Namen raziskave je bilo vpeljati PCR v realnem času za dokaz bakterije Streptococcus pneumoniae v krvi in vzorcih iz dihal pri bolnikih s pneumokokno pljučnico. Občutljivost molekularne metode smo primerjali s hemokulturo. V raziskavo smo, med leti 2011 in 2012, prospektivno vključili 340 bolnikov (160 otrok in 180 odraslih) z zunajbolnišnično pljučnico. Bakterijo S. pneumoniae smo dokazali pri 222 (65 %) bolnikih, od tega 143 (89 %) otrocih in 79 (44 %) odraslih. Pnevmokokno pljučnico smo dokazali v krvi pri 96 (28,2 %) bolnikih, od tega s PCR v realnem času pri 92 (27,1%) in s hemokulturo pri 17 (5,0%) bolnikih. Med otroci smo pnemokokno pljučnico dokazali pri 54 (33,8 %) bolnikih; od tega z rt-PCR pri 51 (31,9 %) otrocih in s hemokulturo pri 5 (3,1 %) otrocih. Pri odraslih smo pnevmokokno pljučnico dokazali pri 42 (23,3 %) bolnikih; z rt-PCR pri 41 (22,8 %) v primerjavi s hemokulturo, kjer smo jo dokazali le pri pri 12 (6,7 %) bolnikih. Možno pnevmokokno pljučnico smo ugotovili tudi pri 19 (10,6 %) odraslih, pri katerih smo dokazali S. pneumoniae v sputumu (z rt-PCR pri 19, v primerjavi s kulturo pri 5). Pri 18 odraslih in 89 otrocih, kjer smo dokazali S. pneumoniae samo v nosnožrelnem prostoru, pa je možno, da gre za kolonizacijo s pnevmokoki in je bil povzročitelj pljučnice drug mikroorganizem. S PCR v realnem času smo dokazali statistično značilno več pnevmokoknih pljučnic kot s hemokulturo.
COBISS.SI-ID: 30822873
Imunski odziv na bakterijo Helicobacter pylori pomembno določa izid okužbe in tudi uspešnost antibiotičnega zdravljenja. Z raziskavo smo ugotavljali razliko med izolati H. pylori na dozorevanje dendritičnih celic (DC) in njihovo zmožnost predstavitve antigenom, da bi pojasnili razlike v uspešnosti antibiotičnega zdravljenja pri bolnikih s H. pylori. Zrelost DC smo ocenili z izražanjem molekul MHC-II, Toll-like receptorjev, kostimulatornih molekul ter proizvodnjo vnetnih citokinov. Ugotovili smo, da DC stimulirane s sevi H. pylori, izoliranimi iz bolnikov z večkratnim neuspešnim antibiotičnim zdravljenjem, proizvajajo manj HLA-DR, CD86, TLR-2, in vnetnega citokina IL-8 ter več regulatornega citokina IL-10, v primerjavi s sevi H. pylori izoliranimi iz bolnikov z uspešnim zdravljenjem. Razlike v proizvodnji IL-8 med skupinama so odvisne od lipopolisaharida. Ugotovili smo tudi, da inhibitor katepsina X Mab 2F12 zmanjša izločanje IL-6, pri tem, da je njegovo izločanje posebej znižano v skupini bolnikov s ponavljajočim neuspešnim antibiotičnim zdravljenjem. S povečanjem zmožnosti antigenskega predstavljanja DC bi lahko pripomogli večji uspešnosti antibiotičnega zdravljenja.
COBISS.SI-ID: 30736857
Pri pojasnjevanju gastroenteritisne etiologije pri hospitaliziranemu otroku z diarejo smo dokazali nov reovirus pri ljudeh, ki so ga v istem obdobju dokazali še pri netopirjih v Nemčiji in Italiji. V objavljenem raziskovalnem članku smo prikazali hiter in učinkovit pristop pri dokazovanju virusov neznane etiologije z uporabo klasičnih viroloških in moderne molekularne metode. Opisali smo tudi nov princip predpriprave kliničnega vzorca, koncentriranje in čiščenje virusov s kromatografsko metodo, ki omogoča najboljši izplen tarčnih nukleotidnih zaporedij pri naslednji generaciji sekveniranja.
COBISS.SI-ID: 2886735
Hemoragično mrzlico z renalnim sindromom (HMRS) v Sloveniji povzročata hantavirusa Dobrava in Puumala. Virus Puumala (PUUV) povzroča blažjo obliko bolezni, ki zaradi nespecifičnih znakov pogosto spominja na vročinsko bolezen z bolečinami v trebušni votlini. Okužba z virusom Dobrava (DOBV) povzroča težjo obliko bolezni ter doseže do 12% smrtnost. Potek bolezni vključuje širok spekter kliničnih znakov, za katere predvidevamo, da so posledica zapletenega razmerja med virulentnimi dejavniki virusa in imunskim odgovorom bolnika. V študiji smo zbirali dnevne vzorce 29 bolnikov, ki so bili sprejeti v bolnišnico zaradi potrjene okužbe s hantavirusi. Ugotovili smo, da imajo bolniki s HMRS dolgo viremijo in sicer smo virusno RNK dokazali pri bolnikih okuženih z DOBV do 30. dneva bolezni in pri bolnikih okuženih s PUUV do 16. dneva bolezni. Bolniki okuženi z DOBV so imeli v povprečju višje virusno breme (107 vs. 105 RNK kopij/mL). Vsi bolniki so imeli ob sprejemu v bolnišnico specifična protitelesa razreda IgM, vendar pa so imeli bolniki okuženi z DOBV manjše količine in zakasnjeno izločanje protiteles razreda IgG. S študijo smo dokazali povišane vrednosti citokinov IL-10, TNF-α in IFN-γ v vseh kliničnih vzorcih, ne glede na virus. Dokazali smo značilne razlike v dinamiki izločanja regulatornih in vnetnih citokinov med bolniki okuženimi z DOBV ali PUUV. Neravnovesje pri izločanju vnetnih in regulatornih citokinov je bilo pri bolnikih okuženih z PUUV veliko krajše kot pri bolnikih okuženih z DOBV, kar bi lahko doprineslo k blažji klinični sliki.
COBISS.SI-ID: 30703321
Klopni meningoencefalitis (KME) je bolezen, ki se pojavlja v omejenih endemičnih območjih imenovanih naravna žarišča. Nastanek naravnega žarišč je posledica delovanja več dejavnikov: vektorja, primernih in dovolj številčnih gostiteljev in ustreznega habitata. Pričujoča študija ugotavlja vpliv jelenjadi na pojavnost KME. Pridobili smo podatke o odstrelu jelenjadi in srnjadi in ocenili velikost populacije iz dobljenih podatkov. Izvedli smo prostorsko in časovno analizo. Številčnost divjadi se je v zadnjih desetletjih povečala, kakor tudi incidenca klopnega meningoencefalitisa. Ugotovili smo, da je na območjih z visoko incidenco KME gostota jelenjadi višja, v primerjavi z območji, kjer ne najdemo bolnikov s TBE. Take povezave ni bilo mogoče potrditi med gostoto srnjadi in pojavnostjo KME. Številčnost srnjadi je verjetno previsoka in zato ni mogoče prepoznati jasne povezave z incidenco KME.
COBISS.SI-ID: 30650585