V članku poročamo o Nimfi, ki je odprtokonda knjižnica v programskem jeziku Python in vsebuje različne algoritme za nenegativni matrični razcep. Knjižnica podpira vrsto znanih algoritmov, postopkov za inicializacijo faktoriziranih matrik in postopkov za ocenjevanje uspešnosti razcepa. Knjižnica podpira delo tako s polnimi kot tudi redkimi matrikami.
COBISS.SI-ID: 9067604
V članku pokažemo, da je stanje diferenciacije zarodnih celic moč napovedati iz podatkov o genskih izrazih. Napovednega modela se s pomočjo različnih projekcijskih tehnik naučimo iz izraznih profilov celic, za katere je stopnja diferenciacije znana. V nizu eksperimentov na 14 podatkovnih naborih iz baze Gene Expression Omnibus pokažemo, da je napoved z modeli, zgrajenimi na ta način, robustna in zanesljiva. Veliko točnost napovedi pokažemo tako na testih znotraj in med različnimi celičnimi linijami.
COBISS.SI-ID: 8578900
V članku smo predstavili novo tehniko za optimizacijo vizualizacij mrež, ki lahko poleg podatkov o mreži dodatno uporabi podatke o podobnostih med vozlišči. Predlagano metodo sestavljata dva koraka;; v prvem algoritem uredi vozlišča v komponentah mreže, v drugem pa globalno uredi komponente. V eksperimentih s področja obdelave podatkov o genskih izrazih primerov z levkemijo smo pokazali, da razvita metoda lahko odkrije povezave, ki bi sicer pri uporabi klasičnih tehnik za optimizacijo vizualizacij mrež ostale skrite.
COBISS.SI-ID: 7964756
Z uporabo visokozmogljivostne genetike smo določili molekulski vpliv toksične fosfolipaze A2 v kvasovki S. cerevisiae. S tehnikami bioinformatike smo na osnovi rezultatov presejalnega testa postavili hipoteze in jih v nadaljevanju s fokusiranimi pristopi tudi potrdili. S tem smo pokazali, da je kvasovka izjemno uporaben organizem tudi za določanje molekulskih tarč toksičnosti toksinov, ki so evolucijsko prilagojeni za delovanje v sesalskih celicah.
COBISS.SI-ID: 23541287
IZHODIŠČE: Preiskovali smo transkriptom človeških primarnih hepatocit, tretiranih z dvema pogosto predpisovanima hipolipidemikoma atorvastatinom in rosuvastatinom ter rifampicinom, ki je služil kot kontrola in model za aktivacijo jedrnega receptorja PXR. Posebno pozornost smo posvetili interakcijam med ravnovesjem holesterola in presnovo zdravil. METODE: Človeške hepatocite donorjev smo 12, 24, ali 48 h tretirali z rosuvastatinom, atorvastatinom in rifampicinom. Ekspresijsko profiliranje smo izvedli z nizkogostotnimi cDNA čipi Steroltalk, ki so obogateni z geni presnove holesterola in zdravil, ter z Affymetrix HG-U133 Plus 2.0 čipi, ki vsebujejo celotni človeški genom. Izbrali smo diferencialno izražene gene (DE) in obogatene genske skupine poti KEGG. Liste DE genov ter obogatenih skupin smo navzkrižno primerjali. Izražanje izbranih genov smo preverili s PCR v realnem času. REZULTATI: Statini so v hepatocitah povzročili (a) povečano izražanje s holsterolom povezanih genov, kar kaže na povečan privzen LDL in povečano shranjevanje esterificiranega holesterola; povečan izvoz žolčnih kislin ter zdravil kot tudi znižanje sposobnosti tvorbe HDL; (b) perturbacije genov ravnovesja glukoze in maščobnih kislin, kar vpliva na celične zaloge acetil-koencima A, pospešuje glukoneogenezo in izvoz glukoze; (c) povečano izražanje ADIPOR2, kar nakazuje na povečano občutljivost na adiponektin; (d) perturbacije genov, vključenih v tvorbo lipoproteinov, ki se razlikujejo med statinoma; (e) spremenjeno izražanje mnogih presnovnih genov, ki jih uravnavata androstanski in/ali pregnanski X receptor. ZAKLJUČKI: Rezultati predstavljajo nov celostni vpogled v delovanje statinov v jetrih in ponujajo biokemijske razlage za povišano koncentracijo krvne glukoze pri pacientih, zdravljenih s statini, kot tudi za z zdravili pogojeno sekundarno zamaščenost jeter NAFLD.
COBISS.SI-ID: 28866009