S sodelavci iz Zvezne tehnične visoke šole v Zurichu (ETHZ) in s sodelavci iz Švicarskega centra za strukturno biologijo (NCCR) sem sodelovala pri organiziraciji in pri poučevanju na enotedenski zimski delavnici, kjer smo na različnih primerih v obliki predavanj in vaj predstavili, kako je mogoče tehniko simulacij molekulske dinamike pravilno uporabiti pri razlagi eksperimentalnih opažanj.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 30057733V predavanju sem predstavila uporabo nove tehnike enostopenjske perturbacije na primeru računanja relativne stabilnosti kompleksov netropsin-DNA. Predstavila sem približke tehnike in njene omejitve. Rezultate sem primerjala z računi izvedenimi z že uveljavljeno tehniko termodinamske integracije in tako ocenila stopnjo natančnosti nove metode.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 29075205Primarni rezultat simulacij molekulske dinamike so trajektorije, v katerih so zabeležene koordinate vseh delcev simuliranega sistema v odvisnosti od časa kot tudi energije le-teh. Proces računanja fizikalno-kemijskih lastnosti, ki so primerljive z eksperimentom, se imenuje analiza trajektorij. V predavanju sem predstavila postopke in orodja za analizo trajketorij izračunanih s programom GROMOS, ki ga tudi sama uporabljam in razvijam.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 30053637V predavanju sem na primeru določanja strukturno vezane vode v okolici zvitka zgrajenega iz treh alfa heliksov predstavila uporabo računalniških simulacij kot dopolnilo standardnim eksperimentalnim tehnikam za določanje biomolekularne strukture.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 29462277O takih in drugačnih molekulah se dandanes veliko govori in piše, vendar pa si ljudje težko predstavljajo njihov izgled. Na razstavi smo na velikih slikah prikazali strukture molekul iz različnih kemijskih in biokemijskih področij. Vsako sliko smo dopolnili s kratkim poljudno-znanstvenim opisom prikazane molekule. K razstavi sem prispevala sliko z naslovom „V vodi“. Slika predstavljala posnetek strukture vode v tekočem stanju izračunan s simulacijami molekulske dinamike.
F.28 Priprava/organizacija razstave
COBISS.SI-ID: 29168133