Receptor TLR3 prepoznava infekcijo z virusi preko dvoverižne RNA, ki je značilna za viruse. TLR3 se aktivira le ob vezavi dvoverižne RNA, daljše od 21 baznih parov. Pred našo publikacijo je bila določena 3D struktura ektodomene človeškega TLR3 in vezalno mesto za RNA. Odkrili smo obstoj dodatnega mesta za RNA, tako da se le-ta veže na dve mesti na ektodomeni TLR3, kar določa prepoznavanje samo daljših segmentov RNA. Pokazali smo, da sekundarna struktura, ki vpliva na konformacijo nukleinskih kislin vpliva na aktivacijo TLR3, kar je pomembno za dizajn dobre terapevtske interferenčne RNA.
COBISS.SI-ID: 3954714
V delu smo postavili model tridimenzionalne strukture MD-2, ki je ključen za prepoznavanje bakterijskega endotoksina. Model smo pripravili na osnovi analize obratnega zvitja (»sequence threading«), kjer smo identificirali alergen Der p2 kot protein, ki ima podoben vzorec zvitja kot MD-2. S pomočjo točkovnih mutacij MD-2 ter s peptidnimi fragmenti MD-2 smo na celičnih kulturah pokazali pomen dveh skupin bazičnih aminokislin za aktivacijo signalizacije LPS. Model zelo dobro razloži rezultate naravnih mutant ter sistematične mutageneze MD-2.
COBISS.SI-ID: 3073306
Poznavanje prostorske strukture antimikrobnih peptidov je zelo pomembno za razumevanje mehanizma njihovega delovanja in usmerjenih izboljšav. S pomočjo spektroskopskih tehnik smo določili strukturo antimikrobnega peptida v raztopini, ter v kompleksu z LPS in v različnih tipih okolja, ki so model za evkariontske ter bakterijske membrane. Ugotovili smo, da se peptid ob vezavi na LPS ali druge lipide zvije v definirano konformacijo, ki je odvisna od tipa okolja, v katerem se nahaja.
COBISS.SI-ID: 3635994
V zbirki HapMap smo odkrili dve kodirajoči mutaciji MD-2. Ugotovili smo, da mutacija G56R opazno zmanjša signalizacijo. Najbolj zanimiv rezultat je dejstvo, da MD-2 z omenjeno mutacijo ne more aktivirati celic, ki ne izražajo lastnega MD-2, ampak so odvisne od MD-2 katerega izločajo druge celice. Ugotovili smo, da koekspresija TLR4 stabilizira G56R polimorfno varianto. Delo je postavilo molekularno osnovo za razumevanje polimorfizma in zagotovo bodo sledile raziskave povezave polimorfizmov MD-2 z različnimi boleznimi ali pri pacientih s kronično izpostavljenostjo visokim dozam endotoksina.
COBISS.SI-ID: 3905562