S pomočjo analize razporejenosti sin in anti gvaninskih preostankov vzdolž skeleta poznanih struktur G-kvadrupleksov smo razvili metodologijo, ki omogoča načrtovanje želene topologije G-kvadrupleksa. Do sedaj je bilo odkritje novega zvitja naključno. Za programirano tvorbo objektov in nano-napravic na osnovi DNK pa želimo sistematizirati principe, ki predstavljajo osnovo procesa zvijanja in omogočajo racionalno napoved. Napoved zvitja v predvideno topologijo smo eksperimentalno verificirali in potrdili s sintezo oligonukleotida, ki smo mu določili 3D strukturo z uporabo NMR v raztopini.
COBISS.SI-ID: 4320026
DNA aptamer trombina (TBA), 15-merni oligonukleotid d[G2T2G2TGTG2T2G2], se je v prisotnosti 15NH4 + ionov zvil v poznano strukturo antiparalelnega enomolekularnega G-kvadrupleksa. NMR v raztopini je omogočil lokalizacijo 15NH4+ ionov med dva G-kvarteta. Izmenjava 15NH4+ ionov med notranjim vezavnim mestom in okoliško raztopino je karakterizirana s konstanto hitrosti izmenjave 1.0 s-1 pri 15 st. C. T4 in T13 tvorita nekanonični bazni par, ki močno vpliva na dostop v kationov iz raztopine do vezavnega mesta znotraj G-kvadrupleksnega jedra.
COBISS.SI-ID: 4305690