DNA genom novega HPV genotipa HPV-125, ki smo ga izolirali iz kožne bradavice na roki 19-letnega imunokompetentnega moškega, smo v celoti klonirali, sekvenirali in opredelili. Molekularna opredelitev novega genotipa HPV-125 je pokazala, da njegov celotni genom vsebuje 7809 bp in ima 46,4 % delež GC nukleotidov. Genom HPV-125 je organiziran na način, ki je tipičen za predstavnike rodu Alphapapillomavirus, in vsebuje zapise za zgodnje virusne beljakovine E6, E7, E1, E2 in E4 ter pozni beljakovini L2 in L1. Za razliko od nekaterih ostalih PV iz tega rodu HPV-125 nima zapisa za beljakovino E5. Genom HPV-125 vsebuje tudi dve nekodirajoči področji: zgornje regulatorno področje (LCR), ki se nahaja med genoma L1 in E6 (genomska lokacija 7137-7809 bp, dolžina 673 bp), ter krajše nekodirajoče področje, ki se nahaja med genoma E2 in L2 (genomska lokacija 3757-4216 bp, dolžina 460 bp). Na podlagi multiple poravnave L1 gena 117 HPV se HPV-125 filogenetsko uvršča v vrsto 2 virusnega rodu Alphapapillomavirus, najbolj pa je soroden genotipoma HPV-3 in HPV-28. Podrobna primerjava v parih med nukleotidnim in aminokislinskim zaporedjem gena L1 je pokazala, da je HPV-125 najbolj soroden HPV-3. Analiza aminokislinskega zaporedja zgodnjih virusnih beljakovin E6 in E7 je pokazala, da vsebuje E6 HPV-125 dve tipični domeni za vezavo cinka (CxxC(x)29CXXC) na aminokislinskih mestih 29 in 102, medtem ko E7 vsebuje eno tako domeno na mestu 50. Kot pri več drugih predstavnikih vrste 2 rodu Alphapapillomavirus je tipično zaporedje za vezavo pRb (LxCxE) odsotno tudi pri HPV-125. Da bi ocenili tkivni tropizem in klinični pomen HPV-125 smo razvili kvantitativni tipsko-specifični test v realnem času. Mejo detekcije smo z 95% zanesljivostjo določili pri 2,5 kopij/reakcijo (1,7-5,7), medtem ko sta bila koeficienta variacije znotraj enega testa in med testi 0,47 in 2,00 za 100 kopij na reakcijo ter 1,15 in 2,15 za 10 kopij na reakcijo. Z razvitim testom smo prisotnost HPV-125 določali pri reprezentativnem naboru vzorcev (skupaj 601 vzorec), ki je vseboval sluznične in kožne benigne in maligne spremembe povezane s HPV ter dlačne mešičke. S testiranjem kliničnih vzorcev smo pokazali, da je HPV-125 redek genotip, ki ima kožni tropizem, ter da je najverjetneje etiološko povezan z nastankom posameznih primerov navadnih kožnih bradavic pri človeku.
COBISS.SI-ID: 28776665
Človeški bokavirus je pred nedavnim opisan virus, ki povzroča okužbe dihal. V prispevku je v prvič opisan klinični primer življenje ogrožujoče okužbe pri predhodno zdravem otroku. Klinična slika bronhiolitisa se je razvila v izjemno težak potek bolezni s pnevmotoraksom, pnevmomediastinumom in akutno odpovedjo dihal z izraženim »air-leak« sindromom.
COBISS.SI-ID: 28105689
Velika izpostavljenost glivam iz okolja lahko pripelje do različnih bolezni dihal, kot so vnetje dihal, preobčutljivostni pnevmonitis in alergija. Za boljše razumevanje mehanizmov, ki povezujejo izpostavljenost glivam z boleznijo, smo proučevali naravne vnetne citokinske odzive v humanih mononuklearnih celicah iz periferne krvi, ki smo jih in vitro spodbujali s komponentami celične stene gliv (KCSG), kot so topni in netopni (1--)3)-beta-D-glukan-kurdlan (BGT in BGN), cimosan (CIM) in hitosan (HIT), v odsotnosti ali prisotnosti lipopolisaharida (LPS). Z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času pa smo analizirali učinke KCSG na izražanje mRNA receptorjev naravne imunosti, dektina-1, TLR2, TLR4 in manoznega receptorja (MR). Rezultati so pokazali, da je BGN močan sprožitelj izdelovanja citokinov TNF-alfa, IL-6, IL-10 in IL-12. Ostale komponente, BGT, CIM in HIT pa so bili šibki, vendar statistično značilni spožitelji sinteze citokinov. Pokazali smo, da je BGT značilno povečal izdelovanje TNF-alfa v humanih mononuklearnih celicah, ki smo jih spodbujali z LPS in vitro. V nasprotju s tem, so BGN, CIM in HIT zavrli citokinski odziv z LPS in vitro. Vse KCSG so na ravni mRNA statistično značilno zmanjšale izražanje receptorjev dektina-1, TLR2, TLR4 in MR, tako v odsotnosti LPS in celo še bolj v prisotnosti LPS. Dokazali smo, da je v posredovanje naravnega vnetnega citokinskega odziva s HIT pomembno vpleten MR. Na ravni mRNA pa je HIT značilno zmanjšal izražanje MR. Izražanje mRNA MR je bilo v nasprotju z BGN, po spodbujanju mononuklearnih celic z BGT, značilno povečano. Zaključili smo, da dolgotrajna in velika izpostavljenost organskemu prahu morda poruši normalni imunski odziv in omogoči razvoj in/ali vztrajnost različnih imunopatoloških dogodkov.
COBISS.SI-ID: 28078041