To je prva študija, kjer smo preučevali komunikacijo pri B. subtilis na mikroskali in pokazali, da obstaja pestrost komunikacije pri sevih, ki so v okolju blizu skupaj. Sevi komunicirajo s sistemom ComQXPA, ki je visoko polimorfen na nivoju ozkosorodnih sevov, zato lahko ločimo 4 komunikacijske skupine znotraj vrste. Komunikacija je med sevi znotraj skupine uspešna, medtem ko med skupinami ne. V študiji smo primerjali komunikacijo izolatov iz nabrežnih tal reke Save in izolatov iz puščave. Ugotovili smo, da pestrost jezikov ni odvisna od tipa okolja in je prisotna tako na mikro kot makroskali.
COBISS.SI-ID: 3565432
V tem delu smo kvantitativno preučili vpliv različnih fiziko-kemijskih dejavnikov na invazivno rast kvasovke Saccharomyces cerevisiae. Za in vitro študije invazivnosti S. cerevisiae, fenomena, ki velja za domnevni virulentni faktor te klinično bolj in bolj zaskrbljujoče kvasovke, se navadno uporabljajo testi invazije v agar. A vendar so kvalitativni testi invazije v agar, ki so se uporabljali do sedaj, močno omejevali izvedljivost in interpretacijo analiz, zato so bili potrebni izboljšav. Poleg tega je povezava med invazivno rastjo in stresnimi pogoji, značilnimi za človeški prebavni trakt in živila, izredno slabo proučena in je zato to znanje potrebno razširiti. V ta namen smo kvantitativni test invazije v agar, ki je bil predstavljen v našem predhodnem delu, aplicirali za podrobno proučevanje stresnih dejavnikov, ki kontrolirajo adhezijo in invazijo kvasovke. Deset virulentnih in nevirulentnih sevov S. cerevisiae smo testirali pri različnih temperaturah, pH vrednostih, pri stradanju s hranili, spremenjeni atmosferi in pri različnih koncentracijah NaCl, CaCl2 in konzervansov. Z uporabo specifičnih parametrov, kot je npr. relativna invazija, smo predpostavili osem modelov invazivne rasti, ki so omogočili jasnejšo interpretacijo rezultatov. Močno preferenco do invazivne rasti (oz. visoko relativno invazijo) smo opazili, ko so sevi rasli na gojiščih revnih z dušikom in glukozo. Signifikantno povečanje invazije sevov smo zaznali tudi pri temperaturah, ki so tipične za vročino pri človeku (37-39 °C). Po drugi strani smo določili močan represivni efekt na invazijo v prisotnosti soli, anaerobioze in pri nekaterih konzervansih.
COBISS.SI-ID: 3750520
Delo opisuje nov pristop izolacije in kvantitativne analize proteinov celične stene iz invazivno rastočih izolatov S. cerevisiae. Metoda je kompatibilna s testom invazije v agar in je presejalno orodje za hitro analizo proteinov povezanih z adhezijo in invazivnostjo kvasovk. Metodo smo optimizirali za hitro in direktno analizo večproteinskih vzorcev z SDS-PAGE brez predhodnega koncentriranja ali čiščenja ter ohranili visoko ločljivost proteinov. Z njo smo primerjali invazivne in neinvazivne izolate, invazivni in neinvazivni del kolonije in celice gojene pri optimalni in povišani temperaturi.
COBISS.SI-ID: 3709816
V tem delu smo študirali produkcijo pigmenta pri Vibrio sp. pri razlicnih fizikalno kemijskih pogojih. Opazili smo, da produkcije pigmenta ni bilo pri visokih in nizkih temperaturah, visokih in nizkih koncentracijah soli v PKE gojišču, nizki koncentraciji glukoze v mineralnem gojišču ali visoki koncentraciji glukoze v PKE gojišču. To nakazuje, da je produkcija pigmenta luksuz, ki ga Vibrio sp. tvori samo pri ugodnih pogojih. Pokazali smo tudi, da je rdeči pigment protibakterijski agens za Vibrio sp.
COBISS.SI-ID: 3772024
Pri visoki celični gostoti in ob pomanjkanju hranil kvasovke kolektivno prilagodijo metabolizem z izločanjem aromatskih alkoholov kar je znano kot »quorum sensing« (QS). Mehanizem in vloga takšne komunikacije sta slabo poznani in metodologija za proučevanje teh procesov slabo razvita. Članek opisuje učinkovit pristop za študij fenomena QS med fermentacijo kvasovk. Ločbo, detekcijo in kvantifikacijo domnevnih QS molekul 2-feniletanol, triptofol in tirozol smo optimizirali na enostavnem sistemu HPLC. Z uporabo fenilne HPLC kolone in fluorescenčnega detektorja smo bistveno povečali občutljivost sistema. To je omogočilo opustitev ekstrakcije in koncentriranja analitov ter zmanjšanje delovnega volumna na nivo 2-ml minifermentacij. Poleg tega smo predstavili inovativno metodo za hitro štetje živih kvasnih celic. Ta študija je osnova za nadaljnje poglobljene študije kinetike in regulacije QS med fermentacijo s kvasovkami.
COBISS.SI-ID: 4215160