Za proučevanje genetske kontrole rezistence hmelja na fitopatogeno glivo Verticillium albo-atrum smo postavili F1 kartno populacijo potomcev dobljenih s križanjem odporne in občutljive sorte hmelja. Izdelali smo žensko in moško gensko kart na osnovi 203 molekulskih markerjev, ki smo jih predhodno razvli, ter ocenili bolezenske znake križancev. Z analizo kvantitativnih lokusov smo identificirali QTL za Verticilijsko na kromosomski regiji LG3 pri obeh starševskih kartah; s tem QTL lahko obrazložimo 24,2 - 26,0% fenotipske variabilnosti. To je prvi identificiran QTL za odpornost na Verticilijsko uvelost pri hmelju. Naredili smo tudi QTL analizo za vsebnost alfa kislin in pridelek ter s tem potrdili predhodno določene regije hmeljnega genoma, ki so povezane s tema dvema parametroma
COBISS.SI-ID: 7466361
Univerza v Ljubljani, vodja projekta B. Javornik, je koordinirala 7.OP projekt see.era.net plus »Towards the preservation of autochthonous grapevine (Vitis vinifera L.) varieties in West Balkan countries«. V projektu, ki je trajal dve leti, so poleg Slovenije sodelovale še Srbija, Bosna in Hercegovina in Makedonija. V projektu, ki je bil sofinanciran s strani raziskovalnega programa, smo zbirali in analizirali z molekulskimi markerji avtohtone sorte vinske trte, ki se še nahajajo na področju zahodnega Balkana. Zbrali smo 196 različnih sort, ki so na osnovi DNA fingerprintiga rezultirali v 125 edinstvenih genotipih. Izdelana je bila podatkovna zbirka genotipov, ki je javno dostopna (http://vitis.atcglabs.com/). Nadalje je bila proučena genetska struktura in sorodnost genotipov, izvrednoteni so bili nekateri rodovniki, sinonimi in homonimi ter celoten genski pool je bil primerjan s svetovno kolekcijo genotipov vinske trte. S to raziskavo smo na mednarodno primerljivi ravni opisali genski fond vinske trte na območju zahodnega Balkana, ki je bil do sedaj zanemarjen in neupoštevan v svetovnih kolekcijah.
COBISS.SI-ID: 7753593
V raziskavi smo analizirali proteomski profil korenin hmelja pri kontrolnih in z glivo okuženih rastlinah v treh časovnih točkah ter primerjali odziv občutljive in odporne sorte. Ugotovili smo, da se profil skozi časovne točke precej spreminja tudi pri kontrolnih rastlinah ter z ustrezno statistično metodo ločili vpliv okužbe od vpliva časa. Tako smo ugotovili, da se zaradi okužbe pri občutljivi sorti kvantitativno spremeni več kot petina zaznavnega proteoma, pri odporni sorti pa sprememb ni bilo. Z masno spektrometrijo smo identificirali 100 proteinskih lis. Občutljiva sorta je pričakovano povečala sintezo obrambnih proteinov, medtem ko smo pri odporni sorti identificirali specifične oblike lektina, ki bi potencialno lahko bil vpleten v prepoznavo patogena.
COBISS.SI-ID: 7536505
Tradicionalni oljčni kultivarji pogosto za svojo optimalno rast in pridelek potrebujejo manjše fenotipske spremembe, ki jih lahko dosežemo z žlahtnjenjem na osnovi mutacij. V študiji smo preučevali učinke rentgenskega obsevanja z odmerki 0, 10, 30 in 60 Gy, na in vitro gojenih rastlinah sorte Canino . Morfološke meritve so pokazale, da odmerek 10 Gy ne vpliva na rast rastlin, medtem ko je pri odmerku 30 Gy okrnjena sposobnost koreninjenja, pri odmerku 60 Gy pa je bila rast inhibirana. Citometrične meritve aklimatiziranih rastlin so pokazale, da se s povečanjem odmerka obsevanja zmanjša vsebnost jedrne DNA. Mikrosatelitna analiza 6 lokusov ni pokazala polimorfizma med obsevanimi in neobsevanimi rastlinami, medtem ko smo pri analizi AFLP odkrili 28,4 % polimorfnih fragmentov . Čeprav pri odmerku 10 Gy ni bilo vidnih večjih morfoloških sprememb glede na kontrolo, pa smo z AFLP analizo pri tem odmerku odkrili veliko število manjkajočih in/ali na novo amplificiranih fragmentov, kar pomeni, da je mutacije mogoče zaznati že pri nizkih odmerkih, ki pa ne vplivajo na parametre rasti.
COBISS.SI-ID: 7652217
V tej študiji smo ocenili uporabnost referenčnih genov (endogenih kontrol) hmelja pomembnih za RT- qPCR ekspresijske študije. Skupno 23 kandidatnih genov je bilo ocenjenih pri neodpornih in odpornih sortah hmelja, ki so bile analizirane v treh časovnih točkah (dnevi po okuževanju s patogeno glivo Verticilium albo-atrum). Stabilnost izražanja posameznih referenčnih genov je bila analizirana s tremi različnimi pristopi ( geNorm v.3.5, NormFinder in RefFinder ). S posameznimi pristopi smo prepoznali šest najbolj stabilnih referenčnih genov ( YLS8 , DRH1 , TIP41 , CAC, OPAC in pesek) in pet najmanj stabilno izraženih genov ( Cycl , UBQ11 , POACT , deaktivirani in NADH). Glede na različne eksperimentalne pogoje smo dobili manjša odstopanja v razvrstitvi kandidatnih genov. Kombinacija dveh najboljših referenčnih genov, YLS8 in DRH1, je bila uporabljena za normalizacijo podatkov RT-qPCR ekspresije gena PR-1, ki sodeluje pri obrambnem mehanizmu hmelja. Na osnovi analiziranega gena smo predstavili razlike med normaliziranimi in ne-normaliziranimi vrednostmi in tako izpostavili smiselnost normalizacije RT- qPCR podatkov. Visoka korelacija med posameznimi podatki različnih sklopov referenčnih genov uporabljenimi za normalizacijo potrjuje ustreznost izbranih referenčnih genov. Nizka korelacija med normaliziranimi in ne-normaliziranimi podatki odraža različno količino in/ali kakovost vzorcev RNA, ki se uporabljajo v RT- qPCR analizah.
COBISS.SI-ID: 7653753