Izboljšali smo postopek dokazovanja C. difficile v vzorcih z nizkim številom bakterij z vpeljavo obogatitve v bujonu pred pomnoževanjem z metodo PCR v realnem času na aparaturi LightCycler (LC rtPCR). Enodnevna predobogatitev, ki ji sledi dokazovanje vseh treh toksinskih genov C. difficile z LC rtPCR je zanesljiv postopek, ki nam poda prvo informacijo o prisotnem toksinskem tipu in je hitrejši od obstoječih metod. Postopek je primeren tudi za pregledovanje večjega števila vzorcev, saj vzorcev z negativnim rtPCR rezultatom po enodnevni inkubaciji ni potrebno nadaljnje gojiti za pridobitev izolata. S tem postopkom bi lahko dobili tudi nove pomembne informacije o prisotnosti C. difficile v hrani in okolju, saj za te vzorce ni standardnega postopka in je tako primerjava rezultatov različnih študij omejena.
COBISS.SI-ID: 3637882
Mikoplazma synoviae (MS) in virus atipične kokošje kuge (AKK) sta dva pomembna aviarna patogena, ki povzročata modulacijo v izražanju imunskih genov. Zelo malo je podatkov o sočasnem delovanju obeh patogenov po okužbi kokošjih embrijev. V študiji smo preučili delovanje MS seva WVU 1853 in letogenega seva virusa AKK La Sota na ekspresijo genov v različnih organih (jetra, vranica, Fabricijeva burza (BF) in timus ) kokošjih zarodkov z uporabo kvantitativnega real-time PCR . Okužba embrijev z MS je povzročila povečano izražanje genov za IFN-γ, IL-1β, IL-6, IL-12p40, IL-16, IL-18, MIP-1β, iNOS, XCL1 in LITAF v različnih organih kokošjih embrijev. Okužba le z lentogenim sevom AKK povzroči povečano izražanje genov za IFN-γ, IL-6, and IL-16 genes v vranici in IFN-γ, IL-1β, IL-2, IL-16, IL-21, XCL1 in MIP-1β (CCL4)v timusu, vendar ne v tolikšni meri kot MS. V primeru, ko smo embrije že okužene z MS dodatno okužili še z lentogenim sevom AKK, je prišlo do značilnega znižanja izražanja imunskih genov MS.
COBISS.SI-ID: 3303304
V Sloveniji smo leta 2009 odkrili presenetljivo veliko število serološko pozitivnih živali na infekciozno anemijo kopitarjev (IAK; 26 konjev s 13 rej). Razvili smo metodo verižne reakcije s polimerazo (angl. polymerase chain reaction, PCR) za dokaz provirusne nukleinski kisline. Izvedli smo filogenetsko analizo slovenskih virusnih sevov IAK. Skupaj smo preiskali 26 konjev (med temi tudi 2 žrebička in 4 breje kobile) ter 4 fetuse. Razvili smo metodo PCR z uporabo začetnih oligonukleotidov EIAV F1 in EIAV R1, s katerim smo pregledali genomsko DNA izolirano iz 28 vzorcev vranic, 18 vzorcev polne krvi in 17 vzorcev levkocitov. Z metodo direktnega sekvenciranja in s filogenetsko analizo smo analizirali produkte PCR 22 vzorcev vranic. V vseh 22 vzorcih vranic odraslih živali smo z metodo PCR dokazali prisotnost nukleinske kisline virusa IAK, medtem ko smo prisotnost nukleinske kisline virusa IAK dokazali v le 4 vzorcih polne krvi in levkocitov. V vzorcih vranic žrebičkov in fetusov nukleinske kisline virusa IAK nismo dokazali. Slovenske seve IAK smo na filogenetskem drevesu uvrstili v 9 različnih vej. Z metodo PCR smo dokazali različne slovenske seve IAK iz vzorcev vranic seropozitivnih živali. S filogenetsko analizo smo ugotovili visoko genetsko heterogenost slovenskih sevov IAK. Prenos virusa IAK in utero nismo ugotovili.
COBISS.SI-ID: 3711354
Lasalocid je veterinarski ionoforni antibiotik, ki ga uporabljamo za zdravljenje in preprečevanje kokcidioze pri perutnini. V okolje pride z uporabo iztrebkov tretiranih živali za gnojenje kmetijskih površin. Kljub njegovi pogosti uporabi so učinki lasalocida na netarčne talne organizme še neraziskani, uporabili smo klasične kronične ekotoksikološke teste za oceno toksičnosti lasalocida za deževnike (Eisenia andrei) in rake enakonožce (Porcelio scaber) ter rezultate primerjali s testi, ki merijo vedenjski odziv (izogibanje). Rezultati so pokazali, da je vedenjski odziv veliko bolj občutljiv. Pri deževnikih je bila koncentracija s 50% učinkom (EC50) za izogibanje 12.3 mg/kg, kar je več kot petkrat nižje od EC50 za razmnoževanje (69.6 mg/kg). Pri enakonožcih je bila razlika še večja. Medtem ko niti najvišja uporabljena koncentracija lasalocida (202 mg/kg) ni imela nobenega učinka na rast ali preživetje, je že najnižja koncentracija pri vedenjskem testu (4.51 mg/kg) povzročila statistično značilen odziv na vedenje poskusnih organizmov. Z uporabo pridobljenih rezultatov smo izračunali predvideno koncentracijo lasalocida v okolju, ki ne bo imela učinkov na organizme (ang. predicted no-effect concentration, PNEC) in dobljena vrednost je blizu predvidenim okoljskim koncentracijam lasalocida (ang. predicted environmental concentration, PEC). To nakazuje, da bi lahko uporaba gnoja, kontaminiranega za lasalocidom, zmanjšala habitatne funkcije kmetijskih zemljišč in s tem potencialno ogrozila njihove proizvodne potenciale.
COBISS.SI-ID: 3667834
Opisana je validacija analiznega postopka za določanje aflatoksina B1 v jajcih kokoši nesnic v dveh laboratorijih. Postopek je sestavljen iz ekstrakcije toksina iz vzorca, čiščenja ekstrakta z uporabo imunoafinitetnih kolon in določanja s tekočinsko kromatografijo s pokolonsko derivatizacijo z bromom in fluorescenčno detekcijo. Parametri, dobljeni v prvem (LOD 2 ng/kg, LOQ 6 ng/kg, RSDR 11%, izkoristek 70%) in v drugem laboratoriju (LOD 2 ng/kg, LOQ 5 ng/kg, RSDr 20%, izkoristek 67%) potrjujejo, da sta obe različici postopka primerni za določanje aflatoksina B1 v jajcih kokoši nesnic.