Avtorji so ugotavljali razlike v izražanju genov po okužbi z virusom PVYNTN, pri dveh različno občutljivih sortah krompirja, v prvih 12 urah po inokulaciji z virusom. Pri obeh sortah so ugotovili povečano izražanje genov, vključenih v fotosintezo pol ure po okužbi in zmanjšano izražanje 12 ur po okužbi. Geni, ki so se pri omenjenih sortah izražali različno so bili vključeni v vključeni v metabolizem celične stene, rastlinskih hormonov, sekundarnih metabolitov in obrambne procese. Rezultate so avtorji objavili v vrhunski reviji na področju rastlinske biologije.
COBISS.SI-ID: 1940815
V sodelovanju z avtorji orodja za vizualizacijo MapMan, ki je bilo originalno pripravljen za navadnega repnjakovca (Arabidopsis thaliana) smo prilagodili orodje tako, da je z njim možna vizualizacija podatkov pridobljenimi z mikromrežami potato TIGR 10k. Posebej smo se osredotočili na vizualizacijo na nivoju izražanja genov odgovora rastline na biotski stres. Tako smo izboljšali biološko interpretacijo podatkov.
COBISS.SI-ID: 23317465
Z namenom izboljšanja zanesljivosti rezultatov analize izražanja genov z mikromrežami smo ugotavljali, kako različne načini predprocesiranja (korekcija ozadja, normalizacija, obravnava podvojenih točk) podatkov vplivajo na rezultate statistične analize. Ker smo ugotovili da je vpliv znaten, smo predlagali shemo predprocesiranja podatkov, po kateri glede na tip podatkov in njihovo kvaliteto, uporabimo različne metode predprocesiranja, kot končni rezultat pa uporabimo presek rezultatov, ki jih dobimo po posameznih analizah.
COBISS.SI-ID: 1888847
Z analizo mikromrež lahko ugotavljamo, kateri geni, proteini in signalne molekule so ključni za odgovor rastlin na povzročitelje bolezni. V poglavju v knjigi Plant Virology Protocols smo objavili postopke priprave vzorcev, hibridizacije mikromrež krompirja »potato TIGR 10k arrays« in obdelave podatkov, ki smo jih razvili na Oddelku. Knjiga je v spletni knjigarni Amazon.com druga najbolje prodajana med knjigami s področja rastlinske molekularne biologije.
COBISS.SI-ID: 1859407