Članek opisuje razvoj algoritma Global Sequence Signature (GSS) za odkrivanje mehanizmov somatske koevolucije med zanko CDR3 in ogrodjem protitelesa, za kar smo uporabili tako eksperimentalno pridobljena kot tudi javno objavljena zaporedja hipervariabilnih domen protiteles. GSS (slo., "Globalni sekvenčni podpis") razkriva strukturno mrežo okoli CDR3 zanke variabilne domene težkoverižnih kamelidnih protiteles (nano-protiteles). Algoritem pride v poštev tudi kot PRIPOMOČEK PRI NAČRTOVANJU KNJIŽNIC REKOMBINANTNIH PROTITELES s postopki PROTEINSKEGA INŽENIRSTVA. Odprli smo tudi javno dostopno spletno stran s s tutorialom in programsko opremo za uporabo omenjenega algoritma v biokemiji, molekularni biologiji in biotehnologiji: KASTELIC Damjana, SOLER Nicolas, KOMEL Radovan, POMPON Denis: Global sequences signature analysis of camelidae VH/VHH sequences. [S. l.: s. n., 2013]. http://gss.mrc-lmb.cam.ac.uk/. [COBISS.SI-ID 30498265].
COBISS.SI-ID: 30498009
Izničenje gena za citokrom P450 lanosterol [alfa]-demetilazo (CYP51) pri miši je model za sindrom Antley-Bixler: Sindrom Antley-Bixler (ABS) predstavlja skupino heterogenih bolezni, za katere so značilne abormalnosti skeleta ter srčne in urogenitalne nepravilnosti, ki so bile pogosto povezane z mutacijami v receptorju za fibroblastni rastni faktor 2 ali v genu za citokrom P450 reduktazo. Pri nekaterih ABS bolnikih je bilo opaženo znižanje aktivnosti holesterogenega citokroma P450 CYP51A1, ki je ortolog mišjega Cyp51, opaženo pa je bilo tudi kopičenje lanosterola in 24,25-dihidrolanosterola. Vendar pa vloga CYP51A1 v etiologiji te bolezni ostaja nepojasnjena. Da bi preverili, če je Cyp51 lahko udeležen pri tvorbi ABS, smo pripravili model mišk z izničenim genom Cyp51. Model kaže mnoge prenatalne značilnosti ABS. Zarodki odmrejo pri dnevu 15 embrionalnega razvoja. Miške Cyp51(-/-) nimajo funkcionalne Cyp51 mRNA in imunoreaktivnega CYP51 proteina. Substrata encima CYP51 (lanosterol in 24,25-dihidrolanosterol) sta vidno povečana, medtem ko predhodnikov holesterola, ki nastanejo za stopnjo CYP51, ne zaznamo, iz česar sklepamo, da smo uspešno blokirali CYP51 in s tem de novo sintezo holesterola. V skladu s tem smo zaznali povečanje izražanja 10 genov iz sinteze holesterola, z izjemo 7-dehidroholesterol reduktaze. Smrt zarodkov smo pripisali odpovedi srca zaradi hipoplazije, razdeljenosti septuma ter okvar epikarda in tvorjenja žil, kar nakazuje, da je pomanjkanje Cyp51 vplivalo na razvoj srca in krvožilnega sistema. Opazili smo spremembe v signalnih poteh sonic hedgehog in retinojske kisline, kar nakazuje možna molekularna mehanizma. Miške z izničenim genom Cyp51 dokazujejo, da je Cyp51 nujen v embrionalnem razvoju, in predstavljajo nov potencialni model sindroma ABS pri ljudeh. TO JE PRVA TRANSGENSKA MIŠKA, KI JE BILA V CELOTI PRIPRAVLJENA V SLOVENIJI.
COBISS.SI-ID: 28610009
Možganski nevrotrofični dejavnik igra pomembno vlogo v patofiziologiji samomorilnosti, v možganih in plazmi samomorilcev je njegova raven znižana. Pokazali smo, da sta v predelu Wernicke posmrtnih možganov samomorilcev, promotor in ekson IV gena BDNF pogosto hipermetilirana, ne glede na genomski metilacijski status. To nakazuje, da bi gensko-specifično povišanje metiliranja DNA lahko povzročilo oz. prispevalo k znižanju izražanja BDNF pri samomorilcih. Rezultat postavlja NOVO POVEZAVO MED EPIGENETSKO SPREMEMBO V MOŽGANIH IN SAMOMORILNIM VEDENJEM.
COBISS.SI-ID: 26684633
Članek prikazuje ugotovitve nadaljevanja raziskave, ki je imela odmevne rezultate že v naši predhodni objavi (J. Med. Chem, 2008), saj jih je revija SciBX (skupna publikacija revij Nature in BioCentury) izpostavila kot perspektivne za razvoj novih protiglivnih zdravil (The Distilery – Infectious Disease, SciBX, 19 June 2008, vol. 1, no. 21, p. 13). V tem članku razpravljamo o bioloških vlogah dveh alternativnih redoks partnerjev encima CYP53A15, katerega gen smo klonirali v predhodni raziskavi in tudi izdelali računalniški model encima. Vsebina članka je navedena v povzetku v angleškem jeziku.
COBISS.SI-ID: 4729882
Določili smo kristalno strukturo cAMP fosfodiesteraze Rv0805 celotne dolžine iz Mycobacterium tuberculosis. Pokazali smo tudi, da je Rv0805 v bakteriji lokaliziran ob celični steni, za kar je odgovorna C-terminalna domena, izražanje divjega tipa ali encimsko neaktivne mutante v M. smegmatis pa spremeni celično prepustnost za hidrofobne citotoksične molekule. To odkritje nakazuje, da Rv0805 lahko igra ključno vlogo v patogenosti mikobakterij, ne samo preko hidrolize cAMP, temveč tudi kot protein, ki lahko vpliva na funkcionalnost celične stene. Encim Rv0805 izpostavljamo kot možno tarćo za razvoj novih protituberkuloznih učinkovin.
COBISS.SI-ID: 4259610