Z uporabo visokozmogljivostne genetike smo določili molekulski vpliv nevrotoksične fosfolipaze A2 v kvasovki S. cerevisiae. Z orodji bioinformatike smo na osnovi rezultatov presejalnega testa postavili hipoteze in jih v nadaljevanju s fokusiranimi pristopi tudi potrdili. S tem smo pokazali, da je kvasovka izjemno uporaben organizem tudi za določanje molekulskih tarč nevrotoksinov. To nam omogoča, da bomo v projektu razviti pristop za določanje genotoksičnosti uporabili tudi za določanje nevrotoksičnosti.
COBISS.SI-ID: 23541287
Razvili smo računsko metodo, s katero lahko raziskovalci samo na osnovi kemogenomski in ekspresijskih podatkov predvidijo natančen mehanistični model delovanja preučevanega perturbagena. Metodo smo implementirali kot spletno stran in je dostopna na http://www.biolab.si/perturbagen/.
COBISS.SI-ID: 23789607
Eksperimenti v biomedicini lahko mnogokrat vključujejo kompleksne izide. Mutacije, izpostavljenost različnim kemikalijam ali pa različnim eksperimentalnim pogojem lahko privedejo do različnih fenotipov organizma, ki ga opazujemo, te pa lahko popišemo z množico spremenljivk. Za obravnavo takih podatkov in v namene odkrivanja povezav med vhodnimi in izhodnimi faktorji smo razvili tehniko odkrivanja podskupin ter jo uspešno uporabili v študiji na kvasovkah.
COBISS.SI-ID: 7367764
Razvili smo programsko arhitekturo za sisteme za odkrivanje znanj iz podatkov, ki je sˇe posebej primerna za bioinformaticˇne aplikacije in aplikacije v sistemski biologiji. Cˇlanek, ki ga citiramo, opisuje evolucijo razvoja tovrstnih sistemov in poda primerjavo med njimi.
COBISS.SI-ID: 6280532
Delo predlaga tehniko odkrivanja znanj iz podatkov, kjer so ti opisani z naborom izhodnih spremenljivk. V delu pokažemo na uporabnost tehnike v kemogenomiki in pri analizi povezav med opisi kemijskih struktur in njihovimi vplivi na (genomski, mutantni) fenotip kvasovke.
COBISS.SI-ID: 7256404