Predlagana je realna možnost odkrivanja in sledenja podzemnih vodnih tokov na krasu preko analize molekularnih podatkov vodnih organizmov, ki za svojo migracijo uporabljajo podzemni svet, do česar smo prišli s populacijsko genetsko analizo imotske gaovice (Delminichthys adspersus). Za določitev strukture populacij in razširitvenega območja ter za odkrivanje potencialnih podzemnih prehodov, smo uporabili velik set genetskih podatkov, ki obsega 544 primerkov D. adspersus z večjega dela distribucijskega območja. Analiza mitohondrijskega zaporedja za citokrom b (-1000 bp) in 8 mikrosatelitnih lokusov je pokazala, da D. adspersus vključuje vsaj tri podpopulacije z medsebojno izmenjavo genov. Koalescentna analiza je pokazala kompleksen migracijski vzorec, z več enosmernimi širitvenimi potmi vključno z izviri, ki nimajo površinske povezave. Rezultati te študije kažejo na obstoj ponavljajoče podzemne migracije rib v kraškem okolju in dokazuje zapletenost njegovega hidrološkega sistema. Ugotovitve so pomembne za ohranjanje strategij za ohranjanje endemičnih kraškh organizmov in kraških ekosistemov kot celote.
COBISS.SI-ID: 3018120
Epitelne celice mlečne žleze koze smo uporabili za vzpostavitev primarne celične kulture, v kateri smo identificirali celice z matičnim karakterjem, ki omogočajo študij in boljše razumevanje cikličnih procesov v mlečni žlezi, kar omogoča uporabo tega znanja za manipulacijo laktacije. Namen raziskave je bil dokazati obstoj celic z matičnim karakterjem v frakciji epitelni celic mlečne žleze. Z uporabo metode formiranja celičnih kolonij in vitro smo pokazali, da v naši celični frakciji obstajajo progenitorske celice z matičnim karaktarjem. S tranplantacijskim eksperimentom v NOD/SCID miškah smo dokazali, da se transplantirane celice organizirajo v alveolam podobne strukture in da imajo te celice potencial za regeneracijo mlečne žleze
COBISS.SI-ID: 3095176
Članek predstavlja rezultate preiskovanja podatkovnih zbirk z miRNA in iskanja polimorfizmov v regiji miRNA, ki je odločilna za prepoznavanje tarče in njeno inaktivacijo. Predstavljena so tudi programska orodja, ki so bila razvita v ta namen. Na spletni strani http://www.integratomics-time.com/miRNA-SNiPer je predstavljeno orodje za iskanje polimorfizmov v miRNA in katalog 149 SNP pri šestih verenčarskih vrstah. Zaradi pleiotropnega načina delovanja miRNA, so mutacije v genih za miRNA pogosto povezane s fenotipskimi lastnostmi, med katerimi so tudi vedenjske lastnosti, parametri rasti in delovanja imunskega sistema. Rezultati študije pomenijo dobro izhodišče za raziskovalce epigenetskega vpliva na kompleksne lastnosti.
COBISS.SI-ID: 3003528
Neuraminidases so dejavniki virulence v mnogih patogenih microarganizmih. Prisotni so tudi v nekaterih vrstah mikoplazem, ki povzročajo bolezni pri pticah, psih in aligatorjih. Sedemintrideset vrst mikoplazem je bilo že pregledanih na nevraminidazno aktivnost, medtem ko je veliko vrst, ki povzročajo bolezni pri človeku, prežvekovalcih, prašičih, glodalcih in drugih živalih še nepreiskanih. V tej študiji smo preučili encimsko aktivnost nevraminidaze (NEAC) pri 45 predhodno neproučrnih vsta mikoplazem, vključno s tistimi, ki povzročajo bolezni pri človeku, domačih in laboratorijskih živalih. Edina vrsta, v kateri je bila odkrita NEAC je Mycoplasma neurolyticum, zlasti pri tipskem sevu (Type A[up]T), ki lahko povzroči nevrološke znake pri cepljenih mladih miših in podganah. NEAC spranih celic je bila relativno šibka, vendar se je razlikovala celo več kot 10-krat med kulturami celic, pridobljenih iz posameznih kolonij M. neurolyticum. Šibka NEAC je bila tudi ugotovljena v supernatantu bujonske kulture M. neurolyticum. Pasje Mycoplasma spp. z visoko sialidazno aktivnostjo, o kateri so poročali so Mycoplasma canis, Mycoplasma cynos in Mycoplasma molare, ki imajo tudi do 100-krat višjo NEAC kot M. neurolyticum, vendar obstajajo očitne razlike v NEAC med sevi M. canis in M. cynos. Cimogrami z uporabo za nevraminidaze specifičnega kromogenega substrata so bili uporabljeni za dokazovanje NEAC proteinov. V M. canis (poljski izolat Larissa in sev PG14) , M. cynos (izolat 896) in M. molare (sev H542) smo dokazali beljakovine z molekularno maso NEAC - 130 kDa, 105 kDa in 110 kDa. Opredelitev teh neuraminidaz je osnova za njihovo molekularno karakterizacijo.
COBISS.SI-ID: 2958984
MikroRNAs (miRNAs) so razred nekodirajočih RNA (ncRNAs) in posttranskripcijskih regulatorjev, zakatere so dokazali, da so vpleteni tudi v patogenezo različnih vrst rakastih obolenj pri človeku. Njihovo aberantno izražanje lahko v primeru tumorskih supresorjev vodi do karcinogeneze z zaviranjem malignega potenciala, ali ko delujejo kot onkogeni, do aktivacije malignega potenciala. Razlike v izražanju genov miRNA v tumorskih tkivih se lahko pojavijo zaradi več dejavnikov, vključno s pozicijskimi efekti ko se nahajajo v genomskih regijah, ki so povezane z nakom raka, epigenetskimi mehanizmi in deregulacijo mehanizmov za procesiranje miRNA, kar vse prispeva h kompleksni deregulaciji genskih mrež, ki jih regulira miRNA. To lahko poveča ali zmanjša izražanje genov, ki kodirajo beljakovine, lahko prizadene 3'-UTR ali druge genske regije (5'-UTR, promotor, kodirajoča zaporedja), in lahko deluje v različnih ubcelularnih strukturah in vpliva na razvojne in presnovne procese. Zaradi številnih raziskav o vplivu miRNA na razvoj raka, je na voljo veliko podatkov, in naš namen je povzeti glavne ugotovitve in kritično pregledati kompleksno mrežo, ki povezuje miRNA in tarčne gene, v regulatorne mehanizme in njihove fenotipske posledice za razvoj raka. S poručevanjem teh interakcij, smo želeli dobiti vpogled, ki bi omogočil razvoj novih diagnostičnih označevalcev kot tudi identifikacijo novih tarč za bolj selektivno zdravljenje tumorjev. Da bi omogočili učinkovito analizo smo razvili spletno orodje, ki ga bomo redno posodabljali (http://www.integratomics-time.com/miRNA_timeline). Nadaljnji razvoj tega orodja bo usmerjen v zagotavljanje dodatnih analiz za pojasnitev zapletenih interakcij med miRNAs, drugimi ncRNA in proteini, ki so vpleteni v nastanek raka. To orodje omogoča dostop urejenih informacij, ki so namenjene raziskovalcem in zdravnikom pri njihovem delu in nadaljnjih raziskavah.
COBISS.SI-ID: 3058824