Razvili smo metodo za učenje ansamblov dreves za hierarhično večznačkovno klasifikacijo. Z njo smo napovedovali funkcijo genov pri treh različnih organizmih: S. cerevisiae, A. thaliana in M. musculus. Rezultati so pokazali, da je metoda enako točna kot trenutno najsodobnejše metode za avtomatsko določanje funkcij genom, hkrati pa časovno veliko bolj učinkovita.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 23480359Uredili smo knjigo o induktivnih bazah podatkov in rudarjenju podatkov z omejitvami, ki predstavi omenjeno raziskovalno področje in poda pregled novejših raziskav. Induktivne baze so zelo pomembne za integrativno analizo podatkov na splošno in in še posebej za sistemsko biologijo. Poleg podatkov vsebujejo induktivne baze tudi vzorce, ki nastajajo ob izvedbi induktivnih povpraševanj. Napisali smo več poglavij, ki pokrivajo teme kot so ontologije za podatkovno rudarjenje, razvrščanje z omejitvami, napovedovanje funkcije genov in analiza podatkov iz mikromrež.
C.01 Uredništvo tujega/mednarodnega zbornika/knjige
COBISS.SI-ID: 24215079Razvili smo več metod za rangiranje značilk in jih uporabili na problemih odkrivanja biomarkerjev. Vključujejo metodo za rangiranje v kontekstu napovedovanja strukturiranih izhodov, kot npr. več ciljnih spremenljivk, metode za evalvacijo rangiranj in metode za agregacijo rangiranj. Omenjene metode smo uporabili za odkrivanje biomarkerjev pri embrionalnem tumorju (neuroblastoma) in pri nevrodegenerativni Huntingtonovi bolezni.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 24222247Organizirali smo tretjo in četrto mednarodno delavnico o strojnem učenju v sistemski biologiji (MLSB-09 in MLSB-10) v Ljubljani in Edinburgu. Sopredsedovali smo programskima odboroma obeh dogodkov. Delavnica je dogodek z visokim ugledom in zelo kvalitetnimi vabljenimi predavanji ter recenziranimi prispevki, ki se ga udeleži več kot šestdeset udeležencev. Prispevki z vsake od delavnic so bili izdani v zborniku. Na delavnicah smo predstavili svoje rezultate dela na tem projektu ter na mednarodnih projektih EETP in PHAGOSYS.
B.02 Predsedovanje programskemu odboru konference
COBISS.SI-ID: 24513831Z uporabo algoritma za k-medoidno razvrščanje in dinamičnega časovnega raztezanja med časovnimi vrstami, smo razvrstili časovne vrste zastrtosti tal z oljno ogrščico. Razvrščanje je oblikovalo pet tipičnih skupin časovnih vrst glede zastrtosti tal, ki se med seboj razlikujejo glede na stopnjo zastrtosti, časovno dinamiko zastiranja in dosežene največje vrednosti zastrtosti. Pokazalo se je, da so oblike časovnih profilov poljščine v veliki meri neodvisne od njenega tipa (jesenska/spomladanska oljčna ogrščica) in od načinov zatiranja plevelov. V nadaljevanju smo izdelali model razvrščanja (generalizirana oblika odločitvenega drevesa) za napovedovanje oblike časovne vrste zastiranja tal s pleveli (časovne vrste) s pomočjo neodvisnih (napovednih) spremenljivk, ki so vključevale obliko časovnega profila zastrtost tal s poljščino, drugimi opisi značilnosti poljščine in okoljskih spremenljivk. Uporabljen pristop je ugotovil medsebojno odvisnost poljščine s plevelnimi vrstami vegetacije glede zastiranja tal.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 24218407