BEsTRF (ang. -Best Estimated T-RF) je programsko orodje za analizo kombinacij začetni oligonukleotid-encim-del gena, za optimalno ločljivost tehnike T-RFLP pri genotipizaciji kompleksnih mikrobnih združb. Uporabnik definira podatkovne baze mikrobnih sekvenc in določi ločljivost željenih začetnih oligonukleotidov in restrikcijskih endonukleaz. Kvaliteta sekvenc, specifičnost prileganja oligonukleotidov, insercije in delecije so nastavljivi parametri. Kolekcije sekvenc, ki jih generira vsaka kombinacija para začetnih oligonukleotidov lahko izvozimo za dodatne analize z drugimi programi.
COBISS.SI-ID: 2450312
Mothur je programski paket, ki uporabniku omogoča rabo enega orodja za analize sekvenc mikrobnih združb. Predhodno obstoječa orodja so bila integrirana v fleksibilen in zmogljiv programski paket za analize velikih podatkovnih baz sekvenc. Za primerjavo smo uporabili mothur za rezanje, pregledovanje ter poravnave sekvenc, izračun razdalj, umeščanje sekvenc v OTU ter opis ?- in ß-raznolikosti osmih morskih vzorcev, ki so bili predhodno okarakterizirani s pirosekvenciranjem. 220 000 sekvenc smo analizirali v manj kot dveh urah na osebnem računalniku.
COBISS.SI-ID: 2517640
Živost je osnovni pogoj za probiotične bakterije, zato so primerne metode za njihovo kvantifikacijo zelo pomembne. V objavljenem delu smo prvi uporabili propidijev monoazid v kombinaciji s PCR v realnem času z uporabo SYBR Green I, za selektivno ugotavljanje živih bakterij Lb. acidophilus and B. animalis ssp. lactis v liofiliziranem probiotičnem izdelku iz skupine prehranskih dopolnil. Metoda, ki temelji na razlikah v integriteti celične membrane, je obetavna za rutinsko spremljanje ustreznosti in stabilnosti takih izdelkov, še posebej v kombinaciji s konvencionalnimi metodami štetja.
COBISS.SI-ID: 2592625
Številni primeri pojava listerioz kažejo na to, da prisotnost L. monocytogenes v sirih pomeni tveganje za zdravje. Rezultati so pokazali, da je malo verjetno, da bi L. monocytogenes v tradicionalnem grškem siru Graviera, v primeru okužbe, presegla v E.U. dovoljene mejne vrednosti 100 cfu/cm2 ali g, možno pa je njeno dolgotrajno preživetje med skladiščenjem. Mešanica bakteriocinov, ki so naravno prisotni v siru, med njimi predvsem enterocini, značilni za E. faecium, ter plantaricin A, lahko prispevajo k inhibiciji teh patogenih bakterij.
COBISS.SI-ID: 2443400
V raziskavi smo proučevali zaščitni vpliv propilenskih ekstraktov C. officinalis proti oksidacijskim poškodbam DNA in oksidaciji maščob povzročenih z velikim zauživanjem PUFA pri prašičih. Ekstrakt iz lističev je učinkovito zaščitil DNA pred oksidacijskimi poškodbami in nekoliko zmanjšal koncentracijo MDA v plazmi in izločanje iPF2a-VI s sečem. Učinek ekstrakta je bil primerljiv z učinkom vitamina E in boljši od učinka ekstrakta iz celih cvetov. Zaključek: Količina ekstrakta, ki se uporablja v tradicionalni medicini varuje organizem pred poškodbami DNA povzročenimi z velikim vnosom PUFA.
COBISS.SI-ID: 2356616