Razvili smo algoritme in programsko opremo za kartiranje odčitkov sekvenc na človeški genom, nadzor kakovosti in filtriranje nekvalitetnih odčitkov, določanje in odstranjevanje duplikatov PCR in kvantifikacijo vezave (število cDNA) na osnovi naključnih barkod, generiranje genomskih kart s proteinom povezanih mest, določanje skupin povezanih mest na genomu, in za analizo obogatenih pentanukleotidov v bližini povezanih mest. Rezultati analize so pokazali, da delci hnRNP preferenčno vežejo zaporedja uridinov, ki so medsebojno oddaljeni 165 nukleotidov, kar se ujema s strukturo delcev hnRNP.
COBISS.SI-ID: 7800916
Razvili smo nov postopek za izris mrežij, namenjenega vizualizaciji mrež, sestavljenih iz večjega števila ločenih komponent; takšne mreže lahko nastopajo naravno, ali pa jih na manjše dela razbijemo namerno. Postopek kombinira Fruchterman-Reingoldov algoritem z večrazsežnostnim lestvičenjem in novo metodo za izračun optimalne rotacije komponent, ki, podobno kot prva dva algoritma, temelji na fizikalni metafori. Postopek se je izkazal kot zelo uporaben za izris različnih mrež, ki se pojavljajo na področju bioinformatike.
COBISS.SI-ID: 7964756
Optimizacija s kolonijami mravelj je stohastični algoritem za kombinatorične probleme. Predlagali smo njegovo nadgradnjo, ki omogoča reševanje zveznih numeričnih problemov. Tovrsten problem pretvorimo v problem preiskovanja grafa, pri čemer so vozlišča v grafu obeležena z razlikami vrednosti parametrov glede na trenutno najboljšo rešitev. Nato uporabimo računalniško simulirano populacijo mravelj za iterativno iskanje poti v grafu, ki predstavljajo boljše vrednosti parametrov problema. Poizkusi kažejo, da je novi algoritem zlasti primeren za numerične probleme visokih dimenzij.
COBISS.SI-ID: 23618855
Pri preiskovalnih problemih, kakršni so igranje iger in iskanje poti, se je navadno bolje odločati na podlagi pogleda naprej za čim več korakov. Preiskovalna patologija pa nastopi v primerih, ko to ne velja. Ključni dejavniki, ki vplivajo na patologijo, so število možnih hevrističnih vrednosti, število možnosti, med katerimi pri preiskovanju izbiramo, in podobnost med sosednjimi možnostmi. Vpliv teh dejavnikov je zelo podoben pri preiskovanju z minimaksom (igre) in miniminom (iskanje poti in drugi problemi). Patologijo smo našli v šahu, igri kalah in uganki osmih ploščic.
COBISS.SI-ID: 23912743
Na podlagi retrospektivnih podatkov bolnikov z rakom na dojki smo pokazali povezavo med markerjema uPA in PAI-1 ter odgovorom na različne standardne kemoterapije. Poglavitni rezultat je, da visoke vrednosti markerjev sugerirajo dober odziv na zdravljenje z antraciklini, ki je bolj toksično in je posledično koristno vnaprej vedeti, katerim bolnikom bo koristilo. Metodološka novost je uravnoteževanja vseh primerjanih podskupin. Članek je bil izpostavljen v reviji in v isti številki revije je nanj bil napisan in objavljen komentar s strani vodilne raziskovalke s tega področja.
COBISS.SI-ID: 843131