Na konferenci smo prestavili naše delo na izotopsko označenih RNK lasnicah, ki smo jih uporabili kot modelne komplekse med let-7 miRNK in vezavnim mestom na lin-41 mRNK. 3D strukture RNA konstruktov smo določili z uporabo standardnih 2D in 3D NMR tehnik. RNK konstrukte smo orientirali s pomočjo fagov, kar nam je omogočilo, da smo izmerili preostale dipolarne sklopitve. Izračuni na podlagi NMR omejitev so pokazali, da se RNK zvijejo v stabilne strukture sestavljene iz dveh stebelnih regij ločenih z nesimetrično notranjo zanko. Stebli sta bili stabilizirani z Watson-Crick baznimi pari. Nesimetrična notranja zanka prvega vezavnega mesta (LCS1) je bila slabše definirana. Nesimetrična notranja zanka drugega vezavnega mesta (LCS2) se je zvila v dobro definirano strukturo. Trije uracili so tvorili bazni triplet, medtem ko sta adenina tvorila AA bazni par. Ti zanimivi strukturni elementi kažejo, da je kompleks med miRNK in mRNK drugačen od standardne A-oblike RNA.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4204058Osredotočili smo se na let-7 miRNK, ki se dvakrat nepopolno veže na 3’-UTR lin-41 mRNK (LCS1 in LCS2) in uravnava časovni razvoj črva C. elegans. Pripravili smo 13C,15N-označene RNK lasnice za obe vezavni mesti. Njuni strukturi v tekočem sta bili določeni z uporabo standardnih NMR meritev. Izračuni so pokazali, da se RNK zvijejo v stabilne strukture sestavljene iz dveh stebelnih regij ločenih z nesimetrično notranjo zanko. Nesimetrična notranja zanka drugega vezavnega mesta (LCS2) se je zvila v dobro definirano strukturo. Trije uracili so tvorili bazni triplet, medtem ko sta adenina tvorila AA bazni par. Analiza vijačnih parametrov obeh stebel je pokazala, da notranja zanka povzroči naklon med obema stebloma, kar vpliva na širino veliki žleb. Nesimetrična notranja zanka prvega vezavnega mesta (LCS1) je bila slabše definirana. Vsi ti strukturni elementi obeh vezavnih mest so pomembni za prepoznavanje znotraj ribonukleoproteinskih kompleksov (miRNP).
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4266778