V tej študiji smo razvili postopek za hitro čiščenje filamentoznega Krompirjevega virusa Y (velikost virusnih delcev 740 nm × 11 nm) iz rastlinskega tkiva. Krompirjev virus Y je en izmed najbolj pomembnih rastlinskih virusov, ki povzroča veliko ekonomsko škodo v pridelavi krompirja.Optimiziram protokol čiščenja vsebuje korake klarifikacije katerim sledi kromatografija z uporabo CIM monolitnih diskov s kemijo kvartarnih amino skupin (CIM-QA). Novo razvita CIM-QA metoda dosega podoben izkoristek, koncentracijo in čistost virusnega izolata v primerjavi s klasičnimi postopki izolacije kjer viruse čistimo s pomočjo ultracentrifugacije v saharoznem gradientu in gradientu cezijevega klorida. Čiščenje s CIM-QA uspešno odstrani tudi rastlinsko RNA in kaže dobro ponovljivost. V primerjavi s klasičnimi postopki čiščenja ki trajajo do 4 dni pa je CIM-QA metoda tudi veliko krajša in traja le dan in pol. To je prva študija kjer je iz kompleksnega vzorca s CIM monoliti očiščen filamentozni virus. Zaradi svojih prednosti je metoda zelo primerna za uporabo v produkciji seroloških orodij za detekcijo virusov, kjer potrebujemo očiščene viruse za imunizacijo. Rezultati te študije pa lahko služijo tudi kot začetna točka za izboljšanje metod čiščenja drugih filamentoznih virusov.
COBISS.SI-ID: 21244646
Preverili smo delovanje dveh »state of the art« molekularnih metod za detekcijo in karakterizacijo virusa PVY; ss RT-qPCR (Kogovsek et al., 2008) in SNaPshot (Rolland et al., 2008). Ocenjevali smo njuno zmožnost pravilnega razvrščanja PVY okuženih vzorcev v skupine različkov. Rezultati molekularnih metod so bili validirani biološko na testnih rastlinah, serološko z ELISA-o in in silico analizo nukleotidih zaporedij. Spekter različkov med katerimi lahko razlikuje metoda SNaPshot je širši kot pri ss RT-qPCR, vendar pa je slednja bolj uspešna pri določanju različkov PVY NTN, ki so znani po tem da na nekaterih kultivarjih povzročajo bolezen obročkaste nekroze na gomoljih. Vzrok za različno natančnost določevanja različkov PVY med metodama je ta, da metodi ciljata različine molekularne markerje. Obe metodi uporabljata genotipske markerje za določevanje PVY-NTN skupine različkov. V prihodnje bo potrebno identificirati molekularne markerje v virusnem genomu, ki so odgovorni za nastanek bolezni obročkaste nekroze gomoljev pri kromprju. Do takrat pa aa RT-qPCR in SNaPshot ostajata najboljši orodji za določanje PVY različkov, ki jih najdemo v Evropi.
COBISS.SI-ID: 2745423
Razpoložljivost nukleotidnega zaporedja genoma krompirja odpira možnost za napredek v razumevanju fiziologije odziva krompirja na okužbo s Krompirjevim virusom Y. Interakcije med rastlinami krompirja in Krompirjevim virusom Y (PVY), najbolj uničujočim virusom krompirja, so bile opisane in povzete v poglavju v knjigi. Ustvarjena je bila natančna slika dosedanjih raziskav na tem področju začenši z biološko variabilnostjo virusa PVY, metodami za detekcijo virusa, porazdelitev in akumulacija PVY v rastlinah ter odziv rastlin krompirja na infekcijo s PVY na različnih nivojih. Odziv na makroskopskem in citološkem nivoju bolezenskih znakov, glavnih presnovnih poteh vključenih v odzivu na okužbo. Prikazane so bile spremembe v fotosintezi, hormonskih poteh, obrambnih in signalnih mehanizmih ter drugih. Opisane so tudi najpomembnejše metode, ki so omogočile razkrivanje mehanizmov in signalnih poti vključenih pri odzivu krompirja na okužbo s PVY.
COBISS.SI-ID: 2662735
V tem članku smo prvič spremljali razlike v prvih odzivih dveh kultivarjev krompirja, Igor in Nadine, na okužbo z blagim (PVYN) in agresivnim različkom PVY (PVYNTN). Različno izražene gene smo po okužbi z obema različkoma določali z mikromrežami in kvantitativnim PCR v realnem času.
COBISS.SI-ID: 2254415
V poglavju knjige z naslovom “Monolitna kromatografija in njene moderne aplikacije” je pregled aplikacij čiščenja in ločbe velikih biomolekul na monolitnih kolonah. Kot je opisano v tej publikaciji je bilo že v preteklosti pokazano, da so metakrilatni monoliti zelo učinkoviti pri čiščenju in koncentraciji različnih virusov.
COBISS.SI-ID: 3825016