Sekvenca Shine-Dalgarno (SD) je ključni element translacije, ki omogoča začetek procesa na avtentičnih start kodonih in nadaljevanje translacije v 5' neprevedenih regijah mRNA, za katere je značilna prisotnost zmero močnih sekundarnih struktur. Bioinformacijska analiza preko 40 genomov bakterij iz debla Bacteroidetes je omogočila odkritje dejstva, da je za pripadnike tega debla značilna uniformna odsotnost SD sekvence ki jo spremlja v vsebnosti GC in zmanjšane tendence tvorjenja sekundarnih struktur v neprevedenih 5' regijah. Bioinformacijsko odkritje smo potrdili z ekspeimentalnimi podatki s katerimi smo dokazali da Modelni organizem, sev P. bryantii TC1-1 ne more uporabit dodane SD sekvence, čeprav je anti SD sekvenca prisotna na v 16S rRNA. V članku smo poleg opisa izjemnega biološkega fenomena, ki podira dolgo uveljavljeno dogmo (vse bakterije imajo in uporabljajo SD sekvenco) predlagali uporabo bioinformacijskega orodja Sequence Logo za odkritje takšnih fenomenov in pokazali, da obvladamo tehnike za genetske raziskave predstavnikov ene od vdeh daleč najpomembnejših bakterijskih populacij, ki naseljujejo živalski in človeški prebavni trakt.
COBISS.SI-ID: 2912136
Vloga bakteriocinov v različnih okoljih še ni bila temeljito pojasnjena, predvsem zaradi težav, povezanih z odkrivanjem njihove produkcije. Nizin, protimikrobni peptid, ki ga izraža Lactococus lactis ima dolgo zgodovino varne uporabe v živilih in so ga preučevali iz mnogih vidikov genetike, biosinteze, imunosti, regulacije in načina delovanja. Kljub temu ostajajo nekateri vidiki dinamike izražanja genov nizina neznani, še posebej v kompleksnih medijih, kot so siri. Glavni cilj te študije je bil ovrednotiti izražanje nizinskih genov v L. lactis M78 v siru podobnem gojišču. L. lactis M78 je dobro opredeljene producent nizina, izoliran iz surovega mleka. Izražanje vseh 11 genov, ki sodelujejo pri biosintezi nizina je bila določano med proizvodnjo sira z verižno reakcijo z reverzno transkriptazo v realnem času. Celotna RNA je bila izolirana iz sirov zmetodo neposredne ekstrakcije brez predhodnega ločevanja mikrobnih celic. M78 sev je dobro na poskusnih sirih in proizvajal zaznavne količine nizina po 4h fermentaciji. Prisotnost nizina kot aktivatorja je spremenila tako izražanje nizina kot kopičenje aktivnega nizina. Na podlagi izražanja genov v odvisnosti od časa smo lahko ločili štiri skupine: nisA, nisFEG, nisRK in nisBTCIP. Gledena rast seva, ki je produciral nizin, aktivnosti nizina, funkcijo nizinskih genov in njihovo lokacijo, smo odkrili korelacije, ki prispevajo k razlagi regulacije biosinteze nizina in imunosti. To je prva študija, v kateri je bila evolucija prepisov bakteriocinskih genov v siru podobnem gojišču natančno kvantificirana.
COBISS.SI-ID: 2799240
Namen raziskave je bil primerjati priporočila za dopolnitev krme z vitaminom E v zvezi z visokim vnosom večkrat nenasičenih maščobnih kislin in primerjati bioaktivnost RRR in allrac [alfa]-tokoferola v zvezi z oksidativnim stresom in vivo in oksidativno stabilnostjo mesa pitovnih piščancev. Petdeset piščancev smo razdelili v 5 skupin. Vse skupine so bile krmljene s krmo z visoko vsebnostjo maščob (7,5%), ena s palmovo maščobo, ostale z lanenim oljem, ki so bile bodisi z ali brez dodatka vitamina E do končne 85 ali 200 IU vitamina E v obliki all-rac-[alfa]-tokoferola in 85 IU v obliki RRR-[alfa] tokoferola. Oksidativni stres in vivo smo proučevali z merjenjem poškodb DNA, malondialdehidov (MDA) v plazmi, jetrih in prsnih mišicah ter analizo antioksidativne kapacitete lipidotopnih spojin, merjenjem skupnega antioksidativnega statusa plazme in antioksidativnimi encimskimi testi. Analizirali smo tudi tokoferole v plazmi, jetrih in prsnih mišicah. In vitro oksidativno stabilnost smo proučevali z merjenjem MDA v svežem, skladiščenem in toplotno obdelano mesu. Laneno olje, v nasprotju z palmino maščob, povzroča razdrobljenost DNK in nastajanje MDA. Obe obliki in koncentraciji vitamina E sta zmanjšali poškodbe DNK in nastajanje MDA v prsnih mišicah. Skupine, ki so prejemale 200 IU all-rac-[alfa]-tokoferol in 85 IU RRR-[alfa]-tokoferol so imele precej višje vrednosti za antioksidativno sposobnost lipidotopnih spojin kot kontrolne skupine. Razlike nismo opazili pri analizi antioksidativnih encimov. Na raven [alfa]-tokoferola v tkivih in plazmi je pomembno vplivala raven dodajanja [alfa]-tokoferola. Nastajanje malondialdehida v mesu skupin, ki so bile krmljene z vitaminom E se je znižala v primerjavi s tistim iz kontrolne skupine. Sklepamo, da sta bili obe koncentraciji vitamina E nezadostni za preprečevanje vseh škodljivih učinkov oksidacije maščob in vivo in da sta bili obe enako učinkoviti. Ravno nasprotno, da bi zagotovili dobro stabilnost mesnih lipidov, je potrebna višja odmerek vitamina E, še posebej po toplotni obdelavi. Rezultati in vivo oksidativnega stresa in oksidacije lipidov mesa so potrdili trenutno sprejeto bioaktivnost RRR-[alfa] do all-rasc=[alfa]-tokoferola v razmerju 1,39 v in vivo ter in vitro sistemih.
COBISS.SI-ID: 2888840