V preglednem članku, ki vključuje pomemben del naših raziskav, smo se osredotočili na rastlinske viruse v okoljih vodah in njihovo detekcijo. V vodnih okoljih so do sedaj našli viruse iz vsaj 7 različnih rodov. Njihova sprostitev iz rastlin v vodo lahko vodi do razširjanja v potokih, jezerih in rekah in s tem do razširjanja na dolge razdalje tistih virusov, ki bi bili v naravnih razmerah krajevno omejeni. Zaradi splošne uporabe hidroponskih sistemov in intenzivnega namakanja v hortikulturi, se v pregledu osredotočamo predvsem na možnost in pomen širjenja virusov z vodo, skupaj z ukrepi za preprečevanje le-tega. Sočasen razvoj novih metod za detekcijo več virusov hkrati, kot so mikromreže ali sekvenciranje nove generacije, bo olajšalo monitoring okoljih in namakanih vod ter hidroponskih sistemov.
COBISS.SI-ID: 2613327
Sodelavci Nacionalnega inštituta za biologijo so bili zaradi svoje mednarodne uveljavljenosti in dolgoletnih izkušenj na področju določanja GSO, razvoja metod PCR v realnem času, implementacije zahtev sistema kakovosti, validacij in verifikacij metod ter merilne negotovosti povabljeni, da napišejo knjigo o določanju gensko spremenjenih organizmov v seriji Springer Briefs in Food, Health and Nutrition. K sodelovanju so povabili sodelavce iz Joint Research Centra v Italiji, ki je imenovan kot Referenčni center Evropske skupnosti za GM hrano in krmo in je sedež Evropske mreže laboratorijev za določanje GSO. Knjiga nudi najsodobnejše znanje o vseh glavnih področjih GSO določanja ter praktična navodila za laboratorije. Posebna pozornost je namenjena kvalitativnim in kvantitativnim analizam PCR v realnem času, ki so pomembne za vsa področja, ki temeljijo na določanju in identifikaciji nukleinskih kislin. Obravnavane so tudi za testne laboratorije pomembne teme, kot so organizacija laboratorija, s poudarkom na sistemu kakovosti in metodah določanja, validaciji in verifikaciji metod ter merilna negotovost. Knjiga razpravlja tudi o novih izzivih pri GSO in novih spremenjenih organizmih in možnih novih pristopih določanja, vključno z bioinformacijskimi orodji. Podana je tudi zakonodaja in povezave na informacije o GSO, ki so lahko zanimive za vsakega, ki ga zanimajo GSO.
COBISS.SI-ID: 2460239
Med sevi Clostridium difficile, ki smo jih periodično vzorčili iz 50 živali na eni farmi telet v obdobju šestih mesecev, smo detektirali šest različnih PCR ribotipov. Pokazali smo, da PCR ribotipi 078, 126 in 033 niso klonski, temveč se razlikujejo v tipih PFGE, lastnostih sporuliranja, antibiotični občutljivosti in determinantah tetraciklinske rezistence. To nakazuje, da govedo okužujejo različni sevi istega PCR ribotipa in da so teleta okužena pred prihodom na farmo. Pomembno je, da so sevi, izolirani pri kasnejših časovnih točkah, verjetno bolj odporni na tetraciklin in eritromicin in v in vitro razmerah prej sporulirajo. To nakazuje da se ti dve lastnosti zbližujeta, tako da omogočata obstoj C. difficile v okolju in v gostitelju.
COBISS.SI-ID: 512251192
Sezonske spremembe v titru fitoplazme flavescence dorée (FDp) v vinski trti smo sledili s qPCR v dveh vinogradih v dveh klimatsko različnih območjih Slovenije. Poleg znane lokacije FDp v listnih žilah, smo jo zaznali tudi v cvetovih, jagodah in viticah. V simptomatičnih rastlinah z visoko koncentracijo FDp v simptomatičnih tkivih, smo FDp zaznali tudi v nesimptomatičnih tkivih. Zaznali smo tudi trend upadanja titra FDp v proučevanih nesimptomatičnih tkivih od junija do julija in njegovo povečevanje skozi rastno sezono v simptomatičnih tkivih. Skladno s tem je bila FDp v merljivih količinah prisotna v cvetovih, pecljih in žilah skoraj vseh okuženih rastlin pozno spomladi in določljiva v vseh proučevanih tkivih poleti, z najvišjim titrom avgusta v jagodah. Raziskava je pokazala, da se ob odsotnosti ustreznih ukrepov okužba s FDp eksponencionalno širi s faktorjem 40 na leto.
COBISS.SI-ID: 2656079
Več proteinov izoliranih iz gob, vključno z lektini, lignocelulitičnimi encimi, zaviralci proteaz in hidrofobini, kaže edinstvene funkcije. Nudijo možne rešitve za več zdravstvenih in biotehnoloških težav, kot so mikrobne odpornost na zdravila, nizki donosi pridelkov in zahteve po obnovljivih virih energije. Množična proizvodnja in industrijska uporaba nekaterih glivnih proteinov kaže na njihov biotehnološki potencial. Zdi se, da so višje glive dragocen, čeprav relativno neraziskan vir posebnih proteinov. To je prvi celovit pregled znanih proteinov iz gob, v njem so opisani procesi pridobivanja novih bioaktivnih proteinov in omogoča pregled trenutne in predvidene uporabe teh proteinov v biotehnologiji, medicini in kmetijstvu.
COBISS.SI-ID: 2504527