Nedavno kalorimetrično izmerjene solvatacijske entalpije nekaterih dipeptidnih analogov so potrdile našo hipotezo, da princip aditivnosti ne velja za interakcije peptidnih skupin z vodo. Glavna posledica neveljavnosti principa aditivnosti je, da je vrednost solvatacijske entalpije peptidne vezi, ki je najpomembnejši parameter pri analizi termodinamike zvitja proteinov, popolnoma napačna. Kot testni sistem smo uporabili eksperimentalno določene hitrosti izmenjave vodika na peptidnih vezeh. Računi pokažejo, da je napaka predvsem posledica zanemarjanja vpliva sosednjih NHCO skupin.
COBISS.SI-ID: 4103962
S kombinacijo NMR študij in računalniških simulacij molekularne dinamike novih ligand-MurD kompleksov smo dobili vpogled v dinamične lastnosti kompleksov, ki lahko bistveno nadgradi racionalno načrtovanje novih protibakterijksih učinkovin osnovano le na študijah rigidne kristalne strukture. Prepoznali smo konformacijsko fleksibilnost novih ligandov v vezavnem mestu in določili njen vpliv na posamezne ligand-receptor interakcije. Ugotovili smo, da je stopnja fleksibilnosti povezana s specifičnimi elementi molekularne strukture ligandov in z razlikami v njihovi inhibitorni aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 4121626
Izmerili smo polarizirane ramanske spektre ?-polimorfa kristalov dihidrata oksalne kisline. Spektre smo interpretirali s pomočjo periodičnega DFT računa in z uporabo programa CRYSTAL06 ter s primerjavo z IR spektri. Pri nihanjih z majhno anharmoničnostjo smo dobili ujemanje med izračunanimi in izmerjenimi frekvencami. Devteracija pa ni znatno spremenila širokega traku, ki pripada OH(D) valenčnemu nihanju. Ta neobčutljivost na izotopski efekt nam razkriva grobo obliko potenciala, ki je odgovoren za dinamiko protona. Ima obliko dvojnega asimetričnega minimuma z zelo nizko bariero.
COBISS.SI-ID: 4189210
Z infrardečo spektroskopijo smo študirali vpliv lamelarne strukture fosfolipidov na strukturo in dinamiko vode ujete v večplastnih dvoslojih. Iz analize oblike in frekvence HOH v spektrih fosfolipidnih filmov s presežkom vode, lahko zaključimo, da lamelarna struktura oslabi HOH…OH2 H-vezi in spremeni strukturo vode v dvojnih plasteh PL. Vzrok za opisane spremembe smo pripisali hidratacijski sili dolgega dosega. Tako je celotna hidratacijska sila sestavljena iz že znanega odbijajočega prispevka kratkega dosega in novega privlačnega dolgega dosega.
COBISS.SI-ID: 22670631
Z NMR konformacijskimi študijami valsartana v topilu in simulacijami molekularne dinamike valsartan - AT1 receptor kompleksa v prisotnosti lipdnih dvoslojev smo raziskali vezavne interakcije valsartana z AT1 receptorjem. Valsartan preko inhibicije AT1 receptorja učinkovito deluje proti visokemu krvnemu pritisku. Ugotovili smo, da membransko okolje poveča vezavne interakcije valsartana z AT1 receptorjem in stabilizira ligand v aktivnem mestu receptorja in pokazali na pomembno vlogo membranskega okolja v mehanizmu delovanja AT1 antagonistov.
COBISS.SI-ID: 4115994