V sodelovanju z National Institutes of Health, Bethesda, MD, ZDA, smo razvili http://charmming.org, spletno stran, ki omogoča enostavnejso pripravo vhodnih datotek za program CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Machaniscs). Posamezni programi v tem vmesniku so bili razviti na Kemijskem inštituitu.
COBISS.SI-ID: 3983386
Razvii smo novo potencialno polje za simulacijo molekulske dinamike AlPO4-34 fleksibilne molekularne mreže. Tako razvito polje omogoča natančne in stabilne izračune simulacije molekulske dinamike fleksiblnih in električno nabitih molekularnih sit alumofosfatov.
COBISS.SI-ID: 3707418
Predstavili smo vzporedne računalniške mreže osnovane na hamiltonskih kubičnih grafih za hitro izvajanje simulacije molekulske dinamike. Pokazali smo, da so hamiltonski kubični grafi majhnih premerov odlični kandidati za nove računalniške topologije za izvajanje vzporedne simulacije molekulske dinamike.
COBISS.SI-ID: 3964698
Poznavanje vezavnih mest na proteinih je predpogoj za ravoj novih inhibitorjev proteinskih interakcij. Kot prvi smo prvi pokazali, da so proteinska vezavna mesta strukturno ohranjena. Razvili smo nov algoritem za napovedovanje vezavnih mest na proteinih, ki išče ohranjenost površinskih struktur in fizikalno-kemijskih lastnosti v strukturno sorodnih proteinih. Našli smo dobro ujemanje napovedanih vezavnih mest z dejanskimi. Naš algoritem za iskanje strukturne ohranjenosti v množici sorodnih proteinov je uporaben za napovedovanje vezavnih mest na proteinih.
COBISS.SI-ID: 4395802
Razvili smo tudi spletni strežnik, dostopen na http://probis.cmm.ki.si, na voljo širokemu krogu uporabnikov, v katerem so združene metode, opisane v zgoraj navedeni publikaciji.
COBISS.SI-ID: 4404506