Na osnovi projektnega predloga B. Gillian Turgeon, Univerza Cornell, ZDA in Nada Kraševec, Kemijski inštitut, Ljubljana, CSP 336 (2010) je projekt financiral Urad za znanost ameriškega Ministrstva za energetiko (Dogovor št. DE-AC02-05CH11231; finančni znesek ni številčno opredeljen). Na inštitutu Joint Genome Institute (JGI) so opravili določanje nukleotidnega zaporedja genoma v okviru javnega programa določevanja genomov (CSP 2011). Namen je raziskovalcem zagotoviti dostop do visoko zmogljivega sekvenciranja za projekte, ki so zanimivi za njihovo poslanstvo. Projekte izberejo glede na znanstveno vrednost in glede na pomembnost za razumevanje tem kot so: globalno kroženje ogljika, alternativni načini produkcije energije in biogeokemije. Cilj projekta je zbirko genomov gliv Dothideomycetes razširiti z dodatnimi žitnimi patogeni: Cochliobolus lunatus, C. victoriae, C. carbonum in C. miyabeanus.
D.01 Vodenje/koordiniranje (mednarodnih in domačih) projektov
COBISS.SI-ID: 4962586Zbirko genomov gliv iz skupine Dothideomycete smo razširili z dodatnimi žitnimi patogeni kot so: C. lunatus, C. victoriae, C. carbonum in C. miyabeanus. Velikost novih genomov je v značilnem območju 30-40 Mb, uporabljeni so bili podobni pristopi kot pri de novo in re-sekvenciranju seva O in T glive C. heterostrophus. # Objava genoma na spletni strani: Cochliobolus lunatus m118 v1.0; http://genome.jgi-psf.org/Coclu1/Coclu1.home.html) (1. verzija, februar 2012) Cochliobolus lunatus m118 v2.0; http://genome.jgi-psf.org/Coclu2/Coclu2.home.html ) 2. verzija, maj 2012). # Objava novice v časopisu: Slovenski raziskovalci sodelovali pri določevanju genoma patogene glive (priloga Znanost, Delo, 9.3.2012) Predavanja na delavnicah v okviru mednarodnih znanstvenih srečanj: # Kraševec Nada. Cytochromes P450 from Cochliobolus species: [lecture at] Dothideomycete Workshop-ECFG11, 3rd April, 2012, Marburg, Deutschland. Marburg, 2012. [COBISS.SI-ID 4962586] # Javornik Branka, Gunde-Cimerman Nina, Plemenitaš Ana, Kraševec Nada. Fungal comparative genomics in Slovenia. V: Janežič Sandra (ur.), Benčina Mojca (ur.), Rupnik Maja (ur.), Gradišar Helena (ur.). 9th Congress of the Slovenian Biochemical Society [also] 5th Congress of the Slovenian Microbiological Society with International Participation [also] 3rd CEFORM (Central European Forum for Microbiology), Maribor, 12th - 15th October 2011. Abstract book. Maribor: Zavod za zdravstveno varstvo, 2011, str. 46. [COBISS.SI-ID 28997593] #Nada Kraševec. Sequencing and analysis of cytochrome P450s in Cochliobolus lunatus - update. Dothideomycetes Comparative Genomics workshop - Dothideomycetes genome sequencing: status and future needs; 27th Fungal Genetics Conference; Asilomar Conference Grounds, Pacific Grove, California, March 12, 2013.
F.16 Izboljšanje obstoječega informacijskega sistema/podatkovnih baz
V proces raziskav smo vključili tudi dodiplomske in podiplomske študentke, bodoče visoko izobražene strokovnjakinje in raziskovalke, ki so izdelale dve diplomski deli in dve doktorski nalogi. MERZDOVNIK, Judita. Priprava rekombinantne benzoatne parahidroksilaze za kristalizacijske študije : diplomsko delo = Preparation of recombinant benzoate para-hydroxylase for crystallization studies : university studies. Ljubljana: [J. Merzdovnik], 2010. X, 55 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 34480645] ŠULIGOJ, Erika. Preizkušanje možnih inhibitorjev benzoat 4-monooksigenaze kot novih protiglivnih učinkovin : diplomsko delo Testing potential inhibitors of benzoate 4-monooksigenaze as new antifungal agents : university studies. Ljubljana: [E. Šuligoj], 2012. XI, 58 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 35823109] PODOBNIK, Barbara. Funkcijska analiza citokroma P450 para-benzoatne hidroksilaze pri nitasti glivi Cochliobolus lunatus : doktorska disertacija = Functional analysis of cytochrome P450 para-benzoatne hydroxylase from filamentous fungus Cochliobolus lunatus. Ljubljana: [B. Podobnik], 2010. X, 82 f., ilustr., tabele. [COBISS.SI-ID 253816832] LAH, Ljerka. Evolucijski in biološki vidiki reduktaz citokromov P450 pri glivah : doktorska disertacija = Evolutionary and biological aspects of fungal cytochrome P450 reductases : doctoral thesis. Ljubljana: [L. Lah], 2009. XIV, 94 str., ilustr., tabele. [COBISS.SI-ID 246737408]
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 246737408V letu 2011 smo v Mariboru od 12. - 15. oktobra organizirali skupni kongres, ki je vključeval 9. Srečanje Slovenskega biokemijskega društva in 5. Srečanje Slovenskega mikrobiološkega društva (SMD) - z mednarodno udeležbo, ter 3. Centralno evropski forum za mikrobiologijo. V sklopu kongresa smo organizirali okroglo mizo z naslovom: "Inovacije in prenos tehnologije v znanosti" in posvet z naslovom: "Vpliv (prehrambeno) mikrobiološkega izobraževanja na prakso varnih živil". Srečanja se je udeležilo preko 270 udeležencev.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 258116096