Kljub pomembnosti transmembranskih proteinov in vedno večjega interesa zanje je velika večina membranskih proteinov še vedno premalo raziskana zaradi težav z eksperimenti. Za zapolnitev te vrzeli v znanju je razvitih več in-silico metod z namenom napovedati transmembranske regije, topologijo in strukturo proteinov. Čeprav se lahko napoved za [alfa] transmembranske regije alfa vijačnic napovedujemo z veliko natančnostjo, pa ni tako v primeru transmembranskih [beta]-segmentov. Krajši in manj hidrofobni transmembranski [beta]-segmenti predstavljajo težji problem za napovedne modele. Beta-transmembranski segmenti proteinov so prisotni v zunanji membrani bakterij ter v celih organelah - mitohondriji in kloroplasti. Delujejo kot ionskih transporterji in igrajo pasivno vlogp pri vnosu hranil. V tem delu predstavljamo na podatkih osnovan model za napoved transmembranskih beta segmentov. Model temelji na podlagi informacij o aminokislinskem zaporedju brez uporabe evolucijskih podatkov iz usklajevanja različnih zaporedij. Podatki o 3D strukturi [beta]-kanalov transmembranskih proteinov so zbrani iz javnih baz PDB in PDBTM. Sekvence ločimo na transmembranske in ne-transmembranske domene. Model je razvit na osnovi nelinearne protitočne umetne nevronske mreže in s pomočjo matematičnih deskriptorjev, ki popisujejo beljakovinska zaporedja. Model kaže 83-odstotno natančnost napovedovanja, ko je preskušen z zunanjim nizom podatkov. Za nadaljnje izboljšanje napovedi za neznana zaporedja proteinov in odpravljanje lažno pozitivnih in negativnih napovedi smo vpeljali kontrolo na osnovi statističnih podatkov o porazdelitvi aminokislin v beta transmembranskih segmentih. Na koncu smo naredili primerjalno študijo med rezultati našega modela in napovedi metoda z drugimi tehnikami in algoritmi, ki so na voljo za uporabo preko spleta.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4777242Predstavljen je pristop za pojasnjevanje strukture transmembranskih domen bilitranslokaze (BTL). BTL je membranski protein, ki prenaša bilirubin iz krvi v jetrne celice. Zaporedja in informacije o sekundarni strukturi transmembranskih segmentov proteinov, katerih 3D struktura je poznana, uporabimo za napovedovanje transmembranski domen proteinov, katerih 3D strukture ne poznamo. S pomočjo informacij strukturno poznanih proteinov trans-membranske domene kodiramo na tak način, da jih je mogoče grupirati glede na njihove strukturne karakteristike in zgraditi model za napovedovanje transmembranskih segmentov. Da bi raziskali transportni mehanizem bilitranslokaze, smo testirali niz raznolikih spojin na njihovo kompetitivno inhibicijo v preiskovanem proteinskem sistemu. Informacije o kemijski strukturi majhnih molekul, ki zavirajo bilitranslokazo pri prenosu standardnega substrata, nam pomaga graditi hipotezo o transportnem mehanizmu obravnavanega biološkega sistema.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4708634V kemometrijska raziskava fosfolipidnih maščobnih kislin v eritrocitnih membranah smo primerjali sestavo maščobnih kislin in njihovih značilnih koncentracijskih profilov v vzorcih bolnikov z različnimi boleznimi. Preverili smo hipotezo, da bi lahko spremembe v njihovih koncentracijskih profilih odražale različne bolezni in presnovne motnje. Študirali smo vzorce 272 bolnikov, med njimi 135 s kronično vnetno črevesno boleznijo (60 bolnikov s Crohnovo boleznijo in 75 bolnikov z drugimi vnetnimi črevesnimi boleznimi), 53 bolnic z leiomiomom maternice, 14 bolnic brez leiomioma, 52 astmatikov, 18 s črevesnimi izrastki in 70 krvnih vzorcev kontrolne skupine brez vseh navedenih bolezni. Uporabili smo robustno in zanesljivo analitsko metodo, dodatno izboljšano in optimizirano za ekstrakcijo lipidov, ločitev lipidnih razredov in izolacijo fosfolipidov s kremenčevo stacionarno fazo. Plazmalogeni (lipidi z etersko vezjo) delujejo kot tarče za oksidante in so glavni lipofilni antioksidanti. Vsebnosti analiziranih maščobnih kislin in plasmalogenov povezanih z dimetil acetali so bile ocenjene z metodo glavnih osi (PCA) in drugimi kemometrijskimi in statističnimi metodami. Študija kaže razlike v koncentracijskih profilih membranskih maščobnih kislin pri bolnikih z različnimi boleznimi, kar lahko nadalje izkoristimo za diagnostiko in preverjanje zdravja prebivalstva, kjer lahko maščobne kisline igrajo vlogo biomarkerjev za določene bolezni.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 15470102