S polarizirano fluorescenčno mikrospektroskopijo smo okarakterizirali konformacije dveh lipidnih prob z barvilom NBD v treh modelnih membranskih okoljih. Z omenjenim pristopom smo razkrili soobstoj dveh konfomacij prob z različnimi orientacijami dipolov fluorofora glede na membrano. Relativni deleži konformacij, ki smo jih določili z razvitim modelom, nakazujejo specifično občutljivost obeh prob na tesno zlaganje z molekulami holesterola. Razvito metodo bomo lahko neposredno uporabili za raziskovanje membranskih nanodomen in struktur membranskih proteinov.
COBISS.SI-ID: 26970919
V članku je predstavljen matematični model raztapljanja krvnih strdkov na mikroskopski ravni, ki temelji na molekularni dinamiki. V modelu je krvni strdek obravnavan kot skupek krvnih celic povezanih z elastičnimi fibrinskimi vlakni, ki se lahko biokemično razgradijo ali mehansko pretrgajo med trombolizo ob toku krvi. Rezultati simulacij kažejo, da poteka raztapljanje hitreje ob toku krvi in da pri njem nastajajo fragmenti strdka, katerih velikost je odvisna od hitrosti toka krvi. Rezultati tega modela se dobro ujemajo z našimi zadnjimi rezultati raztapljanja modelih krvnih strdkov, ki smo ga spremljali s pomočjo optične mikroskopije, ter s kliničnim opazovanjem. Rezultati študije so pomembni za boljše razumevanje dejavnikov tveganja za nadaljnjo embolizacijo v mikrovaskulaturi s trombotičnim materialom odstranjenim pri trombolizi.
COBISS.SI-ID: 26585383
Merjenje spinskega odmeva v pulznem gradientu magnetnega polja je uveljavljena metoda jedrske magnetne resonance za merjenje translacijskew dinamike molekul. Dinamično območje metode je omejeno z relaksacijo signala in strojno opremo. S spremembo metode, ko namesto spreminjanja difuzijskega časa, spreminjamo čas razglaševanja, smo uspeli razširiti dinamično območje do višjih frekvenc, pri katerih lahko zaznamo pomembno spremembo v dinamiki polimerov. Pri dovolj kratkih časih opazimo prehod iz Rousovega načina gibanja v reptacijski. Nobena druga metoda ne zaznava gibanja na tej časovni skali in rezultati meritev so pomembni za razvoj novih dinamičnih modelov gibanja polimernih verig. Rezultati meritev potrjujejo model popuščanja ovir s podobno dinamiko, kot jo imajo Rousove verige.
COBISS.SI-ID: 27404327
Sistematično smo analizirali svoje nedavno vpeljane modele za spektralno prilagajanje in postopke za odpravljanje vplivov bledenja pri fluorescenčni mikrospektroskopiji. Uvedeni postopki omogočajo tudi uporabo svetlobno neobstojnih prob s šibkim spektralnim odzivom na spremembe okolja, kar bo močno razširilo eksperimentalni domet metode. Uporabnost nanometrske natančnosti določanja lege spektralnega vrha in slikanja krajevno odvisne hitrosti bledenja fluorescence smo ponazorili z opazovanjem posameznih liposomov v različnih lipidnih fazah in prehodov med njimi.
COBISS.SI-ID: 27156007
Sintetizirali smo manjšo serijo fluoroforov na osnovi 7-dietilaminokumarina, pri čemer smo z racionalnim načrtovanjem pri sintetiziranih fluoroforih dosegli batokromni premik tako ekscitacijskega kakor tudi emisijskega spektra. Sintetiziranim fluoroforom smo pomerili fluorescentne spektre v različnih topilih, pri čemer ti izkazujejo od zelo velike pa do zmerne občutljivosti na polarnost okolice. Omenjeni fluorofori izkazujejo veliko fotostabilnost v primerjavi z NBD fluoroforom. Na osnovi 7-dietilaminokumarina smo sintetizirali manjšo serijo dvojnih spinsko-fluorescentnih označevalcev in proučili vpliv razdalje nitroksida na dušenje fluorescence. Nadaljevali smo s sintezo in vrednotenjem pH občutljivih fluorescentnih označevalcev rodaminskega tipa za zaznavanje pH sprememb v okolju.
COBISS.SI-ID: 3497585