V tej raziskavi smo prvi strukturno analizirali inozitol fosfate (IP), ki jih sintetizirajo tri izooblike sesalske inozitol heksakisfosfatne kinaze (IP6K) iz IP5 in IP6. Analize z NMR in masno spektroskopijo so pokazale, da gre za množico različnih molekul, ki pa imajo specifično stereokemijo, ki jo pogojuje arhitektura aktivnega mesta IP6K. Ugotovili smo, da IP6K sintetizira tako pirofosfatne (difosfo-) kot trifosfatne skupine na inozitolnem obroču. Vse tri izooblike IP6K pa imajo primerljive aktivnosti, tako in vitro kot in vivo.
COBISS.SI-ID: 3889434
Določili smo kristalno strukturo cAMP-fosfodiesteraze Rv0805 celotne dolžine iz M. tuberculosis. Dimerna katalitična domena Rv0805 ima tipično zvitje metalofosfoesteraze, unikatna C-terminalna regija pa sestavlja del aktivnega mesta in vpliva na substratno specifičnost ter tudi lokalizacija Rv0805 ob celični steni. Izražanje Rv0805 v M. smegmatis spremeni prepustnost celične stene za hidrofobne citotoksične molekule. To kaže na to, da Rv0805 lahko igra ključno vlogo pri patogenosti mikobakterij, tako s hidrolizo bakterijskega cAMP, kot tudi s vplivom na osnovno vlogo celične stene.
COBISS.SI-ID: 4259610
Cilj delavnice "4D Biologija za zdravje in bolezen" je bil najti najboljše možne organizacijske principe za raziskave v večjem obsegu, ki zajemajo proteomiko, interaktomiko ter strukturno genomiko/biologijo, ter postaviti vizijo za prihodnje široko razsežne raziskave ter smiselno zbiranje velike količine s tem pridobljenih podatkov, ki bi bili uporabni tako v bioloških kot v medicinskih znanostih. Sodelujoči na delavnici smo predlagali, kako bi lahko dosegli razvoj v znanosti ter obenem koristno uporabo rezultatov v kliniki, še posebej v smeri razvoja osebne medicine.
COBISS.SI-ID: 4515866
Iz molekule inozitola nastanejo številne biološko aktivne spojine, npr. polifosfoinozitolni lipidi in inozitol (poli)fosfati. V naravi najbolj razširjena oblika je inozitol heksakisfosfat (IP6) ali fitinska kislina, ki je znana po svojih ugodnih učinkih na organizme, potencialne antikancerogene in antiangiogenetske lastnosti pa kaže tudi prekurzor IP6, inozitol-pentakisfosfat (IP5). IP5 in IP6 sta prekurzorja inozitol pirofosfatov. Te molekule lahko brez pomoči encimov piro-fosforilirajo določene, že predhodno fosforilirane proteine, kar predstavlja novo obliko celičnega signaliziranja.
COBISS.SI-ID: 4248090
EPR/FTIR karakterizacija lipidnih membran, ki omogočajo vezavo ostreolizina, je pokazala, da ni samo povprečna membranska fluidnost liposomov, občutljivih na ostreolizin odgovorna za membransko aktivnost tega proteina. EPR spektri so namreč pokazali to, da so kemijske lastnosti sestavnih delov membrane, njihova specifična porazdelitev, in fizikalne karakteristike memebranskih nanodomen, ki so rezultat prisotnosti sterola in sfingomielina (ali visoko urejenega fosfolipida, dipalmitoilfosfatidilholina), ključnega pomena za vezavo ostreloizina na membrano ter nastanek por.
COBISS.SI-ID: 2185551