Vedno več je poročil o večkratno odporni bakteriji Acinetobacter baumannii, ki izloča New Delhi metalobetalaktamazo-1 (NDM-1). Analizirali smo pet NDM-1-pozitivnih A. baumannii, izoliranih v štirih evropskih državah. Genotipe smo določili z metodami gelske elektroforeze v pulzirajočem polju (PFGE), s hkratnim PCR ter s tipizacijo z Diversilab in MLST. Dokazali smo tri različne sekvenčne tipe. Vsi izolati imajo kromosomsko lociran gen bla (NDM-1) na Tn125-podobnemu transpozonu. En izolat je sočasno izražal še dodatno, nepovezano karbapanemazo OXA-23. To poročilo predstavlja prvo epidemiološko študijo bakterije A. baumannii, ki izloča NDM-1 iz štirih držav.
COBISS.SI-ID: 30059993
Rotavirusi skupine A lahko okužijo ljudi in živali. Posamezni sevi rotavirusov lahko občasno prestopijo vrstno bariero kar prispeva k nastanku novih genotipov v heterolognih gostiteljih. Incidenca in vpliv zoonotskih rotavirusoh nista dobro poznana, in eden od razlogov za to je pomanjkanje podatkov o prisotnosti virusnih sevov v verjetnih živalskih gostiteljih in rezervoarjih. V tej študiji poročamo o pojavnosti, genetski raznolikosti in molekularni epidemiologiji rotavirusov, odkritih v domačem govedu in prašičih v 6 evropskih državah. Od leta 2003 do 2007 je bilo odvzetih in testiranih na prisotnost rotavirusov 1101 vzorcev fecesa prašičev in več kot 2000 pri govedu, tako pri zdravih kot diarejičnih živalih. Virusi iz pozitivnih vzorcev blata so bili genotipizirani, pri nekaterih sevih pa je bilo določeno tudi nukleotidno zaporedje in narejena filogenetska analiza genov VP7 (G) in VP4 (P). Rotaviruse smo dokazali v 43% vzorcev goveda in v 14% vzorcev prašičev. Pri govedu smo ugotovili 10 različnih kombinacij genotipov G in P, med katerimi sta bila najpogostejša G6P[11] in G6P[5]. Pri prašičih smo ugotovili večje število kombinacij GP (n = 21), vendar pa nobena kombinacija ne prevladuje po vsej Evropi. Pri prašičih pa smo dokazali nove posebnosti genotipov P[27] in P[32]. Ko smo primerjali nukleotidna zaporedja smo ugotovili da se dokazani prašičji rotavirusni sevi uvrščajo v isto filogenetsko skupino s trenutnimi človeškimi sevi, medtem ko goveji sevi rotavirusov oblikujejo ločeno skupino. V raziskavi smo ugotovili visoko raznovrstnost prašičjih in govejih rotavirusnih genotipov v Evropi. S filogenetskimi analizami smo dokazali, da se živalski rotavirusi pojavljajo kot povzročitelji okužb pri ljudeh in so velik rezervoar potencialno novo porajajočih se rotavirusnih genotipov pri ljudeh.
COBISS.SI-ID: 29078745
Novejše raziskave kažejo na to, da so humani papilomavirusi (HPV) rodov betapapilomavirus in gamapapilomavirus prisotni v velikem številu v ustni votlini ljudi. V tej študiji smo opredelili 7304 bp dolg genom novega genotipa HPV120. Novi genotip, ki smo ga izolirali iz ustne votline, je najbolj soroden genotipu HPV23 in ga uvrščamo v rod betapapilomavirus. HPV120 ima pet poznih in dva zgodnja gena, nima pa gena za beljakovino E5. HPV120 smo dokazali v številnih bioloških nišah, vključno z ustno votlino, dlačnimi mešički, zadnjičnem kanalu, ter v genitalnih bradavicah na penisu, vulvi in perianalno. Širok klinični spekter okužb s HPV120 nakazuje na širši epitelijski tropizem kot je bilo za HPV rodu betapapilomavirus predvidevano do sedaj.
COBISS.SI-ID: 30060505
Klopni meningoencefalitis (KME) je najpomembnejša klopno prenosljiva bolezen v Evropi, ki prizadene osrednje živčevje. Povzroča jo virus klopnega meningoencefalitisa. Incidenca bolezni je v zadnjih dveh desetletjih močno narasla, poleg tega pa je opaziti tudi spremembe v prostorki razširjenosti okužb. Poznavanje endemičnih področij pa je ključnega pomena pri načrtovanju preventivnih ukrepov za uspešno preprečevanje okužb. V raziskavo, kjer smo ugotavljali prekuženost malih lodavcev v Sloveniji, smo vključili 4 vrste glodavcev (Myodes glareolus, Apodemus flavicollis, Apodemus sylvaticus, in Apodemus agrarius) iz različnih področij cele države. Prisotnost protiteles proti virusu KME smo v serumu živali z imunofluorescenčno metodo dokazali v 5,9%. Stopnja okužbe pa se je razlikovala glede na vrsto glodavca in območje ulova. Ugotavljali smo tudi prisotnost virusne RNA v različnih organih glodavcev. Pri gozdnih voluharicah smo z obema metodama ugotovili višjo stopnjo prekuženosti z virusom KME kot pri miših. Hkrati smo pri gozdnih voluharicah dokazali tudi višje titre protivirusnih protiteles in višje virusno breme. Ugotovili smo, da obstaja korelacija med območno prevalenco okužbe pri malih glodavcih in incidenco bolezni pri ljudeh. Prav tako smo ugotovili, da z molekularnimi metodami lahko dokažemo virus v organih živali v daljšem časovnem obdobju kar nakazuje na dolgotrajnejšo okužbo glodavcev z virusom. Prekuženost malih glodavcev nam tako lahko služi kot primeren pokazatelj kroženja virusa na nekem območju.
COBISS.SI-ID: 29691097
Okužbe s humanimi bokavirusi (HBoV), ki lahko povzroči resne okužbe dihal, opisujejo po vsem svetu. Cilj te 2-letni retrospektivne študije je bil ugotoviti razširjenost HBoV in drugih respiratornih virusnih povzročiteljev bolezni otrok, sprejetih v bolnišnico ter raziskati ali je bilo virusno breme za HBoV DNK povezana z resnostjo okužbe. Med aprilom 2007 in marcem 2009 je bilo testiranih na prisotnost virusov dihal z metodo PCR v realnem času ali z neposrednim imunofluorescenco 891 respiratornih vzorcev 760 otrok, ki so bili sprejeti v bolnišnico zaradi akutne okužbe dihal. HBoV DNA smo dokazovali s pomočjo metode kvantitativni PCR v realnem času z interno kontrolo. 25 naključno izbranih vzorcem smo opredelili z metodo sekveniranja. Najpogosteje dokazan virus je bil rinovirus, sledijo respiratorni sincicijski virus, HBoV in humani metapneumovirus. DNA virusa HBoV smo potrdili pri 18,4% otrok, ki so bili sprejeti v bolnišnico. HBoV je bil edini virusni patogen dokazan pri 66/164 (40,2%) od HBoV DNK-pozitivnih otrok, kar je 7,4% od vseh 891 vzorcev. 97% (64/66) otrok z dokazano enojno okužbo z virusom HBoV je imelo okužbo spodnjih dihal. Mediana virusnega bremena HBoV DNA je bila bistveno višja pri otrocih, kjer je bil virus HBoV edini dokazan patogenom. Višje virusno breme HBoV DNK je bilo povezano s prezgodnjim rojstvom in starostjo. HBoV je pomemben in pogost patogen pri okužbah dihal pri otrocih. Resnost bolezni je primerljiva z resnostjo pri okužbi z RSV.
COBISS.SI-ID: 29001689