Nanodelci (mikrovezikli - MV), ki se nahajajo v periferni krvi, nastajajo z odcepljanjem s celične membrane. Med procesom izolacije lahko pride do dodatnega sproščanja MV iz krvnih celic, zato je optimizacija in zmanjšanje sproščanja MV med izolacijo ključnega pomena, če želimo MV uporabljati kot diagnostični marker stanja za določene bolezni. Opazili smo, da sta velikost in količina MV odvisni od temperature izolacije, kjer pri nižjih temperaturah izolacije opazimo višje koncentracije povprečno manjših delcev. Na podlagi slik deformiranih krvnih celic v izolatih pa lahko tudi predpostavljamo, zakaj pride do njihove fragmentacije. Rezultati kažejo, da vsebine izolatov izražajo lastnosti krvnih celic in njihovih interakcij s tekočinami, katerih sestava se lahko spreminja pri določenih bolezni, in bi lahko bile klinično relevanten podatek.
COBISS.SI-ID: 29065433
Lipopolisaharid (LPS) gram-negativne bakterije Brucella nima izrazitih s patogeni povezanih molekularnih vzorcev, za katere se predvideva, da so odgovorni za zakasnjen razvoj imunskega odgovora. Ugotovili smo, da ima B. abortus mutanta v genu wadC spremenjen LPS, vendar ohranjen O-polisaharid in lipid A. Pri miših, wadC mutanta povzroči vnetni odzivov. Poleg tega so bakterije občutljive na ubijanje z neimunskim serumom, baktericidnimi peptidi in se ne razmnožujejo v dendritičnih celicah. Vse te lastnosti smo lahko reproducirali z očiščenim LPS wadC mutante v odvisnosti od TLR4. Poleg tega se mutirani LPS močneje veže na MD-2, ko-receptor TLR4 in vodi v povečano znotrajcelično signalizacijo. Pokazali smo, da Brucella uide prepoznavanju v zgodnjih fazah okužbe z izražanjem zaščitnega LPS in opredelili nov mehanizem virulenčnosti pri znotrajceličnih po Gramu negativnih bakterijah. Ti rezultati so vspodbudni tudi za izboljšanje bakterijskih cepiv.
COBISS.SI-ID: 4957722
Sintetično ogrodje, ki omogoča prostorsko in časovno postavitev encimov v živih celicah, je obetavna post-translacijska strategija za nadzorovanje pretoka informacij metabolnih in signalnih poti. Opisujemo uporabo plazmidne DNA kot stabilnega, robustnega ogrodja za postavitev biosinteznih encimov v citoplazmi bakterije Escherichia coli. To vključuje pretvorbo posameznih encimov v himerne encime, ki imajo sposobnost vezave na DNA, kar smo dosegli z gensko fuzijo cinkovih prstov, ki se vežejo na specifična zaporedja DNA. Himerni proteini, izraženi v celicah v prisotnosti DNA ogrodja, ki vsebuje specifično DNA zaporedje, ki ga cinkovi prsti prepoznavajo, povečajo titer metabolnih produktov, kot so resveratrol, 1,2-propanediol in mevalonat. Rezultati ponazarjajo uporabnost DNA ogrodja za združevanje biosintetskih encimov v funkcionalne metabolne strukture.
COBISS.SI-ID: 4824602
MARCKS (ang. myristoylated alanine-rich C kinase substrate) je naravno nezvit protein, ki posreduje pogovor med različnimi signalnimi potemi. Transkripcija proteina MARCKS je povečana po stimulaciji z bakterijskim LPS. Pokazali smo, da MARCKS specifično veže LPS. Po stimulaciji z LPS se MARCKS premakne s plazemske membrane v FYVE-pozitivne endosome, kjer kolokalizira z LPS. V proteinu MARCKS okvarjene celice MEF (ang. mouse embryonic fibroblasts) se odzovejo na stimulacijo z LPS s povečano produkcijo IL-6 glede na divji tip celic MEF. Podobne rezultate smo dobili z uporabo MARCKS siRNA, medtem ko povečano izražanje MARCKS povzroči inhibicijo LPS signaliziranja. Ti rezultati kažejo, da MARCKS prispeva k negativni regulaciji celičnega odgovora na LPS.
COBISS.SI-ID: 4930586
TLR4 je vpleten v aktivacijo nespecifične imunosti. Kljub temu, da je močno preučevan, je regulacija njegove aktivacije še vedno slabo raziskana. Če smo ektodomeno TLR4 zamenjali z MD-2 ali CD14, smo dobili konstitutivno aktiven receptor neodvisen od liganda. To kaže na to, da je vloga ektodomene tudi v tem, da preprečuje spontano težnjo transmembranskih in citoplazmatskih domen po dimerizaciji, kar je verjetno pomembno za občutljivost TLR4 na aktivacioj z različnimi agonisti.
COBISS.SI-ID: 4652570