Encimi CYP53, člani družine citokromov P450, so zelo ohranjeni proteini; pri glivah so udeleženi pri detoksifikaciji fenolnih spojin. Ker nimajo homologov v višjih evkariontih, smo jih predlagali kot primerne (potencialne) tarče za protiglivne učinkovine. Pri odkrivanju novih inhibitorjev CYP53 smo uporabili dva protokola vzporednega virtualnega presejavanja in s spektometrično analizo vezavnih interakcij, z opazovanjem protiglivne aktivnosti ter z ocenjevanjem inhibicije katalitske aktivnosti omenjenega encima določili spojine z najvišjimi merjenimi vrednostmi in njihovim sovpadanjem. Na osnovi omenjenega kombiniranega pristopa smo izbrali 3-metil-4-(1H-pirol-1-il)benzojsko kislino (spojina 2) kot najboljšo spojino vodnico v nadaljevanju postopka odkrivanja protiglivnega sredstva.
COBISS.SI-ID: 30257369
Encimi popravljanja neujemanj DNA (angl. mismatch repair, MMR) popravljajo napake, ki nastanejo pri normalnem metabolizmu DNA oz. jih sproži izpostavljenost rakotvornim dejavnikom. Ocenjevali smo povezanost med 10 enonukleotidnimi polimorfizmi (SNP) v 5 MMR genih in tveganjem za rak požiralnika pri Južnoafričanih. Pred genotipiziranjem smo iz podatkovne baze HapMap izbrali SNP-je, ki so izkazovali značilne genotipske razlike med populacijo evropskih prednikov in štirih HapMap populacij afriškega izvora. V mešani predniški populaciji je genotip GG polimorfizma MSH3 rs26279 proti genotipu A/A ali A/G izkazoval pozitivno povezavo oz. tveganje za rak (OR = 2.71; 95% CI: 1.34-5.50). Podobno povezavo smo opaziili pri polimorfizmu PMS1 rs5742938 (GG proti AA ali AG: OR = 1.73; 95% CI: 1.07-2.79) in polimorfizmu MLH3 rs28756991 (AA ali GA proti GG: OR = 2.07; 95% IC:1.04-4.12). Pri posameznikih črnske popluacije pa z analizo posameznih polimorfizmov povezave med omenjenimi MMR polimorfizmi in tveganjem za rak nismo opazili. Interakcije med geni MMR smo ocenili z uporabo MB-MDR pristopa (angl. model-based multifactor-dimensionality reduction approach), ki je pokazal pomembne interakcije med polimorfizmi v genih MSH2, MSH3 in PMS1 pri črnski populaciji kot tudi mešani predniški populaciji. Pridobljeni rezultati tudi nakazujejo vpliv kajenja tobaka na patogenezo, povezano s polimorfizmi genov MMR. Kot prvi poročamo o vpletenosti pogostih polimorfizmov genov MMR ter interakcij med njimi v etiologijo raka požiralnika.
COBISS.SI-ID: 4970010
Ključna vloga gena Crem pri normalnen razvoju sperme je široko sprejeta in potrjena z azoospermijo moških miši, ki imajo izbit gen Crem. Točno število genov, ki so pod nadzoromo Crem, še ni poznano. Obstaja pa velika razlika med pred nadavno predvidenim številom genov, ki jih uravnava Crem (študije v miših z izbitim genom Crem (Crem KO)), in številom genov, ki jih veže transkripcijski dejavnik CREM. Zato smo z analizo transkriptoma z mikromrežami Affymetrix ponovno preverili izražanje genov miši z izbitim genom Crem v modih. Listo diferenčno izraženih genov smo primerjali s podatki metode Chip-seq, ki je pokazala področja, ki jih veže CREM. Pokazali smo celostni vpliv CREM na spermatogenezo, kjer smo razlikovali tudi med primarnimi in sekundarnimi učinki odsotnosti CREM. Odsotnost Crem deregulira preko 4700 genov v modih Crem KO živali. Med njimi je 101 genov povezanih s sprematogenezo, pri čemer jih 41 veže CREM in so deregulirani v modih Crem KO miši. Odostnost mnogih od teh genov je že bila povezana z normalno spermatogenezo in plodnostjo moških. Naša študija kaže, da ima odsotnost Crem pomembnejšo vlogo od predvidene pri različnih vidikih spermatogeneze, od spodbujanja apoptoze do deregulacije glavnih genov cirkadiane ure, steroidogeneze in dinamike stika med celicami. Odkrili smo nove gene, ki so pomembni za normalno spermaotgenezo in plodnost. Ti geni so bili manj izraženi v modih Crem KO miši in predstavljajo nove možne tarče gena CREM.
COBISS.SI-ID: 29577689
Cirkadiano uro pri sesalcih vodi avtonomna transkripcijsko-translcijska povratna zanka, ki vključuje DNA zaporedja: E-elemente, D-elemente in elemente ROR. V perifernih organih cirkadiane ritme dodatno uravnavajo tudi sistemski dejavniki. Pokazali smo, da v jetrih cirkadiano uro poganja notranje kombinatorno uravnavanje genov. S časovno ločlivostjo 2h smo izmerili izražanje 21 cirkadianih genov v mišjih jetrih v razmerah popolne teme in ekvinoksične svetlo-temne faze. Na podlagi teh podatkov in že poznanih mest za vezavo transkripcijskih dejavnikov, smo razvili regulatorno mrežo iz šestih enot. Transkripcijske povratne zanke so predstavljene z enačbami z zamikom, ki znatno poenostavijo modeliranje vmesne dinamike proteinov. Naš model natančno reproducira faze, amplitude in valovne oblike genov centralne ure. Analiza mreže je pokazala glavne značilnosti ure: kritični zaostanki privedejo do oscilacij, sinergija med inhibicijo in aktivacijo poveča amplitude, kombinatorno uravnavanje pa vpliva na faze. Skladanja med meritvami in simulacijami nakazujejo, da notranja regulatorna mreža prvenstveno določa cirkadiano uro v jetrih, sistemski vplivi, kot so cikli svetlobe in teme, pa fino uravnavajo ritem.
COBISS.SI-ID: 30247385
V tej študiji smo pripravili inkluzijska telesa keratina 14 (K14) v bakteriji E. coli. K14 je bil izbran kot primer kompleksnega proteina, saj keratini gradijo intermediarne filamente v vseh epitelijskih celicah. Intermediarni filamenti nastajajo v nekaj zaporednih korakih. Najprej K14 dimerizira s svojim vezavnim partnerjem, K5, nato pa se večje število heterodimerov poveže v filamente. K14 inkluzijska telesa (K14 IT) smo s pomočjo elektroporacije vnesli v celice SW13. Poleg K14 IT smo v celice vnesli tudi reporterski plazmid, EYFP-K5. Glede na to, da celice SW13 ne izražajo keratinov, bodo v tem primeru v celicah vidne filamentozne strukture samo v primeru, da: (a) smo uspešno istočasno vnesli K14 IT in plazmidno DNA; (b) se monomerni K14 lahko nato sprosti iz K14 IT (topna IT); (c) je sproščeni K14 funkcionalen in lahko tvori dimere z EYFP-označenim K5. Rezultati potrjujejo hipotezo, da je topna IT mogoče pridobiti tudi za kompleksne proteine in te nato lahko uporabimo kot nanodelce za dostavo proteinov v epitelijske celice.
COBISS.SI-ID: 5014298