Za testiranje količine na novo nastalih intronov v genskih družinah, ki so specifične za placentalne sesalce smo analizirali tudi KRAB in SCAN ZNF gene (epigenetske represorje), še posebno tiste ortologne gene, ki so nastali v predniku placentalnih sesalcev (analizirali smo več kot 150 ortolognih genov). Analiza teh genov je pokazala, da količina na novo nastalih intronov pri teh genih ni tako velika kot v primeru domesticiranih genov in retrogenov, vendar pa smo vseeno prepoznali številne primere na novo nastalih intronov. Analiza domesticiranih genov, retrogenov in transkripcijskih faktorjev (epigenetskih represorjev), ki so vsi nastali v predniku placentalnih sesalcev (~200 analiziranih genov), je pokazala, da so v predniku placentalnih sesalcev na novo nastali številni introni ter da pri sesalcih še vedno na novo nastajajo introni. V tej študiji smo kot prvi dokazali obstoj številnih na novo nastalih intronov v predniku placentalnih sesalcev.
COBISS.SI-ID: 25309479
Vretenčarji, še posebno sesalci, imajo številne domesticirane gene (DG), ki so nastali iz transpozicijskih elementov. Vendar pa sta bila nastanek in evolucija DG, ki so nastali iz retroelementov (RDDG), doslej le delno pojasnjena. Nastanek in regulatorno ožičenje RDDG smo raziskovali s pomočjo filogenomske analize več kot 90 genomov strunarjev. Filogenomska analiza teh DG je pokazala, da je do glavne diverzifikacije prišlo v predniku placentalnih sesalcev. Analiza sintenije je pokazala, da so bili različni RDDGji in njihovi kromosomski položaji fiksirani že v predniku placentalnih sesalcev. S pomočjo analize aktivnih skupin Metaviridae pri amniotih smo dokazali, da so RDDGji nastali iz ostankov retroelementov. Pokazali smo tudi, da je bila kromosomska mobilnost RDDGjev zelo dinamična samo v predniku placentalnih sesalcev. Med procesom domestikacije je bila de novo pridobitev regulatornih regij predpogoj za preživetje DGjev. Nastanek in evolucijo de novo pridobljenih promotorskih in neprevedenih regij pri različnih sesalskih RDDGjih smo pojasnili s pomočjo komparativne analize ortolognih genskih lokusov. Nastanek inovacij in adaptacij, ki so značilne za placentalne sesalce (placenta, neokorteks) je bil zelo verjetno povezan z regulatornim ožičenjem DGjev in njihovo hitro fiksacijo v predniku placentalnih sesalcev.
COBISS.SI-ID: 26492711
V tem znanstvenem članku smo razvili enostavno metodo za filogenomsko analizo obsežnih in zelo divergentnih proteinskih naddružin.
COBISS.SI-ID: 23152679
V tem preglednem članku smo naredili sintezo trenutnega znanja o transpozicijskih elementih pri plazilcih in ptičih. Pomembno je za razumevanje organizcije in evolucije sesalskih genomov.
COBISS.SI-ID: 23528999