Dva člana programske skupine sta sodelovala v Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium pri ročni anotacij genov, ki so izraženi v mlečni žlezi. Objavljena in anotirana genomska sekvenca predstavlja prvi znani prežvekovalski genom in odpira številne možnosti za boljše razumevanje simbioze mikroorganizmov v vampu in gostitelja, delovanja imunskega sistema in laktacije.
COBISS.SI-ID: 2460552
Receptor TLR15 je značilen za ptice in doslej zanj še ni bil definiran ustrezen ligand. Po funkciji je ekvivalenten družini receptorjev TLR2 pri sesalcih, ki v sistemu naravne imunosti prepoznavajo širok spekter molekularnih vzorcev mikroorganizmov, vključno z bakterijskimi lipoproteini. V naši raziskavi smo preučevali vlogo kokošjega receptorja TLR15 pri odzivu prirojene imunosti na patogeno bakterijo Mycoplasmo synoviae (MS). Ugotovili smo, da okužba/tretiranje makrofagov in hondrocitov z bakterijo MS in specifično njenim N-terminalnim delom, diaciliranim lipopeptidom (MDLP), ki predstavlja amino konec proteina hemaglutinina MSPB, značilno poveča izražanje proteina TLR15 v celicah, ne pa tudi proteinov TLR1 in TLR2, ki skupaj s proteinom TLR15 spadajo v družino kokošjih receptorjev TLR2. Do aktivacije TLR15 pride samo z diacilacilirano ne pa z monoacilirano obliko lipopeptida. Aktivacija TLR15 po stimulaciji z MS, MSPB ali peptidom MDLP sproži povečano izražanje transkripcijskega dejavnika NF-kB ter sproščanje dušikovega oksida (NO). Obenem pa transfekcija ptičjih makrofagov z siRNA zmanjša izražanje TLR15 po stimulaciji celic z MS, kar vodi v zmanjšanje aktivacije imunskega odziva oz. sproščanja NO. Predhodna inkubacija celic protitelesi, specifičnimi za TLR15, zniža nivo sinteze NO, inducirane z MDLP. Povzeto, vsi naši rezultati kažejo na to, da je diaciliran N-terminalni del hemaglutinina MSPB ligand za TLR15 ter da je njuna vezava tisti mehanizem, ki omogoča aktivacijo prirojenega imunskega odziva proti ptičji mikoplazmi Mycoplasma synoviae.
COBISS.SI-ID: 30945497
Nadgradili in razširili smo bioinformacijsko orodje microRNA SNiPer, ki je bilo prvotno objavljeno v letu 2012 in omogoča iskanje genetske variabilnosti znotraj mikro RNA genov pri vretenčarjih. V novi verziji (verzija 3) smo vključili nove živalske vrste in izdelali katalog genetske variabilnosti za domače živali. Orodje sedaj omogoča iskanje genetske variabilnosti znotraj mikro RNA za 16 vrst, vključno za 4 vrste domačih živali: prašič, konj, govedo in kokoš. Izdelani katalog bo služil kot osnova za razvijanje novih biooznačevalcev v živinoreji.
COBISS.SI-ID: 3249544
DEPTOR (protein, ki deluje na mTOR in vsebuje DEP domeno) inhibira rapamticin (mTOR), vendar njegova funkcija in vivo ni znana. Predhodne raziskave nakazujejo, da je Deptor del QTL Fob3a, ki je povezan z debelostjo pri miših, kjer je izražanje Deptor proteina povišano v maščobnem tkivu debelih živali. To je presenetljivo, ker ima mTOR pozitivno vlogo pri preprečevanju nalaganja maščobe. Deptor je najverjetnejši kandidat znotraj Fob3a QTL, saj se transgene miši, ki izražajo velike količine Deptor-ja bolj zamastijo. Tudi pri človeku je izražanje Deptor-ja povezano z debelostjo. Izražanje Deptor-ja stimulirajo glukokortikoidi in tem zamaščevanje, supresija Deptor-ja pa zavira adipogenezo. DEPTOR aktivira Akt/PKB-PPAR gama os preko blokade mTORC1 regulacije inzulinske signalizacije. DEPTOR je nov regulator adipogeneze.
COBISS.SI-ID: 3085960
Filogenija na osnovi jdrnih označevalcev kaže dobro ujemanje s filogenijo postrvi na osnovi mtDNA. Primerjava obeh setov podatkov kaže na vsaj štiri primere neujemanja, ki vsi izvirajo z območja Zahodnega Balkana. Skupaj z morfološkimi znaki postrvi na tem območju kažejo ti podatki na zanimivo in fragmentirano evolucijsko zgodovino rodu Salmo na Zahodnem Balkanu.
COBISS.SI-ID: 3345544