Metoda DGGE je primerna za ugotavljanje pestrosti mikrobnih populacij, vendar zahteva natančno izvedbo v optimalnih pogojih. Eden glavnih parametrov optimizacije je izbira najprimernejših začetnih oligonukleotidov. Ugotovili smo, da sta za razlikovanje enterokokov iz sirov najprimernejša para oligonukleotidov HDA1/HDA2 in V3f/V3r. Zaradi visoke stopnje sorodnosti je za dokončno ovrednotenje sestave mešane združbe enterokokov včasih potrebna dodatna potrditev, na primer s PCR z vrstno specifičnimi oligonukleotidi. Članek opisuje nekaj metodoloških novosti, ki so bile že citirane.
COBISS.SI-ID: 2445704
Delo predstavlja prvi opis združbe laktobacilov v tradicionalnem slovenskem kraškem ovčjem siru. Poleg identifikacije laktobacilov na osnovi fenotipskih lastnosti, smo seve opisali tudi z molekularnimi tehnikami, preverjali njihovo občutljivost za različne antibiotike ter tvorbo protimikrobnih snovi. Uspešno smo vpeljali novo metodo fenotipskega razlikovanja sevov na osnovi PhP plošč. Na podlagi rezultatov smo izbrali nekaj sevov, potencialno obetavnih za pripravo starterske kulture za izdelavo kraškega ovčjega sira.
COBISS.SI-ID: 2088840
Za preverjanje antagonistične sposobnosti mikrobne združbe sira smo uporabili metodo iskanja/detekcije genskih determinant za bakteriocine na skupni DNA, izolirani iz sira in mikrobnih konzorcijev. V devetih vzorcih Tolminca in Kraškega ovčjega sira smo detektirali gene za enajst bakteriocinov in potrdili domnevo številnih raziskovalcev, da so siri iz surovega mleka bogati z bakteriocinogenimi sevi. Metodo, ki predstavlja nov pristop k proučevanju protimikrobne aktivnosti naravnih mikrobnih združb, so že uporabile tudi druge raziskovalne skupine.
COBISS.SI-ID: 2390920
Številni primeri pojava listerioz kažejo na to, da prisotnost L. monocytogenes v sirih pomeni tveganje za zdravje. Rezultati so pokazali, da je malo verjetno, da bi L. monocytogenes v tradicionalnem grškem siru Graviera, v primeru okužbe, presegla v E.U. dovoljene mejne vrednosti 100 cfu/cm2 ali g, možno pa je njeno dolgotrajno preživetje med skladiščenjem. Mešanica bakteriocinov, ki so naravno prisotni v siru, med njimi predvsem enterocini, značilni za E. faecium, ter plantaricin A, lahko prispevajo k inhibiciji teh patogenih bakterij.
COBISS.SI-ID: 2443400