med sevi iste vrste omejeno na komunikacijske tipe oziroma ferotipe. Med sevi enakega ferotipa komunikacija poteka, med sevi različnih ferotipov pa ne. Delo prvič pokaže, da se bakterijski sevi ene vrste (Bacillus subtilis), ki živijo na milimetrskih razdaljah v tleh, ločijo v tri ekološko različne skupine (ekotipe). Osnovno odkritje je, da znotraj enega ekotipa dominira en ferotip ob prisotnosti manjšinskih ferotipov. To kaže, da je komunikacija znotraj ekološko sorodnih sevov adaptivna. Na drugi strani pa dokažemo izmenjavo informacij med ekotipi in celo različnimi bakterijskimi vrstami. Delo je bilo objavljeno v prestižni reviji na področju okoljske mikrobiologije (IF=5,7) in je prvo, ki pokaže povezave med ekološkimi značilnostmi in medcelično komunikacijo bakterij ter postavi izhodišča in hipoteze za nadaljnje raziskave ekoloških dejavnikov socialne evolucije mikroorganizmov. Delo je bilo izpostavljeno kot pomembno v eminentni reviji FEMS Microbiology Ecology v povzetnem članku o ekološki vlogi diverzitete. Izsledki tega dela so bili predstavljeni leta 2012 na kongresu ISME-14, v Copenhagnu na Danskem, kjer je bil abstrakt izbran kot predavanje med 2000 kandidati in delno tudi že leta 2011 na kongresu ISME-13, v Seattlu ZDA, kjer je bil abstrakt ravno tako izbran kot predavanje med več kot 1700 abstrakti.
COBISS.SI-ID: 4044408
Poglavje v knjigi povzema rezultate raziskav na področju raznolikosti aerobnih sporogenih bakterij v tleh, s poudarkom na bakterijah družine Bacillaceae. Slednje so tudi osrednja tematika pričujočega projekta. Sprva so te bakterije preučevali tradicionalno preko izolacije čistih kultur. Ti pristopi so pokazali visoko fiziološko raznolikost endosporogenih bakterij, ki se odraža tudi na nivoju ekosistemskih funkcij. Aplikacija od gojenja neodvisnih molekularnih metod pa je v zadnjem desetletju pokazala na izjemno visoko raznolikost sporogenih bakterij direktno v tleh in rizosferi. Delo izpostavi raziskave, ki te bakterije uporabljajo kot modele za preučevanje mehanizmov diverzifikacije in evolucije mikrobov v tleh in so že prinesle pomembna spoznanja o biogeografiji talnih mikroorganizmov in pokazale pomembno vlogo mikrobnih komunikacij in horizontalnega prenosa genov na evolucijo bakterij, diverzifikacijo ekotipov in na speciacijo. To je prvi pregled diverzitete endosporogenih bakterij v tleh, ki izpostavlja uporabnost in pomen teh ekološko in biotehnološko pomembnih organizmov za preverjanje temeljnih vprašanj ekologije in evolucije. Poglavje je del knjige znane založbe Springer, ki je povabila avtorico k sodelovanju pri nastajanju pomembne knjige “Endospore forming soil bacteria”. Pomen dela je v tem, da poleg tega, da povzema objavljene rezultate, podaja tudi nove smernice za nadaljnje raziskave diverzitete in evolucije sporogenih bacilov, ki so ključne za razumevanje njihove biopesticidne in ekološke vloge.
COBISS.SI-ID: 3897720