Raziskava je bila objavljena v eni najbolj priznanih znastvenih revij na svetu, Proceedings of National Academy of Science (IF 9.8). V raziskavi smo na industrijsko pomembni bakteriji Bacillus subtilis, ki je znana producentka antibiotikov in encimov, preučevali povezavo med sintezo signala in odzivom nanj. Signaliziranje omogoča bakterijam zaznavanja kvoruma oz. oceno števila celic v populaciji. Odkrili smo nov molekularni mehanizem, ki zaščiti bakterije pred “goljufi” – to je tistimi bakterijami, ki ne proizvajajo zunaj celičnih signalov, temveč jih “kradejo” bližnjim celicam producentkam. Mutante, ki ne sintetizirajo signala (QSS-) od “kraje” nimajo koristi, ker se na signal, ki ga sintetizirajo sosednje bakterije (QS+) prekomerno odzivajo. Posledica prekomernega odziva mutant je povečana sinteza lipopeptidnega antibiotika surfaktina, kar je energetsko potratno in negativno vpliva na rast mutant. Te so na antibiotic tudi bolj občutljive kot “poštene”producentke signala in njihovo število se v prisotnosti producentov signala zniža. Mehanizem tako izloči goljufe in utrdi sodelovanje med člani skupnosti. Naša študija prinaša nov pogled na medcelično signaliziranje bakterij in ponuja svežo razlago za evolucijsko stabilnost mikrobnih kemičnih komunikacij, ki temelji na privatni, znotraj celični povezavi med sintezo signala in odzivom. Delo je bilo izpostavljeno na Subtiwiki kot najboljše v mesecu marcu 2014 in vredno posebne pozornosti raziskovalcev. Delo je bilo izbrano med 10 najboljših na Univerzi v Ljubljani in RTV Slovenija 1 je posnala kratko oddajo o goljufivih bakterijah.
COBISS.SI-ID: 4358008
V članku smo preučevali raznolikost genetskega lokusa comQXPA, ki kodira sistem za zaznavanje gostote pri bakteriji Bacillus subtilis. Kodira štiri proteine: izoprenil transferazo ComQ, signal ComX, receptor ComP in transkripcijski dejavnik ComA. Bioinformacijska analiza comQXPA genov v 2620 celotnih in 6970 nepopolnih genomih prokariontov je pripeljala do odkritja 39 novih operonov comQXPA, med katerimi jih je bilo 20 v oddaljenih skupinah debla Firmicutes (npr. Clostridiales). Operoni so se grupirali v dve skupini podobnosti, ki sta kazali enako zaporedje, a nekoliko različno prekrivanje genov. V celotnem naboru operonov comQXPA smo našli visok polimorfizem, ki je značilen za izolate Bacillus subtilis in odgovoren za specifičnost prepoznavanja med sevi. Prisotnost polimorfizma v genomih daljnjih sorodnikov B. subtilis kaže, da je evolucija tega sistema za signaliziranje pod podobnimi selekcijskimi pritiski znotraj debla Firmicutes. Članek je, kljub nedavni objavi, že bil citiran.
COBISS.SI-ID: 4381048
Mokrišča igrajo pomembno vlogo pri emisijah toplogrednih plinov CO2, CH4 in N2O, ki nastajajo med mineralizacijo organske snovi. Da bi preučili vpliv tipa tal (nizko, visoko barje) in okoljskih dejavnikov (temperatura, nivo podtalnice), so spremljali emisij CO2, CH4 in N2O, temperaturo tal in nivo podtalnice tedensko ali dvotedensko na mestu samem z uporabo statičnih komor v več kot enoletnem obdobju na štirih merilnih mestih na Ljubljanskem barju. Študija je vključevala dve mesti nizkega in dve mesti visokega barja, ki so se razlikovala po vsebnosti organskega ogljika in dušika, pH, gostoti tal, zadrževalni kapaciteti za vodo in nivoju podtalnice. Rezultati so pokazali, da so na preučevanih mestih emisije CO2 in CH4 podobne kot na mokriščih v srednji in severni Evropi, medtem ko so emisije N2O znatno višje. Delo je bilo objavljeno v reviji, ki je prva na področju tal in objava ima že 26 čistih citatov.
COBISS.SI-ID: 3779192
Proizvodnja varne hrane in preprečevanje navzkrižnih okužb je ena od osnovnih vlog, ki jo je treba zagotoviti v celotni živilsko proizvodni verigi. Določili smo protimikrobno aktivnosti naravnega izvlečka iz semen Alpinia katsumadai, naravne komponente epigalokatehin galata (EGCG) ter njune kombinacije na s hrano prenosljive patogene seve Listeria monocytogenes, Escherichia coli in Campylobacter jejuni. Učinkovitost naravnih protimikrobnih snovi smo raziskali na posameznih patogenih bakterijah in njihovi mešani kulturi. Kot modelno živilo smo vključili piščančji mesni sok ter sterilno mleto meso. Kot vzorec hrane smo izbrali mleto meso z naravno prisotno mikrofloro. Ugotovili smo, da na učinkovitost naravnih protimikrobnih snovi vpliva kombinacija naravnih izvlečkov/komponent ter tudi temperatura skladiščenja. Tako smo dokazali potencialno uporabo ustrezne kombinacije naravnih protimikrobnih snovi pri zmanjšanju mikribološkega tveganja v mesni predelovalni industriji.
COBISS.SI-ID: 4334968
V raziskavi smo analizirali vpliv frakcije 70 % izvlečka propolisa na subproteomski ravni z dvodimenzionalno elektroforezo. Iz kvasovke S. cerevisiae smo ekstrahirali proteine in jih z diferencialno detergentno frakcionacijo frakcionirali glede na subcelično lokacijo. Tako smo pridobili 4 subcelične proteome: citosolni, membransko/organelni, jedrni in citoskeletni. Izpostavitev kvasovke frakciji izvlečka propolisa se je odražala v spremembah v ravni proteinov, ki so vpleteni v metabolizem ogljikovih hidratov in energetski metabolizem, antioksidativno obrambo, proteinov, ki so povezani z dinamiko aktinskih filamentov in s procesom zvijanja proteinov. Na podlagi informacije o identiteti diferencialno izraženih proteinov, njihovi funkciji in subcelični lokaciji smo pridobili boljši vpogled v procese, ki potekajo v celicah, ki so izpostavljene frakciji izvlečka propolisa.Članek je bil objavljen v 2. najbojši reviji na področju agrokemije in ponazarja uspešen razvoj analitskih metod proteoma in proteomike celičnih frakcij mikroorganizmov.
COBISS.SI-ID: 4320376