Z molekulskimi pristopi smo ugotovili pomanjkljivost v splošno uporabljeni presejalni analizi ter prisotnost polimorfizma posameznih nukleotidov (SNP) v gensko spremenjeni koruzi TC1507. Na osnovi naše objave se je na ravni ES odprla razprava o harmonizaciji presejalnih analiz in načrtu za sistemsko ureditev te ključne pomanjkljivosti. Članek je eden v seriji člankov programske skupine, ki so bili zaradi svoje mednarodne uveljavljenosti in dolgoletnih izkušenj na področju določanja GSO, razvoja metod PCR v realnem času, implementacije zahtev sistema kakovosti, validacij in verifikacij metod ter merilne negotovosti povabljeni, da napišejo knjigo o določanju gensko spremenjenih organizmov v seriji Springer Briefs in Food, Health and Nutrition: Žel et al. (2012) »How to reliably test for GMOs?«. K sodelovanju so povabili sodelavce iz Joint Research Centra v Italiji, ki je imenovan kot Referenčni center Evropske skupnosti za GM hrano in krmo in je sedež Evropske mreže laboratorijev za določanje GSO. Knjiga nudi najsodobnejše znanje o vseh glavnih področjih GSO določanja ter praktična navodila za laboratorije. Posebna pozornost je namenjena kvalitativnim in kvantitativnim analizam PCR v realnem času, ki so pomembne za vsa področja, ki temeljijo na določanju in identifikaciji nukleinskih kislin. Obravnavane so tudi za testne laboratorije pomembne teme, kot so organizacija laboratorija, s poudarkom na sistemu kakovosti in metodah določanja, validaciji in verifikaciji metod ter merilna negotovost. Knjiga razpravlja tudi o novih izzivih pri GSO in novih spremenjenih organizmih in možnih novih pristopih določanja, vključno z bioinformacijskimi orodji. Podana je tudi zakonodaja in povezave na informacije o GSO, ki so lahko zanimive za vsakega, ki ga zanimajo GSO.
COBISS.SI-ID: 2059087
V sodelovanju NIB Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo ter Inštituta Jožef Štefan (IJS) je bila razvita povsem nova spletna aplikacija, ki omogoča vpogled v delovanje agro-ekonomsko pomembnih rastlinskih vrst (krompir, paradižnik, riž, kakav, sladkorna pesa, tobak) ter modelne vrste Arabidopsis na nivoju genov ter s tem olajša interpretacijo podatkov novih tehnologij ter prenos znanja o rastlinskih genih iz modelnih rastlin na poljščine. Povezovanje z različnimi računalniškimi orodji omogoča kompleksne študije in dinamično dopolnjevanje modela obrambnega odgovora rastline, z namenom izboljšanja rastlin za boljšo odpornost na različne stresorje.
COBISS.SI-ID: 2966607
Razlike v testiranjih na okužbo s Clostridium difficile lahko ovirajo oskrbo bolnikov, povečajo tveganje za prenos in zamaknejo epidemiološke podatke. Naš namen je bil oceniti nediagnosticirane okužbe s C. difficile po vsej Evropi. Naredili smo študijo, ki je temeljila na vprašalniku, na 482 sodelujočih bolnišnicah po 20 evropskih državah. Bolnišnice smo povprašali o njihovih metodah in politiki testiranja na okužbo s C. difficile med septembrom 2011in avgustom 2012 ter septembrom 2012 in avgustom 2013. Na en dan v zimskem času, 2012-13 (december 2012, ali januar, 2013), in poletju 2013 (julij in avgust), je vsaka bolnišnica poslala vse vzorce driske, poslane v njihove mikrobiološke laboratorije, na nacionalni usklajevalni laboratorij za standardizirano testiranje okužbe C. difficile. Naš primarni ukrep so bile stopnje testiranja za primere okužbe s C. difficile na 10 000 pacientovih bolnišničnih dni. Med seboj smo primerjali rezultate lokalnih in nacionalnih testiranj okužbe s C. difficile. Če je bil rezultat pozitiven v nacionalnem laboratoriju, a negativen v lokalni bolnišnici, je bil rezultat razvrščen kot neodkrita okužba s C. difficile. Razlike smo primerjali s testoma Mann-Whitney ali McNemar. V času raziskave so sodelujoče bolnišnice poročale srednjo vrednost 65 * 8 testov (razpon države 4 * 6-223 * 3) za okužbo s C. difficile na 10 000 pacientovih bolnišničnih dni in povprečno 7 * 0 (razpon države 0 * 28/7 * 7) okužb s C.difficile na 10 000 pacientovih bolnišničnih dni. Le dve petini bolnišnic sta poročali o uporabi optimalne metode za testiranje okužbe C. difficile (opredeljeni z evropskimi smernicami). Kljub temu se je število sodelujočih bolnišnic, ki uporabljajo optimalno metodo povečalo v času raziskave od 152 (32%) od 468 v 2011-12 do 205 (48%) od 428 v 2012-13. V vseh 482 evropskih bolnišnicah v dveh vzorčnih dneh je bilo 148 (23%) od 641 vzorcev, pozitivnih na okužbo C. difficile, nediagnosticiranih zaradi odsotnosti kliničnega suma, kar je približno 74 zgrešenih diagnoz na dan. široko paleto strategij testiranja za okužbo C difficile se uporabljajo po vsej Evropi. Odsotnost kliničnega suma in suboptimalne laboratorijske diagnostične metode pomeni, da v 482 evropskih bolnišnicah ostne nediagnosticiranih na okužbo s C. difficile 40 000 pacientov.
COBISS.SI-ID: 512464440
Raziskali smo listni transkriptom vinske trte, okužene s fitoplazmo, ki povzroča navadno trsno rumenico. Ugotovili smo, da je okužba povezana z značilnimi spremembami izražanja genov, ki so vključeni v fotosintezo, biotski stres in sladkorni metabolizem. Na osnovi rezultatov smo pripravili tudi model interakcije. Članek je del raziskave fitoplazemske biologije in epidemiologije; povezan pa je s pomembno vlogo programske skupine pri razvoju novih molekularnih metod za detekcijo fitoplazem, ki povzročajo bolezni na gospodarsko pomembnih rastlinah.
COBISS.SI-ID: 2103375
Karantenska bakterija Erwinia amylovora je povzročiteljica hudih bolezni sadnega drevja in jo člani programske skupine proučujejo od prvega izbruha hruševega ožiga leta 2003. Poleg raziskav njene biologije so razvili tudi molekulske metode na osnovi PCR v realnem času za njeno učinkovito detekcijo. V članku smo opisali sistem za molekulsko tipizacijo bakterij, ki temelji na analizi spremenljivega števila tandemskih ponovitev VNTR. Z analizo VNTR na več lokusih (MLVA) smo identificirali prej nerešljivo populacijsko strukturo znotraj območja izbruha. Poznavanje take strukture nam pomaga razumeti, kako v geografskem območju bolezen izbruhne in se širi.
COBISS.SI-ID: 2982991