Preučevali smo korelacijo med frekvenco OH nateznega nihanja in trenutno geometrijo na natrijevem hidrogen bis-sulfatu s Car Parrinellovo simulacijo. S kemometrijskimi metodami nismo našli nobene enostavne korelacije med trenutno geometrijo in frekvenco OH nateznega nihanja, kar kaže na izjemno kompleksnost kratkih vodikovih vezi.
COBISS.SI-ID: 4992794
Da bi dobili vpogled v naravo encimske katalize MAO, smo študirali pKa vrednosti treh relevantnih tirozinskih aminokislinskih preostankov v aktivnem mestu MAO B. Izračune smo naredili z vezanim dopaminom in brez njega. pKa vrednosti aminokislinskih preostankov Tyr188, Tyr398 in Tyr435, kakor tudi dopamina, so povišane glede na vrednosti v vodni raztopini, kar je dokaz, da Tyr aminokislinski preostanki ne morejo delovati kot akceptorji protonov. Spremenjene pKa vrednosti Tyr lahko razložimo z dvema efektoma. Vezava sorazmerno velike molekule dopamina znižuje pKa vrednosti tirozina, z vezavo pa je povezano izrivanje molekul vode, kar pKa dviga. Zadnji prispevek je močnejši, kar ima za posledico povišanje pKa vrednosti. Dopamin je v aktivnem mestu najraje v protonirani obliki, vendar je prosta energije deprotonacije majhna. Študija je pomembna za načrtovanje novih in izboljšanih inhibitorjev MAO B.
COBISS.SI-ID: 4948506
Na osnovi kvantnokemijskih izračunov smo predlagali in kvantificirali nov dvostopenjski hidridni mehanizem za deaminacijo aminov, ki jih katalizira MAO. Prvi korak, ki določa hitrost, je sestavljen iz prenosa hidridnega iona s substratnega alfa-ogljikovega atoma na N5, čemur sledi tvorba adukta z nastalim kationom. Naslednji korak je deprotonacija flavina, ki jo omogočata dve molekuli vode v aktivnem mestu. Nastane reducirani flavin FADH2 in nevtralni imin. Predlagani mehanizem je v skladu z vsemi eksperimentalnimi študijami in izključuje nukleofilni in enoelektronski radikalski mehanizem. Rezulati so pomembni za mehanistične študije ostalih flavoencimov in načrtovanje novih antidepresivov in antiparkinsonikov.
COBISS.SI-ID: 5142810
S pomočjo dostopnih strukturnih informacij vezave naravnega inhibitorja klorobiocina s kombinacijo farmakofornih modelov in eksperimentov molekulskega sidranja odkrili serijo substituiranih 4,5`-bitiazolov z aktivnostjo v nizkem mikromolarnem območju. Vezavo tega razreda zaviralcev smo preverjali tudi z večimi biofizikanimi tehnikami: diferenčno dinamično fluorimetrijo, površinsko plazmonsko resonanco (SPR) in mikrotermoforezo (MST). Vezavo najmočnejšega zaviralca na protein smo potrdili tudi z metodo proteinske kristalografije (x-ray) in pri tem pokazali tudi na odlično ujemanje med eksperimentalno določeno vezavno geometrijo inhibitorja in in silico postavljenim modelom vezave.
COBISS.SI-ID: 4999450
Transmembranski protein bilitranslokaza je v zadnjih letih zelo aktualen kot transporter organskih anionskih molekul. Prav tako ta protein igra pomembno vlogo kot membranski transporter pri transportu nekaterih zdravilnih učinkovin iz celic. Trenutno je poznana samo primarna struktura tega proteina. V naših raziskavah smo predvideli strukturo transmembranskih regij bilitranslokaze s kemometričnimi pristopi in njihovo strukturno stabilnost smo nadalje študirali s metodo molekulske dinamike. Določili smo tudi strukturo enega izmed predvidenih transmembranskih regij z uporabo večdimenzionalne NMR spektroskopije, ki je potrdila obstoj alfa helikalne sekundarne strukture za ta fragment in podala prvi vpogled o strukturnih značilnostih tega proteina.
COBISS.SI-ID: 4993562