Razvili smo interaktivno spletno aplikacijo imenovano dictyExpress (www.ailab.si/dictyexpress), ki uporabniku na enostaven način ponuja sicer rezultate kompleksnejših analiz transktiptomskih podatkov o mutantih socialne amebe D. discoideum. Razvite metode in aplikacija so plod sodelovanja z raziskovalci iz Baylor College of Medicine. Na aplikacijo kažejo direktne povezave iz spletne strani tega organizma (www.dictybase.org) in je od oktobra 2009 v stalni uporabi s strani raziskovalcev tega organizma.
COBISS.SI-ID: 7219028
Podatki o genskih izrazih so eden od osnovnih virov informacij v sistemski biologiji. Tipično vsebujejo veliko število zapisov (vsaj nekaj tisoč genov, številni poskusi), ki so mnogokrat močno šumni. Njihova integracija z ostalimi bazami podatkov in znanj v namene analize in pridobivanj novih spoznanj je zato nujna. V članku sva orisala zametke integrativne analitike na tem področju in nakazala smernice za razvoj novih metod.
COBISS.SI-ID: 6188372
Razvili smo novo metodo razvrščanja profilov izražanja genov na podlagi pravil o strukturi promotorjev. Osnovana je na metodi za iskanje pravil v snopu CN2 in dreves za razvrščanje. Razširitev omogoča iskanje prekrivajočih pravil. Razvili smo hevristiko, ki bistveno omeji preiskovalni prostor. Razvito metodo smo uporabili za analizo promotorjev modelnega organizma D. discoideum, kar je bilo vključeno v referenčno bazo o organizmu (www.dictyBase.org) in objavljeno v skupni publikaciji.
COBISS.SI-ID: 6916180
Celično prepoznavanje sorodnih sevov določa stopnjo sodelovanja in posledično preživetje socialne amebe D. discoideum ob pomanjkanju hrane. Modelirali smo relacijo med dvema visoko polimorfnima genoma (lagB1, lagC1) in njuno vlogo pri prepoznavanju sorodnih sevov. Napovedni model smo zgradili na podlagi zapisa DNA polimorfnih mest v obeh genih in izmerjene stopnje segregacije med 29 sevi. Ugotovitve študije dajejo pomemben vpogled v evolucijo in mehanizme družbenega prepoznavanja in imunskega sistema.
COBISS.SI-ID: 7027796
V članku je opisana nova metoda za zajemanje in analizo podatkov z uporabo visokozmogljive mikroskopije na genomski ravni pri kvasovki S. cerevisiae, ki temelji na mikroskopiji živih celic s konfokalno mikroskopijo s samodejnim mikroskopom, kar omogoča analizo približno 1000 vzocev na dan. V študiji smo demonstrirali uporabnost in moč pristopa s potrditvijo identifikacije vseh 17 znanih genov, potrebnih za nastanek organelov peroksisomov, katerih odkrivanje s klasičnimi tehnikami je trajalo 15 let.
COBISS.SI-ID: 22360871