Z računalniškimi metodami smo izvedli dosledno študijo sedmih mogočih mehanizmov ireverzibilne inhibicije monoamino-oksidaze B (MAO B) z acetilenskimi inhibitorji. Pokazali smo, da je najbolj verjeten anionski mehanizem, po katerem je pri inhibiciji udeležen terminalni ogljikov atom. Ugotovili smo tudi, da kationski in radikalski mehanizem nista najbolj verjetna. Rezultati te študije so uporabni za načrtovanje novih učinkovin za zdravljenje Parkinsonove bolezni.
COBISS.SI-ID: 4788506
z IR spektroskopijo in Car-Parrinellovo molekulsko dinamiko smo proučevali hidratacijo histamina, nevrotransmiterja in mediatorja vnetij, ki je pri fiziološkem pH prisoten v monokationski obliki. Osredotočili smo se na del spektra, ki ustreza valenčnemu nihanju skupin N-H, saj so te prostostne stopnje bistvene za interakcijo molekule z vodo, transporterji in receptorji. Računsko modeliranje spektra smo izvedli na dva načina, najprej s Fourierovo transformacijo časovne avtokorelacijske funkcije razdalj N-H, nato pa še s kvantizacijo gibanja protona vzdolž vezi N-H. Kvantne popravke smo izvedli z metodologijo posnetkov molekulske dinamike, ki smo jo razvili v naši skupini. Ujemanje izračunanega spektra z eksperimentalnim je bilo mnogo boljše v drugem primeru, kar kaže na velik pomen nuklearnih kvantnih efektov tudi v razmeroma šibkih vedikovih vezeh, kakršne tvori histamin z vodo.
COBISS.SI-ID: 4658202
Študijo kvantitativne povezave med strukturo in aktivnostjo na treh nizih strukturno podobnih fluorokinolonov smo naredili z uporabo obsežnega niza molekulskih deskriptorjev. S pristopom z multiplo linearno regresijo kot predprocesnim orodjem smo izluščili niz relevantnih deskriptorjev (10), ki smo jih zatem uporabili v nelinearni proceduri (umetne nevronske mreže). Biološko aktivnost v nizu (minimalno inhibitorno koncentracijo ([mu]g/mL) smo izrazili kot negativni desetiški logaritem, ([rho]MIC). Z uporabo nelinearne tehnike protitočnih umetnih nevronskih mrež smo dobili dobre napovedne modele. Vsi modeli so bili validirani z uporabo navzkrižne procedure izpusti-en-element. Rezultati najboljših modelov (niz 1, R= 0.8108, niz 2, R= 0.8454, niz 3, R=0.9112) na zunanjem, predhodno izpuščenem nizu spojin kažejo na dejstvo, da ti modeli dobro opisujejo korelacije med strukturo in aktivnostjo za fluorokinolone. Na ta način smo pokazali na prednosti nelinearnih pristopov v napovedi biološke aktivnosti za te skupine spojin. Še več, ti validirani modeli se lahko s pridom uporabijo za načrtovanje novih strukturno podobnih fluorokinolonskih analogov s potencialno boljšo biološko aktivnostjo.
COBISS.SI-ID: 4355354