Objavili smo znanstveni članek z naslovom Topološka kompleksnost molekul v prestižni publikaciji Encyclopedia of Complexity and Systems Science, ki predstavlja največjo samostojno publikacijo na področju razumevanja in uporabe pristopov teorije kompleksnosti in njihovih uporab na vseh področjih znanosti in raziskav. To delo bo razširilo vpliv teorije komplesnosti na več področij raziskav, kot je bilo to mogoče do sedaj.
COBISS.SI-ID: 4214042
Objavili smo znastveni članek o novo razvitih metodah v programu CHARMM. CHARMM je računalniski program za simulacijo makromolekulskih sistemov v glavnem s področja biokemijskih sistemov, lahko pa se ga uporablja tudi za simulacije sistemov s področja novih materialov. V programu so zajete skoraj vse glavne metode s področja računalniške kemije, predvem klasično polje sil bodisi na atomskem ali grobo zrnatem nivoju. Dobro je tudi sklopljen z glavnimi kvantnomehanskimi programskimi paketi, tako da je primerno orodje za študij encimskih reakcij s QM/MM metodami.
COBISS.SI-ID: 4194586
Z uporabo molekulske dinamike holesterolno-sfingomielinskih dvoslojev smo pokazali fazni prehod iz tekoče-neurejene v tekočo-urejeno fazo pri kritični koncentraciji holesterola 30 mol %, ki se ujema z eksperimentalnimi podatki. Ugotovili smo, da imajo ključno vlogo pri nastanku tekoče-urejene faze vodikove vezi med sfingomielinom in holesterolom ter da je mešanje med sfingomielinom in holesterolom pod kritično koncentracijo holesterola entropično, nad njo pa entalpično.
COBISS.SI-ID: 4303642
Sklopili smo atomistični in kontinuumski opis tekoče vode preko mezoskopskega delčnega modela. Triskalna hidrodinamska numerična metoda za molekularne tekočine omogoča vstavljanje velikih molekul v atomistično domeno preko mezoskopskega območja. Naš večskalni pristop je primeren za molekulsko simulacijo odprtih sistemov z relativno velikimi molekulami, bodisi v velekanoničnem ansamblu oziroma pod neravnovesnimi pogoji.
COBISS.SI-ID: 4329754
Kinetična analiza alkilacije gvanina z aflatoksinom B1 ekso-8,9-epoksidom (reaktivno obliko hepatokarcinogena aflatoksina B1) je pokazala, da je reakcija več kot 2000-krat bolj učinkovita v DNA kot v vodni raztopini – to je s prostim 2'-deoksigvanozinom. Termodinamska analiza je razkrila interkalacijo AFB1 ekso-8,9-epoksida kot glavni vir opaženega DNA katalitičnega efekta. Znano ekso ) endo stereospecifičnost DNA alkilacije pa smo opazili že s prostim deoksigvanozinom, kar se sklada z našimi predhodnimi teoretičnimi napovedmi.
COBISS.SI-ID: 4132890