Izvedli smo literaturno poizvedbo v raziskovalnih člankih, ki opisujejo epigenetisko uravnavane miRNAs pri rakavih obolenjih in našli 45 študij, ki so bile objavljene med letoma 2006 in julijem 2010. Podatki v teh dokumentih so razdrobljeni in metodološko heterogeni. Naša študija predstavlja prvi sistematični pregled v smislu povezovanja različnih setov informacij. Pregledali smo tudi metode za odkrivanje epigenetskega uravnavanja miRNA, ki obsegajo bisulfitno genomsko sekvenciranje PCR (BSP), bisulfitno pirosekvenciranje, metilacijsko specifično PCR (MSP), kombinirano bisulfitno restrikcijsko analizo (COBRA), na metilacijo občutljivo podaljševanje posameznih nukleotidov (MS-SNuPE ), MassARRAY tehniko in nekatere variante teh metod. Ta integrativna študija je pokazala, da je bilo opisanih 122 miRNAs ki so bile epigenetsko uravnavane pri 23 vrstah raka. V primerjavi z geni, ki kodirajo proteine, so oncomiR pri človeku pokazale za en red velikosti pogostejše metiliranje (13%, 122/940 znanih miRNAs). Skoraj polovica (45%, 55/122) epigenetsko uravnavanih miRNAs je povezana z različnimi vrstami raka, drugih 55-odstotkov (67/122) miRNAs pa je bilo prisotnih le pri eni vrsti raka in predsatvljajo dober potencial za razvoj biomarkerjev za diagnostiko raka. Analiza podatkov je pokazala, da se miRNA, ki so epigenetsko regulirane locirane na kromosomih, 1q, 7q, 11q, 14q in 19q. Analiza CpG otočkov pred zaporedji miRNA je pokazala, da ima 20% (26/133) epigenetsko uravmavanih miRNA CpG otok v intervalu 5 kb, med njimi se 14% (19/133) miRNAs nahaja znotraj CPG otoka. Naša raziskava je pokazala, da nosijo kandidatne miRNA epigenetski podpis, ki omogoča razvoj novih terapevtskih strategij za rakava obolenja, ki bi bile usmerjene v epigenetsko uravnavanje miRNA.
COBISS.SI-ID: 2837128
Soška postrv (Salmo marmoratus) naseljuje dve geografsko ločeni območji v severnem in južnem porečju Jadranskega morja. Čeprav so si morfološko podobne, vsako populacijo odlikuje druga vrsta nesorodnih mitohondrijskih haplotipov, kar kaže na to, da so se razvili iz različnih prednikov. Zaradi možne neusklajenosti med mitohondrijsko in vrstno filogenijo smo izvedli filogenetsko analizo, ki temelji na 22 jedrnih lokusih. Rezultati, ki temeljijo na metodi največjega verjetja in na Bayesovi interferenčni analizi je pokazala, da sta severna in južna populacija tesno povezani in tvorita monofiletično skupino. Ta ugotovitev je skladna z zdajšnjo klasifikacijo soške postrvi, ki smatra obe populaciji za sosednji sti. Po drugi strani pa so naše ugotovitve v izrazitem nasprotju razultati prejšnjih analiz mtDNA in opozarjajo na nevarnost uporabe izključno mtDNK za formuliranje filogenetskih zaključkov. Med razlogi za neskladje med filogenijami, ki temeljijo na mtDNK in jedrni DNA predlagamo nepopolno ločitev linij kot najbolj varčno razlago neujemanja mtDNA marmoriranih postrvi.
COBISS.SI-ID: 2848136
Debelost in metabolni sindrom sta rezultat zapletene interakcije med genetskimi in okoljskimi dejavniki. Poleg procesov, ki jih uravnavajo možgani, so zadnje genomske študije pokazale, da geni, ki so izraženi v maščobnem tkivu pomembno vplivajo na razširjenost in delovanje maščobnega tkiva in tako doprinašajo k debelosti. Z uporabo stratificirane obogatitve transkriptov smo poskušali identificirati za maščobno tkivo specifične gene, ki doprinašajo k debelosti v poligenem modelu debelih miši (F), ki je bil pridobljen s selekcijo, ki je trajala več kot 60 generacij in s primerjavo seva suhih miši (L). Za obogatitev za maščobna tkiva specifičnih transkriptov smo izvedli ˝ snap-shot ˝ primerjavo zbirnih vzorcev, kjer smo primerjali vzorce transkriptov ključnih maščobnih depojev s transkripti nemaščobnega tkiva (mišice, jetra, ledvice). Informacije o lokusih za kvantitatiovne lastnosti (QTL) v tem modelu so nam omogočile nadaljnje filtriranje genov ki neposredno ali posredno doprinašajo k razvoju debelosti. Tako smo uspešno opredelili več genov, ki so bili že prej povezani z debelostjo (C1qr1 in Np3r) kot pozicijske kandidatne gene za rayvoj maščobnega tkiva. Odkrili smo pa tudi nekaj novih kandidatnih genov za debelost (Thbs1, Ppp1rd, Tmepai, Trp53inp2, Ttc7b, Tuba1a , Fgf13, FMR), ki izhajajo iz njihove vloge pri delovanju maščobnih celic. Za kvantitativno analizo mikromrež smo uporabili najbolj fenotipsko različne depoje maščobnega tkiva pri F in L liniji miši po poudarjanju fenotipskih razlik s kronično dieto z veliko maščobami, ki je pokazala razlike v profilu izražanja genov, nalaganju maščobe in odzivih naprehrano preko vnetnih, angiogenih in presnovnih poti. Izbrani kandidatni geni Npr3, Thbs1 in Gys2, ki jih prejšnje QTL študije niso odkrile predsatvljajo nove kandidatner gene, ki doprinašajo k razvoju debelosti, identifikacijo katerih je omogočil naš model F in L miši.
COBISS.SI-ID: 2943624