Računalniške simulacije molekulske dinamike so pomembno orodje pri razlagi eksperimentalnih rezultatov, ki se v zadnejm desetletju zlasti na področju biokemije vse pogosteje uporablja, čeprav je primerjava izračunanih in izmerjenih količin le redko neposredna. Na osnovi primerov iz literature smo v članku predstavili, kako lahko računalniške simulacije molekulske dinamike pripomorejo k boljšemu razumevanju eksperimentalnih rezultatov kot tudi značilnosti eksperimentov oz. računalniških simulacij, ki lahko vodijo do slučajnega ujemanja ali neujemanja računov in meritev.
COBISS.SI-ID: 29462021
S simulacijami molekulske dinamike sem določila mesta v okolici zvitka iz treh alfa heliksov, za katera je značilna prisotnost strukturno vezane vode, ki v točno določeni orientaciji igra pomembno vlogo pri ohranjanju stabilnosti zvitka. Kristalografsko določena struktura zvitka vključuje 21 možnih lokacij za strukturno vezano vodo, vendar pa samo na osnovi kristalografskih podatkov ni mogoče ločiti med molekulami vode, ki so v strukturi ujete zaradi procesa kristalizacije in molekulami vode, ki igrajo strukturno vlogo.
COBISS.SI-ID: 30052613
V članku smo predstavili razvoj tehnike računalniških simulacij molekulske dinamike in uporabo le-te pri i) razlagi eksperimentalnih opažanj (izračun eksperimentalno težko dostopnih entalpijskih in entropijskih komponent Gibbsove proste energije), ii) razvoju idej za nove eksperimente (simulacije omogočajo izračun razločljivih molekulskih konfiguracij, ki jih je mogoče primerjati z eksperimentalno določenimi strukturami), iii) kot nadomestek eksperimenta (eksperiment je lahko zelo zahteven ali finančno nedostopen) in iv) za zaščito intelektualne lastnine.
COBISS.SI-ID: 29229829