NMR študija v raztopini je pokazala, da se d(G4T3G4) v prisotnosti 15NH4+ ionov zvije v eno samo dimerno G-kvadrupleksno strukturo z antiparalelnimi G-trakovi in dvema T3 zankama, ki se razprostirata po robovih zunanjih G-kvartetov na različnih straneh G-kvadrupleksne sredice. Molekularni modeli na osnovi NMR podatkov so pokazali močno nalaganje timidinskih preostankov na zunanja G-kvarteta. Uporaba heteronuklearne NMR je omogočila lokalizacijo treh 15NH4+ ionov med pari sosednjih G-kvartetov in študijo kinetike njihove izmenjave.
COBISS.SI-ID: 4051738
Z 1H NMR konformacijsko študijo v kombinaciji z ab inito izračuni smo analizirali značilnosti fleksimernih nukleozidov glede na njihove naravne analoge. Zamenjava purinske baze z bolj fleksibilnim heterocikličnim sistemom dveh obročev močno poveča populacijo severnih konformer sladkornega obroča in anti konformer okoli glikozidne vezi. To smo pripisali medsebojnemu vplivu anomernega, gauche in steričnega efekta.
COBISS.SI-ID: 3065626
Oligonukleotid d[(G3T4G4)2] se je v prisotnosti 15NH4+ ionov zvil v dimerni G-kvadrupleks, ki vsebuje tri G-kvartete in dve T4 zanki. Znotraj tega G-kvadrupleksa smo idenitificirali dve kationski vezavni mesti. Presenetljivo je, da nismo opazili gibanja kationov vzdolž centralnega ionskega kanala tega G-kvadrupleksa. Opazili pa smo izmenjavo amonijevih ionov z ioni iz raztopine. Izmenjava amonijevih ionov preko zunanjega G-kvarteta, ki ga premošča timidinska zanka, ki poteka po njegovem robu je 12x hitrejša od izmenjave preko G-kvarteta, ki ga premošča diagonalna T4 zanka.
COBISS.SI-ID: 3727642
Določili smo prostorsko strukturo lasnice 3'-MOE-2',5'-RNK oligonukleotida. To je bil prvi v literaturi zabeležen opis prostorske strukture lasnice, ki vsebuje izključno 2',5'-fosfodiesterske vezi. Naši rezultati kažejo na velik vpliv sprememb sladkorno-fosfatnega skeleta na tvorbo struktur nukleinskih kislin. S kratkimi RNK oligonukleotidi lahko uspešno utišamo določene gene, kar odpira obetavne terapevtske možnosti pri zdravljenju raka, AIDSa in hepatitisa.
COBISS.SI-ID: 3267866
Znotraj dimernega G-kvadrupleksa, ki ga tvori oligonukleotidno zaporedje bogato z gvanini d(G3T4G4) se nahajata dve vezavni mesti za katione. Dokazali smo obliko G-kvadrupleksa d(G3T4G4)2, ki vsebuje K+ in 15NH4+ ion in predstavlja vmesno stanje v prehodu iz dvo-15NH4+ v dvo-K+ obliko.
COBISS.SI-ID: 3290394