Dipeptidi so aminokisline blokirane z acetilno in N-metilno skupino. Aminokisline v dipeptidih imajo podobne strukturne lastnosti kot jih imajo aminokislinski ostanki v proteinih, zato je poznavanje struktur dipeptidov ključno za razumevanje struktur proteinov. Določili smo strukture dipeptidov 19 osnovnih aminokislin v vodni raztopini. S spektroskopskimi metodami smo dokazali obstoj treh konformacij dipeptidov v vodi: PII, ß, in ?R. Delež konformacije ?R je v vseh dipeptidih presenetljivo majhen (( 10%). Porazdelitev deležev posameznih konformacij je zelo odvisna od vrste stranske verige.
COBISS.SI-ID: 4611098
Načrtovali in sintetizirali smo novo vrsto AT1 antagonistov z znatnim antihipertenzivim učinkom. Uporabili smo kombinacijo eksperimentalnih (NMR, Raman, DSC, ozkokotno rentgensko sipanje) in teoretičnih (umestitev v vezavno mesto in molekularno dinamiko) metod za natančno določitev interakcij učinkovina-membrana in učinkovina-aktivno mesto receptorja za novo vrsto AT1 antagonista. Pokazali smo, da aktivnost novih antagonistov lahko izboljšamo na dva načina: z upoštevanjem termodinamskih efektov na lipidne dvosloje in s prilagajanjem steroelektronskim lastnostim aktivnega mesta receptorja.
COBISS.SI-ID: 4385050
Z NMR metodami smo pokazali, da se novi rodaninski inhibitorji MurD vežejo le v vezavno mesto substrata UDP in ugotovili, da so locirani v uracilnem delu vezavnega mesta. Na podlagi študij tridimenzionalne strukture vezavnih mest UDP in ATP ter molekularne strukture rodaninskih derivatov je bila predvidena možnost vezave v obe vezavni mesti. S primerjalnimi študijami sprememb kemijskih premikov metilnih skupin encima MurD ob vezavi poznanih inhibitorjev, substrata in AMPPCP smo ovrgli možnost vezave novih inhibitorjev v vezavno mesto ATP.
COBISS.SI-ID: 2743921
Študirali smo kompleks učinkovine glimepirida in visoko razvejanega polimera. Z vgrajevanjem glimepirida v razvejane polimere smo bistveno izboljšali topnost protidiabetičnega zdravila. Z IR meritvami smo pokazali na vrsto interakcij, ki tvori kompleks učinkovine in prenašalca. Molekule glimepirida zaradi nastanka vodikovih vezi ne kristalizirajo, ampak ostanejo v amorfni obliki. Kristalizacija glimepirida nastopi šele, ko se zveča njegova koncentracija nad 5% (w/w). Pokazali smo, da je glavni vzrok za boljšo topnost, amorfna oblika učinkovine.
COBISS.SI-ID: 2834289
Z rešetanjem derivatov 1-phenethyl-4-(2-(pyridinyl)ethyl)piperazina v HepG2 humanih jetrnih celicah smo izbrali spojino za nadaljnje biološke raziskave. Rešetanje smo izvedli s 3H metabolnim označevanjem HepG2 celic, ekstrakcijo označenih sterolov in HPLC analizo z radiotekcijo. Delovanje spojine 2-(4-phenethylpiperazin-1-yl)-1-(pyridine-3-yl)ethanol smo analizirali z novo metodo GCMS. Metoda omogoča separacijo in kvantitativno določitev devet sterolnih intermediatov v poznem delu biosinteze holesterola. Z matematičnim modelom biosinteze smo potrdili največji delež inhibicije DHCR7.
COBISS.SI-ID: 27512281